使用高能X射線殺死癌細胞和縮小腫瘤的放射治療可以用來代替手術或手術。質子治療是橫紋肌肉瘤的治療手段之一。與常用的高能輻射放療不同，質子治療使用的是質子射線，在到達腫瘤部位時才釋放出能量，因而能更精準的將射線照射到腫瘤上，達到殺死腫瘤的目的，從而減少對正常組織器官的傷害。 而對於兒童和青少年患者，治療後強烈建議由經過培訓的臨床醫生定期監測，以監測生長的可能復發情況並處理治療的任何副作用。在隨訪期間，可能會建議對腫瘤部位或其他部位進行診斷性檢查，以密切監測孩子的健康狀況，並確保沒有復發。 對於患有癌症的孩子，選擇治療方法不僅僅是因為它們有效，而且因為它們安全並且具有最小的長期影響。質子治療的最大好處是能夠將輻射劑量直接傳遞給孩子的腫瘤，從而最大限度地減少對周圍健康組織的損害。 據新里程美家國際醫療的訊息，2012年8月，美國患者Bree Burke被查出患有眼眶橫紋肌肉瘤，由於腫瘤的位置在頭部，醫生認為質子治療是最合適的治療方案。Bree一共完成了25個療程的質子治療。現在10歲的Bree不僅馬上要升學到5年級，同時繼續參加芭蕾舞劇，爵士樂和踢踏舞表演和比賽。 2016年8月25日，美國患者Colt Wilson被查出患有橫紋肌肉瘤，且已經轉移至前列腺，這種情況在兒童患者上鮮有發生。經歷了43周的化療和28天的質子治療，Colt在得到確診結果的327天后被告知體內已經沒有癌細胞。

胚胎型橫紋肌肉瘤多數好發於頭頸部、眼眶、泌尿生殖系。 手術治療的原則是施行廣泛切除術，爭取保留肢體，由於邊緣切除複發率可高達80%以上，故在四肢做不到廣泛切除的病人，截肢仍屬必要。對於不能做廣泛切除的部位，又不在四肢無法行截肢術的腫瘤，術後輔以放療有減少復發的作用。化療藥物可供使用的有ADM、CTX、VCR、順鉑等，但療效不肯定。橫紋肌肉瘤可早期發生引流區淋巴結轉移，有必要在腫瘤切除的同時行引流區淋巴結清掃術。 對於此例病人來講，手術也沒法再做，做也做不乾淨。化療也無效果，醫院不收治是因為目前從現代醫學來講已無他法，不能怪醫院！因為再花錢也不能挽救病人的生命，從目前來橫紋肌肉瘤5年生存不到25%如是胚胎型的更低。 醫院拒收是從病人經濟出發，現在不如回家姑息治療。 願幸運降臨於他！！