Seele主導的“人類補完計劃”其實非常單純，只是正片提到的比較少，所以才顯得神秘。

達成計劃的條件有兩點：1、約定之日到來。2、進行處刑莉莉絲的儀式。這是SEELE在經歷了南極調查，得到了死海文書之後得出的結論。來歷不明的死海文書，成為了SEELE指導整個“人類補完計劃”的劇本。

“約定之日”到來的條件是擊敗所有使徒

碇司令是知道“死海文書”的部分內容的，在TV版24集他說只要擊敗最後一個使徒，他的願望就會實現。劇場版中SEELE也直接使用了“約定之日”來指代“人類補完計劃”的日子。為了實現“擊敗所有使徒”這個必要條件，才有了NERV，才開始了“亞當再生計劃”，人類才造出了能夠與使徒正面對抗的EVA。

“處刑莉莉絲”是人類補完計劃最重要的步驟

在《EVA》的設定中，所有人類的靈魂來自莉莉絲，肉體誕生於LCL之海，處刑莉莉絲可以使生命之樹再度出現，人類的靈魂將回歸莉莉絲，肉體化為LCL。

注意，劇場版中的生命之樹是倒著畫的，象徵著逆生。

但是，處刑莉莉絲也不是誰都能做到的，需要十二臺EVA，以及朗基努斯之槍來進行儀式，然而劇場版中只生產出了九臺。

其實人類補完的劇本並沒完全如seele所願，派渚燻去端掉NERV沒有得逞，老碇臨時翻臉也讓SEELE沒法得到莉莉絲，還趁著攻擊鳥天使的時候讓零號機把朗基努斯之槍插到了月亮上。於是，seele只好退而求其次，選擇了莉莉絲的複製體也就是初號機來完成最終的儀式。