宋紹興十二年(1142年)四月二十一日，詔令暫於臨安府府學設定太學。十三年正月，又定在紀家橋東、前洋街北嶽飛故宅設定太學。太學西側為孔廟，門列二十四戟，中建大成殿，祀奉孔子，十哲配享，兩旁彩繪孔子七十二弟子(賢)像，前代賢哲從祀。殿後有光堯石經閣，內陳高宗和吳皇后手書《易》、《尚書》、《詩》、《左氏春秋》、《論語》、《孟子》、《中庸》、《大學》、《學記》、《儒行》、《經解》等刻石。二十六年(1156年)，高宗又將所作《文宣王贊》和《七十二賢贊》並《序》刻石，存於太學，並複製刻本頒發各學。太學中部為講學區，有崇化堂、首善閣。崇化堂為講堂，首善閣內有歷朝有關教育的御札。崇化堂後及兩側有學官廨舍。太學東側為學生齋舍。 太學初建時，設祭酒1員，主管學務；司業1員，為祭酒副手、總管課試、教導、斥黜等事；博士3員，掌分經講授、考校程文，並以德行、道藝訓導學生；學正1員，掌舉行學規，考校訓導；學錄1員，協助學正同掌學規。後因生員增多，學官人數也有增加，另設學諭(掌以博士所授經傳諭學生)、直學(掌生徒簿籍，並稽察出人)等職。每齋設齋長1名，掌管齋務及考核齋生行藝。學正、學錄及學諭，由上舍生操行與學業優異者充任。太學行政事務由“三案”管理，廚庫案掌管錢糧與書籍簿冊的領發；學案掌管文武學的公私補試和升補考；雜案掌管雜務。各案設胥長負責。 太學初定每年春秋兩次考試招生，不久改為一年一補，後改成三年一試。學生入學資格，高宗時規定，凡在本州州學修滿一年，三試中選者，得送人太學肄業；乾道時(1165—1173年)，又定混補法，即每三年應試科舉後，所有落第舉人皆得應試，合格者補人太學；淳熙時(1174—1189年)，因應試者過多，立待補法，各州落第舉人，每百人中只能挑選六人送太學補試。 南宋太學沿襲北宋熙寧四年(1071年)王安石所創“三舍法”，將太學生分為外舍、內舍、上舍三等，規定學習五年。始人太學的為外舍生，入學後每月一私試，每季第一月試經義，第二月試論，第三月試策；每年一公試，入第一、第二等，參與行藝(操行與學業)或升人內舍。內捨生二年一合試，人優、平二等，參以行藝，可升入上舍。上舍生經二年學習後考試。考試成績行藝並重，分為三等：俱優為上，一優一平為中，俱平或一優一否為下。上等薦於中書省授官，例補承事郎及太學正、錄，以2名為限；中等免禮部試，身份與進士同，以5名為限；下等可免鄉試，直接參加進士考試，以10名為限。 太學籌建時，定名額為300人，設齋舍10，每齋容30人。但在宋紹興十三年(1143年)開辦時，即有700學生，其中上舍生30人，內捨生100人，外舍生570人。寧宗時(1195—1224年)上舍生仍為30人，內捨生130人，外舍生1400人，共有1560人。鹹淳年間(1265—1274年)，內捨生增至206人，上舍、外舍名額未變，共有1636人。