他常常望著遮掩住家鄉的十萬群山。山頂，正一片晚雲秋。　　看著那燦爛的山光，他想著山後在江南的麗娘和茂兒、旺兒，也不知他們此時如何？王信、四龍他們，樹倒後現在又在哪裡？還有那遠在海國的曉雲，那已在天國的禇氏、晴兒……　　朦朧中，禇氏和晴兒向他走來，他頹然倒在那萬里外的異鄉土地上。　　……　　沈萬三死後，他的靈柩被悄然運回了周莊。　　怕明廷嗅出味道，故里的鄉親們把他的棺木葬在了一處叫做銀子浜的水底，鄉人呼為水冢。　　還有一些記載中說起沈萬三既至滇，遇歷宋元明三代的真人張三丰傳丹法，於是從之而煉天元大藥而服之。後來，沈萬三也得了道，與張三丰一起隱顯度世，敕封宏願真人，或隱天目，或隱武當，皆無定所。甚至有些記載記述到，隔了整整一個明代後的康熙初年，為了一個蘇州女子陳圓圓而沖天一怒以降滿清的吳三桂，至滇而又謀逆時，一個唱戲的戲子，中途失侶，於亂山中見一大宅，乃叩門借宿。傾之，一蒼髯古貌的老人出，當得知這本是揚州人的戲子也來自江南時，老人高興地說，我和你是同鄉，你知道當年那個沈萬三嗎？我就是啊！　　這個戲子後來遇到他的同伴時說起此事。雍正年間時，海鹽陳別駕的一個表親俞某曾遇到這個戲子，親耳聽他說起，陳別駕撰述了下來。　　這些記載無論是出自訛傳還是編造，雖然有些“神”的意味，但其目的都是希望給這位頗有悲劇色彩的商界鉅子添些亮色而已。相比之下，倒是沈萬三的故鄉——周莊至今執著的傳說更具有傳奇的凝重色彩同時也更富於現實的“人”的情味。

在《明史》的記載中，沈萬三最終的結局依然和朱元璋有關。朱元璋統一天下之後，決定修建南京的城牆。但由於當時天下初定，嚴重的軍費開支，導致國庫空虛，朱元璋竟然一時間拿不出那麼多錢。

　　江南鉅富沈萬三在得知訊息後，主動拿出了上百萬兩白銀，幫助朱元璋修築了三分之一的南京城牆。當然，沈萬三這麼做，也是有目的的。由於他之前曾出資幫助張士誠，因此朱元璋對他並沒有什麼好感。現今天下大定，沈萬三肯定要主動示好新皇，彌補兩人之間的關係裂縫，這樣才能保證日子過得舒暢。

　　不過沈萬三在出資建城以後，仍然覺得不夠，於是他主動向朱元璋請命，表示願意再次出錢犒賞三軍將士。朱元璋得知訊息以後，大怒，他認為沈萬三僅僅是一介匹夫，竟然敢說犒賞天子軍隊這樣的話，顯然是有奪權的想法。這種人，必須得殺。

　　馬皇后聽說這件事以後，勸解朱元璋說：“法律是用來處置不法之徒的，不應該處置沈萬三這樣的不祥之人，不祥之人自有天收，陛下你不用殺他。”

　　最終朱元璋放過了沈萬三，但卻沒收了他的家產，並將他流放到了雲南。

關於沈萬三的結局，在歷史上還有一種說法。

　　清代史料《吳江縣誌》記載：“張士誠據吳時萬三已死，二子茂、旺秘從海道運米至燕京。”這個史料是說，早在1356年，張士誠佔領吳會的時候，沈萬三就已經死去了，而朱元璋建立明朝是在1368年，因此沈萬三根本沒有可能為朱元璋修南京城牆，更加不可能被流放的雲南。

　　由於《吳江縣誌》的史料是源自明朝莫旦編撰的《吳江志》，而莫家與沈家又是有姻親的兩個家族，因此這個說法雖然與《明史》相悖，但卻依然有一定的依據。

　　當然了，也許當時沈萬三確實已經去世，不過，當時沈萬三的家產還在。朱元璋從沈萬三後代那裡獲取財產，也是有可能的。總之，有一點是肯定的，朱元璋建國以後，確實憑藉他的權勢，不勞而獲沒收了沈萬三的鉅額財產，這是不爭的事實。