個人開具運輸發票的辦理流程如下：

1、已在稅務局辦理稅務登記證的個人，可以直接申請代開貨物運輸業增值稅專用發票。

2、未在稅務局辦理稅務登記證的個人，可以先申請辦理臨時稅務登記，再申請代開貨物運輸業增值稅專用發票，不申請辦理臨時稅務登記的，只能申請代開增值稅普通發票。

3、提供所需要的營業相關證件，如稅務登記證原件及影印件以及身份證等，當場就可以辦理。

4、納稅人應將營運資質和營運機動車、船舶資訊向主管稅務機關進行備案。完成備案後，納稅人可向代開單位申請代開增值稅專用發票，並向代開單位提供以下資料：

（1）《貨物運輸業代開增值稅專用發票繳納稅款申報單》。

（2）載入統一社會信用程式碼的營業執照（或稅務登記證或組織機構程式碼證）影印件。

（3）經辦人身份證件及影印件

A、開票人稅務登記證副本原件（需查驗）。

B、承運人自有車輛《道路運輸經營許可證》影印件，船舶的《船舶營業運輸證》影印件。（本資料僅第一次代開需要）。

C、承運人同貨主簽訂的承運貨物合同或者託運單、完工單等其它有效證明。

D、實際受票方為一般納稅人的稅務證明（加蓋一般納稅人條形章的稅務登記證副本或一般納稅人資格認定表）。

E、運輸方和實際受票方的開戶銀行及銀行帳號、單位地址及電話，發貨人和收貨人名稱和稅號（資訊很重要，是開具發票的必要資訊，須認真核實並填寫在申報單上）。