債券結算方式是指在債券結算業務中，債券的所有權轉移或權利質押與相應結算款項的交收這兩者執行過程中的不同制約形式。中央債券簿記系統中所設計的結算方式有：純券過戶、見券付款、見款付券、券款對付（DVP）四種。

純券過戶：只用於現券買賣的結算，是指買賣雙方要求中央結算公司在結算日辦理債券的交割過戶時無須通知其資金結算情況的結算方式。國際證券業稱這種方式為FOP（Free of Payment），即不以資金結算為條件的債券過戶。在結算成員雙方信譽比較好又彼此瞭解的情況下可以選用此方式。選擇此結算方式，每一方都不應以未收到對方的券或款為由而不如期履行交付義務。

見券付款：用於現券買賣和封閉式回購首期的結算，是指在結算日買方\逆回購方透過債券簿記系統得知賣方\正回購方有履行義務所需的足額債券，即向對方劃付款項，然後通知中央結算公司辦理債券結算的方式。是一種買方\逆回購方佔主動的結算方式。賣方\正回購方在選擇此方式時應充分考慮對方的信譽情況。

見款付券：用於現券買賣和封閉式回購到期的結算，是指在結算日賣方\逆回購方確認已收到買方\正回購方資金後即通知中央結算公司辦理債券結算的一種方式。是一種賣方\逆回購方佔主動的結算方式。在買方對賣方比較信賴的情況下可以採用。

券款對付：是指在結算日債券與資金同步進行結算並互為結算條件的方式，國際證券業稱其為DVP(Delivery Versus Payment)。一般需要債券結算系統和資金劃撥清算系統對接，同步辦理券和款的結算。根據國際同行業經驗，債券簿記系統與支付系統連鎖運作，同時進行債券和資金的轉帳，並配合相應的質押融資融券機制，可實現實時的、高效率的DVP。隨著中國大額支付系統建設越來越完善，現在全大部分金融機構都使用券款對付結算方式。