二戰時日本海軍有8只方面艦隊，下屬分艦隊為27只，各艦隊名稱如下：聯合艦隊、中國方面艦隊、西南方面艦隊、東南方面艦隊、東北方面艦隊、中太平洋方面艦隊、第10方面艦隊、第1機動艦隊，以上這些艦隊都是指揮機關。下屬艦艇部隊有：第1-9艦隊、第1-3遣華艦隊、第1-4南遣艦隊、第1護衛艦隊、練習艦隊，第1航空艦隊。另外第2、3、5,10~14航空艦隊不是艦艇部隊，而是陸基航空部隊。日本海軍艦隊番號很多，這是因為日軍將平時編組與任務編組兩種方式攪在一塊。遣華艦隊、南遣艦隊都是有任務傾向的行政編組，特別還是擔任地域性的任務。太平洋戰爭時期的第1-9艦隊中，第1艦隊是聯合艦隊的影子(聯合艦隊司令兼）、日本海軍的面子，卻是一無用處。第4艦隊、第8艦隊在外方面有過幾次海戰：、薩沃海戰、瓜島海戰。1942年7月後第4艦隊駐防中太平洋、第8艦隊駐防海域。海域的第9艦隊、本土的第7艦隊，一成立就是駐防艦隊。第5艦隊長期在北方海域，科曼多爾群島失敗，1944年10月南下參加萊特灣海戰，在臨陣脫逃，後解散。第6艦隊是潛艇編隊，屬於部門司令部。真正滿大洋四處奔波的只有第2、3艦隊，在之前解散了。戰爭前期的第1航空艦隊是航母編隊，參加，中途島作戰失敗後撤銷，僅有1年3個月曆史。

二戰前，日本海軍控制西北太平洋大約三千萬平方公里的海域。

1941年12月，日本突襲美國珍珠港，重創了美國太平洋艦隊，並逐漸取得太平洋的制海權，其控制的海域達到一億平方公里。

但是，隨著1942年下半年開始，美國大西洋艦隊調到太平洋，以及美國民用轉軍工，大量軍艦下水，投入到太平洋戰場，逐漸奪取太平洋制海權。

1943年，中途島海戰之後，日本艦隊遭到重創，標誌著太平洋制海權易手。

隨後，日本集中所有艦隊，在菲律賓發動萊特灣大海戰，日軍幾乎全軍覆沒，徹底喪失制海權，連貿易都不敢從海上走，只好取道中國大陸，於是，發動豫湘桂戰役，旨在打通陸上交通線。可見此時，日本海軍幾乎沒有控制海域，其近海都被美國海軍控制。

綜上，二戰日本海軍控制海域最大為一億平方公里，但只保持了不到一年時間。