在交易制度上，主機板市場與中小企業板塊有一些不同之處，因此，在投資上也存在一定的差異。投資者需要加以瞭解並注意這些投資要點，特別要注意集合競價的差別。

1、目前主機板市場每天只有一次集合競價，中小企業板每天有兩次集合競價，第二次是收盤集合競價，時間為14：57至15：00。

2、上午9：20至9：25之間，深圳證券交易所主機不接受中小企業股票的撤銷申報。

3、由於中小企業股票的收盤價透過收盤前最後三分鐘集合競價的方式產生，一些習慣於在尾盤操作的投資者要注意，這段時間是不可以連續競價買賣的。

4、中小企業板塊股票在開盤集合競價期間，深交所主機即時揭示中小企業股票的開盤參考價格、匹配量和未匹配量，增加了開盤集合競價的透明度。投資者要將匹配量和未匹配量作為新的分析指標，研判開盤價背後的實際買賣情況，瞭解主力資金的動向。

中小企業板塊不僅要像主機板一樣，對漲跌幅偏離值達到±7%的各前三隻股票披露，還增加了日價格震幅達到15%的前三隻股票、日換手率達到20%的前三隻股票做披露的規定。

另外，規定中小企業股票交易屬於異常波動的應當停牌。與主機板市場有明顯區別的是，對於異常波動範圍的界定，還增加了換手率異常的新條件：即連續三個交易日內日均換手率，與前五個交易日的日均換手率的比值達到30倍,並且該股連續三個交易日內的累計換手率達到20%的。

對於這類換手率異常的股票，投資者要堅決迴避；如果處於贏利狀態的，要立即獲利了結，以免被交易所的停牌耽誤操作。