液體菌種是相對固體菌種而言的。液體菌種是指在裝有液體培養基的容器中，透過特定的培養條件，為使食用菌菌絲體快速生長繁殖而生產的菌種。簡單地說，就是生長在液體培養基中的菌種或菌絲體，即以菌絲體所存活的培養基形態來命名的。它是將菌種培養在發酵罐或圓錐瓶內，透過不斷通氣攪拌或振盪，使菌絲在液體深層繁育，並在短期內獲得大量菌絲體（球）和代謝產物。液體菌種的製作工藝在工業上稱為深層培養或深層發酵。

優點：

（1）工藝簡便液體菌種沒有級的分別，既可作為母種接原種，也可作為原種或栽培種直接接栽培袋，簡化了生產工藝。（2）菌種更純液體菌種生產採用現代生物技術，菌種培養密閉進行，屬純培養，保證了菌種的純度。（3）週期更短從一級試管中→一級搖瓶中→二級搖瓶中→種子罐液菌種→瓶（袋）固體。栽培種大部分品種僅需1.5～2個月，較一般固體菌種制種週期縮短1～1.5個月。（4）成本更低用液體菌種無論是生產栽培種還是栽培袋，其菌種成本僅需2～3分錢，是固體菌種的1/4～1/5。（5）汙染更少採用液體菌種接種後6小時萌發，24小時菌絲布滿培養料面，菌絲的萌發速度超過雜菌的生長速度，沒有雜菌汙染。（6）操作更簡便液體菌種整個生產過程都是在一個罐體內完成，滅菌、培養均是按鍵操作，只需要2～4米2的生產空間，既成倍降低了生產管理費用，又節省了人工。（7）出菇整齊上市早液體菌種時間短，可比固體菌種早上市2個月，而且液體菌種的栽培袋菌齡短，菌絲粗壯，出菇整齊一致，產品質量好，適合出口要求。（8）適宜工廠化標準化全年候生產採用液體菌種養菌時間短，出菇集中，適合工廠化、標準化全年候生產，是食用菌產業的發展方向。