生物柴油與傳統石油相比，具有的優良的環保特性：硫含量低，二氧化硫和硫化物的排放低、生物柴油的生物降解性高達98％，降解速率是普通柴油的2倍，可大大減輕意外洩漏時對環境的汙染；

石油柴油相關國家及行業標準不適用於生物柴油，生產的純生物柴油需要符合國家《柴油機燃料調合生物柴油(BD100)》標準。

生物柴油與石化柴油對比：

(1) 點火效能佳。柴油的關鍵指標十六烷值較高，大於45(石化柴油為45)，抗爆效能優於石化柴油；

(2) 燃燒更充分。生物柴油含氧量高於石化柴油，可達11%，在燃燒過程中所需的氧氣量較石化柴油少，燃燒、點火效能優於石化柴油；

(3) 適用性廣，除了供公交車、卡車等柴油機的替代燃料外，又可以做海洋運輸、水域動力裝置、地質礦業裝置、燃料發電廠等非道路用柴油機之替代燃料；

(4) 保護動力裝置，生物柴油較柴油的運動粘度稍高，在不影響燃油霧化的情況下，更容易在汽缸內壁形成一層油膜，從而提高運動機件的潤滑性，降低機件磨損；

(5) 通用性好，無須改動柴油機，可直接新增使用，同時無需另添設加油裝置，儲運裝置及人員的特殊技術訓練(通常的其他替代燃料有可能需修改引擎才能使用)；

(6) 安全可靠，生物柴油的閃點較石化柴油高，有利於安全儲運和使用；

(7) 節能降耗，生物柴油其本身即為燃料，以一定比例與石化柴油混合使用可以降低油耗、提高動力性；

(8) 氣候適應性好，由於不含石蠟，低溫流動性佳，適用區域廣泛；

(9) 功用多，不僅可做燃油又可作為新增劑促進燃燒效果，從而具有雙重功能。總之，使用生物柴油具有諸多的好處：它減少了尾氣排放，它不易燃燒，生物可降解，它可以用於傳統的柴油機而無須改進。