1、字根碼

每個字根都分派在一個字母鍵上，其所在鍵上的英文就是該字根的"字根碼"。

凡含四個或超過四個字根的漢字，取其第一、二、三、末四個字根碼組成鍵外字的輸入編碼。

第一字根編碼+第二字根編碼+第三字根編碼+最末一個字根編碼

這裡一、二、三、末應按正常書寫順序，先左後右，先上後下，先外後內。

2、交叉識別碼

一個字的字根不足四個時，依次擊入字根碼後，最後需要補一個識別碼。為什麼需要這個識別碼呢，這裡可以舉例說明：如"沐"和"汀"字，這兩個字都是由兩個字根組成的，且這兩個字的字根碼都是IS。雖然也可以讓輸入者選擇的方式來確定到底需要輸入哪一個字，但這對漢字輸入速度極為不利，重位元速率要越低越好，所以五筆編碼中才引入了識別碼這個概念來對這類漢字進行區分。

識別碼是用該漢字最後一個筆畫和字型結構資訊來確定的，具體規則如下表：

左右結構(第1位) 上下結構(第2位) 雜合結構(第3位)

末筆是"橫"，在一區 G F D

末筆是"豎"，在二區 H J K

末筆是"撇"，在三區 T R E

末筆是"捺"，在四區 Y U I

末筆是"折"，在五區 N B V