有幾種形式的過濾可以選擇，但主要看什麼魚缸以及缸內養什麼魚。（1）壁掛式瀑布過濾器。成本低，但僅靠一小塊過濾棉過濾效果自然是強不了，多見於40CM以下長度的魚缸用，因為小魚缸往往沒有更好的選擇；（2）壁掛式濾桶。過濾效果比瀑布好多了，但價格已經上來了，40-60釐米的缸往往比價適宜；（3）小型內建過濾器。一般兼具過濾和增氧兩種功能，抽魚糞便的能力很差，唯一的好處就是不佔用魚缸外部空間。另，有些成品的魚缸會自帶這種過濾；（4）獨立濾桶。過濾效果可以說非常好，一般40CM以上長度的缸就比較好購買到合適型號的濾桶，加CO2的草缸必須用濾桶，否則CO2易逃逸；另外需要說明的是濾桶的強項是過濾的很細，但是養那些能吃能拉的魚也要用濾桶的話統必須很大（過濾功率不用太大）；（5）上過濾，有些成品魚缸採用這種設計，缸內有過濾器和上濾盒。結構簡單，過濾效果也比較好，維護起來也方便。控制進水口離缸底的距離在5毫米以內可以較容易的吸起缸底雜物；（6）多層上過濾，上過濾的增強版，但過濾效果是倍增的，因為多層過濾盒不光可以放過濾棉還可以放濾材培養硝化細菌。缺點是多層過濾盒擺在魚缸上面，比較影響美觀，有時會有頭重腳輕的感覺；（7）側濾（背濾同理），做側濾的魚缸一般不會太小，因為要將魚缸的一側隔出一小塊區域，再把這塊區域細分為沉澱區、淨水區等兩三個區域，過濾的效果還不錯，缺點就是用掉的缸內的空間以及過濾棉必須勤換，否則一旦棉變得不透水就可能造成水泵空轉；（8）底濾，必須是有地櫃的魚缸，一般認為底濾是兼具過濾能力強、易維護和美觀等多個優點的。一般養中大型的能吃能拉的魚底濾絕對是首選，唯一不能採用這種方式的就是加CO2的草缸。