反相還是正相，是根據流動相相對於固定相的極性而言的。 流動相極性強於固定相的，稱作反相色譜；流動相極性弱於固定相的，稱作正相色譜。 　　反相色譜流動相的極性強，容易帶著極性分子走，而留下非極性分子。這主要用於非極性樣品的分離。常用的高壓液相色譜都是這種，也有人喜歡說反相液相色譜，其實是一個意思，就是顯得博學一點。　　正相色譜固定相極性強，容易把極性分子留下，故主要用於極性樣品的分離。如離子色譜。 　　實際應用好像沒有太注意正相還是反相，倒是都很注意柱子能承受什麼樣極性的物質。反相液相色譜柱不可以用強極性的純水，都是要加入至少5%的有機溶劑來弱化水的極性。 正相的離子色譜柱則堅決不可以進入有機物質。但是氣相色譜實際也是一種正相色譜，卻往往要求不可以有水進入。

正相色譜選擇原則與反相色譜相仿，正己烷相當於是在反相色譜中的水相，而乙醇、四氫呋喃或氯仿等相當然於反相色譜中的乙腈或甲醇，三氟乙酸和三乙胺也是用來調節PH值的，但有一個問題要注意，一般 正相色譜不用緩衝鹽，因為正相色譜一般只用有機溶劑，不用水相，所以與緩衝鹽不溶解。而通常正乙烷的量都是超過50%的。根據樣品的結構，酸式樣品加酸調節流動相，鹼式樣品加鹼調整流動相。

正相色譜流動相不能做梯度，因為基線漂移太大。還有正相色譜中很大的一個應用是進行手性檢測，手性檢測根據柱子的要求對於是流動相的要求也非常高。

總之，正相色譜的使用在液相色譜中使用相對來說沒有反相色譜使用廣泛，使用之前一定多看色主譜柱的使用說明書。