不同點一： 一人到兩人。神舟五號只有楊利偉一個乘客，神舟六號增加為由費俊龍和聶海勝兩名航天員組成的乘組。
不同點二：一天到多天。神舟五號僅飛行21個小時，繞地球14圈，距離總計60萬公里。神舟六號要在軌執行多天，飛行圈數、距離必然大大增加，費俊龍和聶海勝將成為飛得最遠的華人。
不同點三：一艙到多艙。神五飛行中，楊利偉一直待在返回艙內，也沒有進行空間科學實驗操作。但這一次，兩名航天員要從返回艙到軌道艙吃飯、睡覺並進行空間科學實驗。這是中國第一次有人參與的空間科學實驗。 飛船應用系統總指揮、總設計師顧逸東：科學試驗如果沒有人的參與，試驗的內容和效果將受到很大的限制，因為從某種意義上來說，科學試驗無法事先設定好，試驗過程中會出現一些根本無法預料到的情況，需要科學家根據這些情況採取措施，這必須要有人的參與。所以說，人的參與將使空間科學試驗實現質的飛躍。
不同點四：航天員的“衣”。神五飛行中，楊利偉一直穿著航天服，而這次兩名航天員要脫下航天服到軌道艙活動。
不同點五：航天員的“食”。神五飛行的21個小時裡，楊利偉吃了些小月餅，喝的是礦泉水，而這次，航天員吃上了熱飯熱菜。
不同點六：航天員的“睡”。楊利偉躺在座椅上睡了兩覺，其間熟睡有半個小時。這次飛行，兩名航天員睡覺時間增多了，而且要用上太空睡袋。
不同點七：航天員的如廁問題。楊利偉在太空沒有上廁所，神舟六號飛船首次在軌道艙裡裝備了大小便收集器。 陳善廣：在太空上廁所是個麻煩事。我們的航天服裡有一個類似於“尿不溼”的小便收集裝置，這是上次飛行中楊利偉惟一能夠使用的“廁所”。這次我們增加了一個大小便收集器，能夠強力吸走排洩物，同時透過除臭裝置除去異味。這個吸塵器式的“太空馬桶”在太空中是否方便好用，是這次任務需要驗證的一個問題。
不同點八：飛船更舒適。基於兩人多天的飛行任務，神舟六號飛船首次全面啟動了環境控制和生命保障系統。 載人飛船系統總設計師張柏楠：透過110多項技術改進，這艘飛船提高了冷凝水汽的能力，確保飛船溼度控制在80％以下，改進了座椅的著陸緩衝功能，不僅保護了航天員，還能讓他在返回途中座椅提升仍然可以看到舷窗外的情況。另外，因為人數和裝置的增加，神六比神五飛船重了200多公斤。
不同點九：火箭更安全。與上一枚火箭相比，發射神舟六號飛船的“長征二號F”型火箭有75項技術改動，更加安全、可靠和舒適，也有了更多的功能。 運載火箭系統總設計師劉竹生：世界上不少航天事故都是火工品爆炸造成的，為了確保航天員的安全，這枚火箭第一次在點火裝置上增加了火路安全機構，把火工品爆炸的風險降到了最低點。同時，我們用新的計算方法，進一步了減小了上升段的震動。這枚火箭上還第一次安裝了攝像頭，可以把火箭從起飛到船箭分離等動作的畫面實時傳回，以幫助地面更加準確地觀測和判斷火箭狀態。 不同點十：副著陸場首次啟動。與神舟五號著陸場系統最大的不同在於，這次飛行任務首次全面啟用了位於酒泉附近的副著陸場。
不同點一： 一人到兩人。神舟五號只有楊利偉一個乘客，神舟六號增加為由費俊龍和聶海勝兩名航天員組成的乘組。
不同點二：一天到多天。神舟五號僅飛行21個小時，繞地球14圈，距離總計60萬公里。神舟六號要在軌執行多天，飛行圈數、距離必然大大增加，費俊龍和聶海勝將成為飛得最遠的華人。
不同點三：一艙到多艙。神五飛行中，楊利偉一直待在返回艙內，也沒有進行空間科學實驗操作。但這一次，兩名航天員要從返回艙到軌道艙吃飯、睡覺並進行空間科學實驗。這是中國第一次有人參與的空間科學實驗。 飛船應用系統總指揮、總設計師顧逸東：科學試驗如果沒有人的參與，試驗的內容和效果將受到很大的限制，因為從某種意義上來說，科學試驗無法事先設定好，試驗過程中會出現一些根本無法預料到的情況，需要科學家根據這些情況採取措施，這必須要有人的參與。所以說，人的參與將使空間科學試驗實現質的飛躍。
不同點四：航天員的“衣”。神五飛行中，楊利偉一直穿著航天服，而這次兩名航天員要脫下航天服到軌道艙活動。
不同點五：航天員的“食”。神五飛行的21個小時裡，楊利偉吃了些小月餅，喝的是礦泉水，而這次，航天員吃上了熱飯熱菜。
不同點六：航天員的“睡”。楊利偉躺在座椅上睡了兩覺，其間熟睡有半個小時。這次飛行，兩名航天員睡覺時間增多了，而且要用上太空睡袋。
不同點七：航天員的如廁問題。楊利偉在太空沒有上廁所，神舟六號飛船首次在軌道艙裡裝備了大小便收集器。 陳善廣：在太空上廁所是個麻煩事。我們的航天服裡有一個類似於“尿不溼”的小便收集裝置，這是上次飛行中楊利偉惟一能夠使用的“廁所”。這次我們增加了一個大小便收集器，能夠強力吸走排洩物，同時透過除臭裝置除去異味。這個吸塵器式的“太空馬桶”在太空中是否方便好用，是這次任務需要驗證的一個問題。
不同點八：飛船更舒適。基於兩人多天的飛行任務，神舟六號飛船首次全面啟動了環境控制和生命保障系統。 載人飛船系統總設計師張柏楠：透過110多項技術改進，這艘飛船提高了冷凝水汽的能力，確保飛船溼度控制在80％以下，改進了座椅的著陸緩衝功能，不僅保護了航天員，還能讓他在返回途中座椅提升仍然可以看到舷窗外的情況。另外，因為人數和裝置的增加，神六比神五飛船重了200多公斤。
不同點九：火箭更安全。與上一枚火箭相比，發射神舟六號飛船的“長征二號F”型火箭有75項技術改動，更加安全、可靠和舒適，也有了更多的功能。 運載火箭系統總設計師劉竹生：世界上不少航天事故都是火工品爆炸造成的，為了確保航天員的安全，這枚火箭第一次在點火裝置上增加了火路安全機構，把火工品爆炸的風險降到了最低點。同時，我們用新的計算方法，進一步了減小了上升段的震動。這枚火箭上還第一次安裝了攝像頭，可以把火箭從起飛到船箭分離等動作的畫面實時傳回，以幫助地面更加準確地觀測和判斷火箭狀態。 不同點十：副著陸場首次啟動。與神舟五號著陸場系統最大的不同在於，這次飛行任務首次全面啟用了位於酒泉附近的副著陸場。