1862年4月22日，李鴻章的淮軍水陸協同，對常州西南的陳渡橋發動總攻。於當天，清陸軍藉著炮兵絕對優勢的炮火支援迅速攻佔陳渡橋。徹底切斷了太平軍通往金壇、丹陽之路，並於第二天掃清了常州外圍所有太平軍陣地，常州儼然如同一座孤城。4月27日，淮軍炮兵對常州實施猛烈炮擊，太平軍殘部借防禦工事負隅頑抗。隨後，淮軍炮兵借步兵掩護，將炮兵陣地向前推進，並於5月10日，對常州的太平軍發起炮擊。常州城內大南門、小南門和北門城牆被炸塌十幾個口子，隨後清軍步兵如洪水一般對常州發起了衝鋒。5月11日，李鴻章的淮軍徹底攻佔常州全境。

打下常州後，蘇南大局已定，太平軍餘孽節節敗退。此時李鴻章作為江蘇巡撫，軍政財權在握，他躊躇滿志，採取威逼利誘的方式，迅速解散了戈登的洋槍隊，並將洋槍隊的精華步兵、炮兵收入淮軍囊中，對於能夠如此順利的解散洋槍隊，李鴻章的解釋是“這是大清的中興運氣使然。”。

而此時，曾國藩的湘軍正在圍攻太平軍的都城南京，但戰事並不順利，清廷下令李鴻章率淮軍會同曾國藩的湘軍攻打南京。

這時候曾國藩跟曾國荃非常緊張，而李鴻章本人也是顧慮重重。

當時的南京一直都是曾國藩的弟弟曾國荃在領兵主攻，南京已經是湘軍的囊中之物，最後關頭，淮軍想來搶功勞，曾家兄弟顯然不會坐視不理。而曾在湘軍中做過幕僚的李鴻章也深諳此道，深知自己攻打南京意味著什麼。

李鴻章一方面以各種理由推脫朝廷，另一方面遲遲不肯出兵。

湘軍圍攻南京已有兩年多，李鴻章本人也不想跟曾家兄弟搶功，得罪自己的恩師曾國藩。但是朝廷似乎沒有體諒他的意思，仍然催促李鴻章率軍迅速向金陵集結。淮軍如同一道無形的五指山，壓得湘軍官兵喘不上氣。

當時的曾國荃簡直要瘋了，他把李鴻章的發兵公文拿給他手下的將領們看，說：“我們湘軍官兵苦打了兩年，眼看就要破城了，現在，他李鴻章帶著淮軍來了，我們該怎麼辦？”結果曾國荃的將士們異口同聲的說：“願效死力。”

湘軍在淮軍的實力催逼之下，終於攻下了太平天國的首都南京。李鴻章則始終把淮軍部署在南京外圍，按兵不動，主動放棄了與老師爭奪頭功的機會。但是曾家兄弟以及湘軍將領都很清楚，論戰鬥力、戰鬥意志、武器裝備，李鴻章的淮軍已遠在湘軍之上，昔日的學生和幕僚如今已經羽翼豐滿，淮軍僅用了短短兩年的時間，就全面超越了湘軍，成為大清帝國熱兵器武裝下，帝國保衛者的新式陸軍典範。

曾國藩手下的湘軍，已經圍攻南京城兩年有餘。這個時候的南京幾乎已經陷入了他們的包圍圈，只要等時間足夠了，便可以一舉拿下。而此刻的李鴻章，作為江淮地區本土崛起的新勢力，他所率領的淮軍早就成為江蘇境內最大的一股力量。他本人也被封為江蘇巡撫，掌握著江蘇的軍政大權。此刻的李鴻章為何沒有聽從清政府的命令，攻打南京呢？

此刻曾國藩的弟弟曾國荃已經帶著湘軍，圍困南京城兩年多。這兩年的時間，幾乎消耗光了太平軍所有的戰鬥力。洪秀全本人也奄奄一息，能夠有能力前來馳援的部隊，都被李鴻章在外圍給打掉了。所以南京城就是一座孤城。這座孤城內部就算有再多的物資，也有消耗完的一天，所以李鴻章明白，就算自己不出手，曾國荃也一定可以打下南京城。況且當時的太平軍本身在外圍的力量依舊還存在，李鴻章認為自己應該做的，就是清除外圍的太平軍，這也是必須要有人來做的。他掃蕩完常州地區所有太平軍的時候，慈禧太后這才沒有了耐心，逼著他攻打南京。

李鴻章是曾國藩一手調教出來的好學生，他們之間的關係就不用說了，那是相當好。李鴻章本來又是在湘軍中做謀士的，所以算是從湘軍這裡畢業的學生。現在打下南京城，那就等於是消滅了太平天國。不管是在歷史上，還是在滿清王朝內部，那都是有劃時代意義的事情。這不僅僅是用功勞可以評價的了，如此大的功績，李鴻章會去搶嗎？他知道曾國藩也在擔心自己去搶這個功勞，所以他不可能去搶。就算搶到手了，難道他還能像過去那樣面對自己的恩師嗎？顯然是不能的，他在官場上還有很多事情需要向曾國藩請教，所以沒有必要跟他把關係搞僵了。

打下南京城，確實是曠世奇功。但是這種曠世奇功只能由一個人去立，李鴻章顯然不想做這樣的人。不是他不想，而是他不能，因為他必須要顧慮到老師的情面。其實他心裡也十分清楚一點，他的功勞已經夠大的了，這一次的平叛他也撈夠本了。從名不經傳的小人物，到現在的江蘇巡撫，他的進步已經是飛速的了。現在手裡又掌握著當時滿清政府最強大的洋槍隊，這無疑就是他未來政治資本上的一種利器。

李鴻章早就清楚地認為，當年咸豐皇帝所說的話，是不可能當真的。就算曾國藩真的消滅了太平天國，也絕對不可能被封為王爵。不僅不會被冊封，反而會被慈禧太后排擠懷疑，甚至會丟了性命。這是對帝王心術的一種解讀，為了避免這種命運，這頭功李鴻章是萬萬都不能去碰的。他還有很長遠的政治前途，現在的步子不能邁的太大，他一口吃不成個胖子，必須要慢慢來，結果證明他是對的，曾國藩被架空，曾國荃被調來調去，只有李鴻章是平步青雲。

良心發現，感覺那麼多漢人百姓為了能吃飽飯而反滿清居然讓曾國藩的湘軍大屠殺，李鴻章下不了手，所以按兵不動讓湘軍去幹這個缺德事。

主要還是功勞問題，曾國藩的九弟曾國荃包圍南京已經有一段時期了，南京眼看就要破，這個時候如果李鴻章再上去當然可以收事半功倍的效果但功勞算誰的，清政府已經下旨誰攻破南京就可以封王最後沒有兌現是後話。

李鴻章尊曾國藩為老師，如果搶了曾老九的功，曾國藩是偽君子當面不會怎麼樣，可是他是前線總指揮，以後難免會給小鞋穿，就算他本人不計較手下也會找李鴻章麻煩，湘軍淮軍已經不是一個系統了，李鴻章當然懂得做人不會給自己找麻煩。

有一個人卻一心要搶功勞就是左宗棠，曾國藩也知道他是麻煩製造者，所以把左宗棠調去浙江，離南京有一段距離，想爭功也沒辦法。可是曾國荃乾的很過分，天王府一把火燒掉，所有金銀財寶都下落不明，又上報餘孽全部已消滅。結果逃出來一大批都湧到浙江，左宗棠費了很大勁才平定，終於左宗棠也封了一個伯爵，封爵那比什麼一品要風光多啦。

曾國荃的湘軍圍困南京已很久，也付出很大的傷亡代價，南京被攻克是指日可待的事，在這個節點上淮軍提出要增援曾國荃肯定是婉言謝絕的（這明顯是要“摘桃子”、搶功勞），因此曾九帥斷言拒絕了讓李鴻章的淮軍參加攻城而分得一分功勞！——見榮譽就讓，曾九帥還沒有這麼高的風格。