李鴻章從日本商談了《馬關條約》後回國，向皇帝請了20天的假。20天的假期，很快就過去了。5月11日，李鴻章又上了一個摺子，請求延假一個月，朝廷也應允了。在這30天的假期裡，李鴻章過得並不輕鬆。因為《馬關條約》之後，還有一系列的善後問題需要商討，其中最緊要的是臺灣的交接和遼東半島的歸還。

李鴻章原本打算以臺灣強烈的反割臺情緒為理由，推遲臺灣的交接。日本方面卻催促中國派代表前往臺灣商談交接事。自甲午以來，李經方（李鴻章的兒子）受到言官猛烈的彈劾。由於父親李鴻章在日本受傷，李經方不得不接過“全權大臣”的燙手棒子。與此同時，指他賣國的謠言聞風而起，且荒誕不經，諸如“以己貸貨百萬借給倭人”、“所納外婦即倭主睦仁之甥女”，查無實據，卻不脛而走。

此次，李鴻藻和翁同酥力主派李經方前往“割臺”。5月18日，刑科給事中謝雋杭奏請派李鴻章、李經方父子赴臺交割，筆端極盡飢諷，說什麼李鴻章父子“既能定割地請和之策，自必具用夷變夏之才”，“豈有功屆垂成，反自逍遙事外之理”，派他們赴臺交割，正好可以“終遂其志”。

當日，便有電寄諭旨命李經方前往臺灣，與日本所派大臣辦理割臺事宜。訊息於次日傳到李鴻章耳中，他透過科士達與英美公使和總理衙門大臣張蔭桓聯絡，企圖免除任命，但皆被告知“無法可想”。無奈之下，他致電總理衙門，稱李經方“神志不清，斷難勝此艱鉅”，請旨收回成命。現在臺灣抵抗正識，李經方一去不是羊入虎口嗎?即使全身而還，名節也更難保全。李鴻章肯定慌了，以至於編造出來理由很難讓人信服。

果不其然，5月20日，光緒帝發下諭旨，對李託病之事“殊堪詫異”，詰責李鴻章身兼重任，在這種關頭，怎麼可以置身事外，命李經方迅速赴臺，不要尋思推脫，否則“惟李經方是問，李鴻章亦不能辭其咎也”。

這一道嚴旨，讓本來就鬱郁不得申的李鴻章感到難以承受，他再次想到了科士達，希望在科士達的陪同下，李經方臺灣之行能有驚無險。他也沒辦法安慰兒子，只能在發去的電報裡一抒抑鬱。

李鴻章也不好在天津滯留太久，並初步定於6月12日進京。恰在此時，日本派來的使臣林董將到中國。李鴻章收到了總理衙門的電旨，命他和王文韶為全權大臣與林董談判商約，“不必先令來京” 。

6月15日，林董到達天津。第二天，李鴻章、王文韶便拜訪了他。北京本是希望將林董留在天津，商討《馬關條約》簽訂後遺留的商約和遼東半島問題。不過此次林只是作為駐京使臣，並無談判的任命。林執意要上北京，李、王也不好強留。至於商約的談判，林表示入京後可再回天津商談。

但從北京傳來的訊息，對李鴻章越來越不利。隨著孫毓汶的開缺，徐用儀也岌岌可危。朝中能幫他說話的已然寥寥，思量再三，他決定親自上京，為自己辨明。

既然日本公使林董要求在北京談判商約，那麼李鴻章在屢次乞假後，也有了一個較為光彩的理由進京。同時，他還有個小算盤，希望拉翁同酥參加商約的談判，使這個老“清流”也嚐嚐對外交涉的滋味，多少能堵點悠悠之口。在朝中無人幫襯的情況下，李鴻章希望透過伍廷芳的陳情，向日方表達他“傾日”的願望，使日本寄重於他，這席話頗能打動日本領事官。

8月21日，李鴻章奏《請入都覆命折》，明明是自己想進京，卻能處處以朝廷立場出發，其中提防日使“別存觀望”一句，使得李鴻章的進京變得尤為需要。兩天後，李鴻章奉上諭，獲准進京了。