根據你現有資訊，你們應該是一個有限責任公司，那麼有限責任公司的股東，你們是以認繳出資，那麼在股東撤出的時候，你們應該是按照章程約定來辦理。股東轉讓的股權不能從公司資本當中購買，否則是抽逃出資，只能是以股東認購的形式來進行。你要分對內和對外的兩種情形來考慮。

1.法律上沒有撤資的概念。如果一個股東要退出對有限責任公司的投資，其有兩個途徑。一是公司減少註冊資本，將減少的數額的錢歸還給這個股東。如公司註冊資本原來是100萬（全部實繳），其中一個股東投資20萬，現在這個股東要退出，那公司可以按照法定程式減少註冊資本至80萬，然後公司把20萬退還這個股東；二是退出股東將其持有的公司股權轉讓給其他人，由受讓方支付相應款項給退出股東。如上個例子中退出股東將其出資額做價20萬轉讓給其他股東，受讓股東把20萬支付給出讓股東。公司註冊資本不發生變化。

2.按照題主說的情況，退出股東和公司都在不規範操作。如果由公司退錢給這個大股東，那應該履行公司減少註冊資本程式。否則，即便是把他這40%股權分配給你們，也是有瑕疵的股權。要彌補該瑕疵，需要你們自行出資填補所對應的出資。建議你們還是做個規範的股權轉讓。你們剩餘的三個人的受讓比例可以按你們原來的持股比例分攤。相應的股權轉讓款由你們三人分別支付給退出股東；

3.不減少註冊資本，但公司付錢給退出股東的情況下。公司登記機關的變更登記手續沒法辦理，公司賬目也無法處理。