美國國家航空航天局( NASA )飛往太陽系天體的太空行動要能夠維持生命，或者可能要維持處於基本進化狀態的生命，對於太空船表面上的最大孢子數有嚴格的限制要求;隨著潔淨室規程效率的提高，這些限制等級很可能會慢慢地降低。 當然其它航空類的潔淨室要求也基本上差不多。幾項前景看好的技術可以幫助承包商降低孢子數，達到可接受的水平，快速測定微生物，並確定飛船微生物的詳細基因組。NPR 8020.12 允許採用其他方法替代125°C乾熱滅菌，只要程式和質量控制得到 NASA 行星保護官方( PPO )批准。然後，這些方法就會在得到批准的 PP (行星保護)計劃中被列出。透過引用規格數字，飛行器硬體圖紙可以採用這些獨特的微生物減量方法。微生物屏障可用於防止先前經過消毒的區域被重複汙染;至少 1,244 Pa ( 5英寸水柱 )的壓力才能滿足防止微生物入侵的需要。高效空氣過濾器 HEPA (0.3 µm，效率99.97% )也是一種公認的高效微生物屏障。NASA 要求航天飛船的裝配要在最低限度為 ISO 8 級( Fed. Std. 209E Class 100,000 )的潔淨室中進行。對於一個火星登陸任務，整個航天飛船所能允許的最大孢子數為 300,000 (或<300個細菌芽孢/m2);所有的其它目標仍然有一個邊坡穩定性機率( probabilistic )要求。每個航天飛船的所有表面區域可以有 300,000 個孢子的數量，適用於火星的非特殊區域(大多數表面);而包括硬體內的有機體(如罐封膠囊)在內，總允許量為 500,000 。海盜號以及其它接觸“特殊區域”或尋找生命的航天飛船必須滿足 300,000 的要求，並且透過乾熱滅菌將表面生物載荷降低到 10,000，這意味著在飛船表面的所有可見孢子將不會超過30個。多數的航空無塵室都有未知的微生物沉積率和表面微生物群體，通常並沒有可立即投入使用的微生物實驗室。當建造一個合適的微生物學實驗室，以實施 NPR 5340.1 時，PP 程式首先要做的是使它們的潔淨室儘可能的無菌。為此可以建造一個臨時實驗室，使用 100 級( ISO 5級 )潔淨工作臺，並設有臺式恆溫箱。採用市場上有售的沉降板(捕捉微生物輻射塵)和基於胰酶大豆瓊脂(TSA)的接觸板(測定潔淨室表面)，就可以完成對潔淨室(包括熱真空室，聲學和振動設施)，以及相關的裝置的初步檢測。這些程式主要是設計用來檢測並計算異養菌、嗜溫菌、好氧/厭氧微生物的數目的。最可能在太空和行星環境下存活下來的微生物有喜鹽生物、某些品種的芽孢桿菌和極端微生物。