孟德爾豌豆實驗是統計分析豌豆性狀的遺傳和變異得出的結論，提出“遺傳因子”的假說，他雖然提出了“遺傳因子”等概念，由於觀測技術限制無法知道它的本質。

孟德爾當年做遺傳實驗，挑選的都是那些繁殖力強、生命週期相對比較短、有明顯區別性狀的豌豆等作為實驗材料，因為這些生物都是兩性繁殖，不能脫離生殖細胞結合後的染色體配對結合，所以最後得出的結論是遺傳遵循明顯的數學規律，生物的某種性狀在一個較小的範圍內，不論經過多少代，性狀的比例都可以透過計算得出，並且還有性別等因素影響性狀的遺傳。

透過這些肉眼可見的規律，孟德爾知道了生物有“遺傳因子”，它們控制著生物的性狀遺傳和變異，只是那時候不能觀測細胞內部的精細結構，更不可能深入到分子層面，因此遺傳因子到底是什麼他不知道，後來摩爾根的果蠅遺傳實驗還發現了一些伴隨性別遺傳的性狀。隨著細胞學和分子學等觀測手段的進步，科學家們才發現染色體在精卵結合時的配對遺傳問題，從數學上計算也能得出孟德爾的結論，遺傳的規律在更本質的層面上被確認。

這就是科學的假說和胡亂猜想的區別，由觀察、觀測得出一定的結論，而那些結論可以推向更深層次的本質的問題，為某一學科的發展提供了一個大方向，只是那些問題還需要大量的驗證，再得出的結論發展為理論體系。