微生物發酵過程即微生物反應過程，是指由微生物在生長繁殖過程中所引起的生化反應過程。

根據微生物的種類不同（好氧、厭氧、兼性厭氧），可以分為好氧性發酵和厭氧性發酵兩大類。

（1）好氧性發酵在發酵過程中需要不斷地通人一定量的無菌空氣，如利用黑麴黴進行檸檬酸發酵、利用棒狀桿菌進行穀氨酸發酵、利用黃單抱菌進行多糖發酵等等。

（2）厭氧性發酵在發酵時不需要供給空氣，如乳酸桿菌引起的乳酸發酵、梭狀芽抱桿菌引起的丙酮、丁醇發酵等。

（3）兼性發酵酵母菌是兼性厭氧微生物，它在缺氧條件下進行厭氣性發酵積累酒精，而在有氧即通氣條件下則進行好氧性發酵，大量繁殖菌體細胞。

按照裝置來分，發酵又可分為敞口發酵、密閉發酵、淺盤發酵和深層發酵。

一般敞口發酵應用於繁殖快並進行好氧發酵的型別，如酵母生產，由於其菌體迅速而大量繁殖，可抑制其他雜菌生長。所以敞口發酵裝置要求簡單。相反，密閉發酵是在密閉的裝置內進行，所以裝置要求嚴格，工藝也較複雜。淺盤發酵（表面培養法）是利用淺盤僅裝一薄層培養液，接人菌種後進行表面培養，在液體上面形成一層菌膜。在缺乏通氣裝置時，對一些繁殖快的好氧性微生物可利用此法。深層發酵法是指在液體培養基內部（不僅僅在表面）進行的微生物培養過程。

同其他發酵方法相比，它具有很多特點：

①液體懸浮狀態是很多微生物的最適生長環境。

②在液體中，菌體及營養物、產物（包括熱量）易於擴散，使發酵可在均質或擬均質條件下進行，便於控制，易於擴大生產規模。

④廠房面積小，生產效率高，易進行自動化控制，產品質量穩定。

⑤產品易於提取、精製等。因而液體深層發酵在發酵工業中被廣泛應用。

（1）微生物種類多，品種齊全；（2）微生物生長繁殖快，生長週期短，產量高；（3）培養方法簡單，原料來源豐富，價格低廉，經濟效益高，並可以透過控制培養條件來提高酶的產量；（4）微生物具有較強的適應性和應變能力。（5）可以進行大規模生產（6）避免原料的浪費