滴濾本質上屬於生物膜處理法，微生物附著在填料濾材表面形成生物膜，所需氧氣直接來自大氣。“沼澤”過濾理論基於仿人工溼地系統，各種微生物生長在不同好氧厭氧區域內。維管束植物根系附近形成好氧區提供氨化、硝化環境，底泥內形成厭氧區提供反硝化環境。實際上，經過氨化，硝化後的硝酸鹽產物已經可以認為對水質影響大大減小了，並且一般沒有針對反硝化過程的補碳源措施，所以水質淨化的核心環節仍是好氧區的硝化反應速率。在“沼澤”系統中，植物扮演的另一個角色是和硝化細菌部分功能重疊的氨氮吸收者，直接吸收有機垃圾，同時高等植物根系具有阻截作用，還能壓制水體中藻類的過度生長。沼澤系統中，植物起著非常重要的作用。在不提供額外曝氣的情況下，植物的生長狀況直接影響著沼澤過濾的效果。

硝化細菌的增長速率比異養菌小了一個數量級，需要合適的溫度，溶解氧和相對較低的有機負荷，討厭光，討厭酸。無論是滴濾還是沼澤，都需要初步的物理過濾（濾棉）去除大部分懸浮固體以免過濾系統內部堵塞並同時減小有機負荷。硝化細菌在濾料或者填充石料表面生長繁殖的過程叫“掛膜”，只有形成了穩定掛膜的硝化系統才會進行正常的物質和能量交換工作，所以硝化細菌需要數週的培養時間才會增殖掛膜形成具有過濾功能的硝化系統。市售菌液，菌粉等等產品都不具有即倒即用的效果，只能相對縮短菌的增殖時間，形成掛膜依然需要數週時間。硝化細菌產品絕對不是立竿見影的淨水劑，過量使用甚至會使新的水體中有機物（菌的屍體）含量暴增破壞水質。而硝化系統已經穩定的缸，根本沒必要補菌，因為掛膜的菌已經飽和了，再加也沒用。硝化細菌產品的使用，僅僅是新開缸和使用過全缸抗生素殺菌藥劑之後有所需求。

我們創造一個活水的系統，最根本的目的是利用活水做輸送和增氧，為植物和硝化細菌輸送營養，為硝化細菌供氧，而如何創造一個硝化細菌能高效運作的生物水處理環境，就是每一個玩過濾的人需要考慮的。硝化系統理論使我們從僅靠植物系統支撐的大水稀養的古法限制中突破出來，但硝化系統本身也是脆弱的和有上限的。