堆肥的影響因素很多，主要包括：有機質含量、含水率、碳氮比、pH、溫度和供氧。

（1）有機質含量 研究表明，堆肥中合適的有機物含量為20%～80%。有機質含量低，發酵過程中所產生的熱量將不足以維持堆肥所需要的溫度，並且堆肥肥效低；但過高的有機質含量又將為通風供氧帶來影響，從而產生厭氧和發臭。（2）含水率 在堆肥過程中，按重量計，40%～65%的含水率最有利於微生物分解。水分超過70%，分解速度明顯降低；水分低於40%不能滿足微生物生長需要，有機物難以分解。（3）碳氮比 對於快速堆肥建議初始碳氮比為（20～40）∶1。如果原料碳氮比高，細菌和其他微生物的生長受到限制，有機物分解速度就慢，發酵過程就長，同時導致成品堆肥的碳氮比過高。堆肥施入土壤後，將奪取土壤中的氮素，使土壤陷入氮飢餓狀態，影響作物生長。若碳氮比過低，可供消耗的能量來源少，氮素養料相對過剩，則氮將變成氨氮而揮發，導致氮元素大量損失而降低肥效。（4）pH 一般微生物最適宜的pH是中性或弱鹼性，pH過高或過低都會對堆肥發酵不利。在整個堆肥過程中，pH隨時間和溫度的變化而變化。在一般情況下，堆肥過程中的pH有足夠的緩衝能力，使pH穩定在可以保證好氧分解的酸鹼度水平。（5）溫度 溫度的作用主要是影響微生物的生長。一般高溫菌對有機物的降解效率高於中溫菌，現在的快速、高溫、好氧堆肥正是利用了這一點。堆肥開始時，中溫菌經過1～2天的作用，使堆肥溫度達到50～65℃；在此高溫下，堆肥只要5～6天即可達到無害化。如果堆體溫度過低，將大大延長堆肥達到腐熟的時間，而過高的堆體溫度（〉70℃）將對堆肥微生物產生有害的影響。（6）供氧 氧是好氧微生物生存的必要條件，供氧量的多少與微生物活動的強烈程度和有機物的分解速度及堆肥的粒度密切相關。目前採用的供氧方法主要有主動通風和被動通風兩種。可以利用裝載機和動力鏟或其他特殊裝置翻堆、向堆體內插入帶孔的通風管、藉助高壓風機強制通風供氧和自然通風供氧。