地球上出現了一個極其神秘的恐怖組織，它的名字叫 “眼鏡蛇”，他們搶劫了有公爵和開傘索押送的納米蟲彈頭，辛虧的得到特種部隊的支援，這支名為 G.I. JOE的特種部隊由霍克將軍擔任領頭羊，手下高手雲集·，紅髮女是一個武術高手，她的身手可不比男人差，而且十二歲大學畢業、會七國語言的通訊員“斷路器”、軍火專家“過載”、沉默寡言的“蛇眼”等多名成員。

公爵發現搶彈頭的竟是自己的前女友安娜，公爵和開傘索申請加入特種部隊，在艱苦的訓練後終於如願以償。很顯然，眼鏡蛇的這次行動只是一個開始，他們突襲了特種部隊的基地，將軍重傷，彈頭被安娜和白幽靈拿走了。他們開始追查行動，很快查明瞭“眼鏡蛇”的陰謀，他們要襲擊巴黎，誒菲爾鐵塔在納米蟲的噬咬下倒塌，還好危機被解除了，但公爵被俘了，特種部隊決定毀掉另三枚彈頭，並救出公爵。而他們要解決掉的是“眼鏡蛇”的主人迪斯特羅，也就是賣納米蟲彈頭的那傢伙的北極水下基地。特種部隊剛到，三枚彈頭就發射了，打掉了攻擊北京的一枚，還有兩枚分別攻擊莫斯科和華盛頓，開傘索駕駛飛機追出了大氣層，紅髮女和蛇眼潛入了基地。公爵見到了幕後主宰，竟是安娜的弟弟，也是公爵以前的部下，被認為死於空襲的雷克斯，他毀了容，心理扭曲了並控制了他姐姐。特種部隊大軍配合潛入的紅髮女和蛇眼發起攻擊，太空中開傘索擊毀了射向莫斯科的彈頭，安娜對公爵的愛使他脫離了控制，救出了公爵。可雷克斯竟然想殺了他姐姐，在最後一枚彈頭即將擊中目標時，開傘索終於擊毀了它。基地裡蛇眼正和師兄白幽靈打得你死我活，千辛萬苦後蛇眼殺了這個暗害師傅的師兄，特種部隊攻入了基地，但迪斯特羅和雷克斯卻跑了在安娜和公爵的追捕和大部隊的堵截下終於抓到了他們，被嚴密關押了起來。安娜也接受了關押和治療，在監獄裡公爵和戴著手銬的安娜忘我的吻在了一起。將軍康復了，大家也開始了新的任務。劇情是我總結的，不足之處望指正。