元朝統治者，把西域(新疆)北庭(今吉木薩爾)地區，視為西北軍事重鎮，戰略要地。曾劃為三大行政區之一，先後設別失八里行尚書省、北庭都護府、別失八里宣慰司、別失八里元帥府、西域衛親軍都指揮使司、北庭元帥府等機構。在天山南北，起到了抵制和防禦內部叛亂，外敵侵擾，穩定西域局勢，發展經濟的重要作用

成吉思汗先後擊潰乃蠻、西遼、畏兀兒與中亞大國花拉子模等以後，在公元1225年將土地分封給他的兒子。

成吉思汗嫡長子朮赤得到了原來花拉子模大部分領土；次子察合臺得到了原來花拉子模東部與西遼的領土；三子窩闊臺得到了今新疆北方、蒙古國東部等地。

最後，誰也沒想到是成吉思汗嫡幼子託雷的兒子——忽必烈，成為蒙古大汗並且建立元朝。元朝建立以後，當年窩闊臺汗國後代在西北作亂，忽必烈開始著手對西域的控制。

1267年，元世祖派皇子那木罕鎮守阿力麻裡（今新疆東部）；

1281年，改畏兀兒斷事官為北庭都護府，在別失八里、火州、和闐設立宣慰司。1295年，又增設北庭都元帥府，曲先塔林都元帥府，增強統治。

而元朝時代佔據西域大部分地區的“察合臺汗國”，是元世祖忽必烈的親伯父——察合臺的汗國。而這個汗國雖然是當時蒙古四大汗國之一，但卻實際處於獨立狀態，並不聽從元朝約束。所以元朝在西域地區的治理，主要集中在東部地區。

元朝對地方的管理是採用行中書省制度。

元朝在中央設立中書省管理地方事物，而將全國分為多個片區，中書省派中央官員到地方行使中央職權，而這個中央派往地方的衙門稱為行中書省。

行中書省不是地理區域概念，它是一個衙門，是中央設立在地方的管理機構。各行中書省的最高長官為平章政事兩名，為從一品，負責管理境內的軍事、政務、錢糧。

行中書省制度最先採用的是金國，起源於魏晉時期的行臺制度，元朝正式啟用。而後中國沿用了省的稱呼，直至現代。

元朝設立共10個行省，行省下設道、路、州三級。

設嶺北行省，管轄蒙古國全境、中國內蒙古、新疆一部分和俄羅斯西伯利亞地區。

設阿姆河行中書省，管轄河中地區；

設立阿力麻裡行中書省，管理伊犁至巴爾喀什湖以東以南地區；

設別失八里行中書省，管轄天山南北地區。

14世紀初，失八里行中書省被察合臺汗國佔領，元朝失去對新疆的統治。

在說這個回答之前，先給大家科普一下一個容易犯錯的地方。元朝並不等於蒙古帝國，蒙古帝國是元朝和四大汗國聯合組成的大帝國。

元朝疆域遼闊,推行行省制度,並設宣政院管轄西藏地區、設澎湖巡檢司管轄澎湖和琉球,加強對邊疆地區的管轄。 元初,設立總制院(後更名為宣政院),管理全國佛教僧徒和藏族地區軍政事務。（所以西藏是中國領土的一部分是有理論依據的）

行省是元朝統治時期廣泛設立於全國的地方大行政區，在中國地方行政制度史上具有重要意義。“省”的本意為宮禁，引伸為中樞機要、行政機構的名稱，因此行省起初是指臨時性的中央派出機構，取代表中央行使權力之意。

元朝統治者，把西域視為西北軍事重鎮。曾劃分了三大行政區之一，先後設立了別失八里行尚書省、北庭都護府、別失八里宣慰司、別失八里元帥府、西域衛親軍都指揮使司、北庭元帥府等機構。

這些機構的設立起到了抵制和防禦內部叛亂，外敵侵擾，穩定西域局勢，發展經濟的重要作用。