“楊乃武與小白菜”一案是清末四大奇案之一，當時鬧得朝野聳動、家喻戶曉。姿色出眾的畢秀姑，人稱小白菜，其夫患病而死，卻被縣令劉錫彤誣為與楊乃武通姦謀殺，並且施用酷刑逼供，屈打成招。
但是由於家人不斷上告，又加上朝廷政治鬥爭的機遇，楊乃武、小白菜得以昭雪。
楊乃武、小白菜是小人物，牽出的社會背景卻是紛繁複雜，引發出的案件情節跌宕起伏，所以楊乃武、小白菜的故事流傳至今仍然耐人尋味。
清朝同治、光緒年間的浙江省餘杭縣倉前鎮，塘河穿鎮而過，鎮上川流不息的人群忙碌著、招呼著。鎮上有一家豆腐店，店主姓葛，因排行第一，人稱葛大，娶妻喻氏，生下一子，名喚品連，人稱葛小大。
後來葛大病死，豆腐店不開了，品連就到餘杭一個豆腐作坊當夥計。母親葛喻氏改嫁給一個名叫沈體仁的木匠，故又稱沈喻氏。同治十年（1871），沈喻氏託品連的乾孃馮許氏做媒，聘畢秀姑為品連之妻。這一年秀姑17歲。
畢秀姑，也是浙江餘杭人，因為平時喜歡穿一件綠色的衣服，系一條白色圍裙，人又清秀，街坊給她起了個綽號叫“小白菜”。
她幼年喪父，母親王氏改嫁給了一個叫喻敬天的小販。到了喻家以後，她雖然聰明能幹，但是繼父並不喜歡她，經常遭到市井無賴的調戲侮辱。
小白菜嫁給葛品連以後，因丈夫長得像《水滸傳》中的武大郎，而她貌美如潘金蓮，人們又叫她“畢金蓮”；又因丈夫是做豆腐的，也有人叫她“豆腐西施”。
葛品連與小白菜定親後，家裡的房子不夠住，於同治十一年（1872）三月暫時在喻敬天家成親。喻敬天家房屋狹窄，久居不便，於是葛品連夫婦打算在外面另租房屋。恰好這時縣城內澄清巷口西首有一戶姓楊的人家請沈體仁修房子，房屋修好，除了自居以外還有一間空屋子。
葛品連便託沈體仁向楊家承租，月租1000文。
這戶姓楊的人家世代居住在浙江餘杭縣，以養蠶種桑為業，家境小康。主人楊乃武，字書勳，又字子釗，排行老二，人們都稱他楊二先生。20多歲考取了秀才，30出頭又中了舉人，令街坊鄰里羨慕不已。楊乃武有個姐姐叫楊菊貞（淑英），出嫁不久，丈夫就去世了，青年守寡，便住在孃家。
楊乃武在襁褓之中，便由姐姐照看，因而姐弟感情深厚，如同母子。後來楊乃武娶了城中詹家的女兒詹綵鳳為妻。詹家在城中，也是家小鄉紳。詹綵鳳是一位勤勞節儉、善良賢惠的婦女，種桑、種地、養蠶，終日勞碌。楊乃武性情耿直，平日看到地方上不平之事，總是好管多說，伸張正義，又常把官紳勾結、欺壓百姓等事編成歌謠，對官府見不得人的弊端進行了大膽的揭露與辛辣的嘲諷。
對於官府來說，楊乃武是一個“刺兒頭”式的人物，有一支厲害的筆，又有舉人的頭銜，因此，本來就與楊結仇的縣官劉錫彤對其更加痛恨，一直俟機報復。
劉錫彤原先只是餘杭縣城外一處關卡的九品小稅吏，掌管著來往商客的船隻課稅之權，對老百姓的正當買賣也是敲詐勒索，無惡不作，引起了當時還是秀才的楊乃武的憤恨，早就打算為鄉親們出出氣了。
正巧當地修橋鋪路，需要派人到杭州府去採購基建材料。楊乃武急公好義，即自告奮勇到杭州府去走一趟，順便拜謁在杭州任知府的老師。楊乃武到杭州府購置建材裝完船隻後，乘拜望老師之機，請知府出一份免稅的公文，用以對付劉錫彤。楊乃武押運貨船回到餘杭關卡時，既不對查稅的稅吏講明船上是為公益之用的建材，也不出示杭州府免稅的公文，卻佯稱自己是商船，暫將貨船停泊抵押，自己回去取稅銀。
楊乃武在再去杭州府的途中，悄悄將杭州府發的免稅公文拿出來用雙手擰成兩截，一截立即銷燬，另一截揉揣在懷裡去見自己的老師。他誣稱“劉錫彤扣船敲詐，見了免稅的公文欲奪取撕掉，幸虧自己搶得快，才搶到這半截”，說完從懷裡取出剩下的公文呈給知府過目。知府看後大怒，認為有州府免稅公文證明楊乃武是為公益辦事，劉錫彤竟然也要敲詐勒索，立即發一火籤，將劉錫彤的稅吏免職。
這位九品官還不知道怎麼回事，自己的紅頂子就被摘掉了。後來得知是當地的楊秀才從中搗鬼，劉錫彤恨得咬牙切齒，發誓要報仇雪恨。他到北京花了五千兩銀子，捐到了餘杭縣縣官的職位，從此對餘杭百姓更加橫徵暴斂，瘋狂剝削。倉前鎮是漕米集中的地方，百姓完糧，陋規極多。
交銀子有火耗，交糧米有折耗，量米的時候還要用腳踢三腳。受欺負的都是些中小糧戶，他們叫苦連天。於是楊乃武代他們交糧米，又代他們寫狀子，向衙門陳訴糧胥剋扣浮收，請求官府剔除錢糧積弊，減輕糧戶額外負擔。倉前鎮收糧官何春芳反咬楊乃武一口，說他鼓動農民抗糧不交，代農民包交漕米，從中漁利。
縣官劉錫彤立即傳楊來訊問。楊據理力爭，劉理虧，便說他吵鬧公堂，目無王法，將他驅逐出去，而錢糧之舞弊如故。楊乃武憤憤不平，於夜間在縣衙的牆上貼上一副對子：“大清雙王法，浙省兩撫臺。”因為清朝明令禁止量米時用腳踢，撫臺也有佈告，溢位的米准許糧戶掃取，但是餘杭縣卻仍舊不改。
經歷這件事，劉錫彤恨不得將楊乃武碎屍萬段。不久，報仇的機會終於來了……
葛品連向楊乃武家承租了住房，於同治十一年（1872）四月二十四日與小白菜搬入居住。葛品連每天半夜要起床做豆腐，因此常常住在豆腐作坊裡，十天半月回家一次。楊乃武夫婦見小白菜聰明伶俐，性情溫順，都很喜歡她。
因為葛品連經常不在家，詹氏常叫小白菜到家裡與楊家人一起吃飯。小白菜也常請楊乃武教她識字唸經。兩家相處很融洽。小白菜從前經常遭到市井無賴的欺侮，自從搬到楊家後，那些無賴再也不敢來了，因為楊乃武見到他們是要罵的。那些地痞便製造謠言說“羊吃白菜”。
謠言傳到了葛品連耳裡，他漸漸起了疑心。於是有幾個夜晚，他潛回家裡，在屋簷下偷聽，除了聽見楊乃武教小白菜讀經卷以外並沒有聽見任何私情。接著，葛品連將謠言和偷聽情形，告訴了母親沈喻氏。沈喻氏來楊乃武家時，也看到過小白菜和楊乃武夫婦及楊菊貞同桌吃飯，聽品連這麼一說，心裡不禁也有些懷疑。
沈喻氏原是個糊塗人，竟愚蠢地和鄰舍談起這事，於是街閭遍傳，流言就更多了，而楊家人還矇在鼓裡。
一天，葛品連回到家中，楊乃武向他討取房租，因房租已經欠了幾個月了。葛沒有錢便向沈喻氏商借，沈喻氏說，外間閒言很多，為了避嫌，最好另行租房居住。於是同治十二年（1873）閏六月，葛品連與小白菜移居到太平弄口喻敬天表弟王心培家。
自小白菜搬走後，楊乃武從未去過小白菜家，小白菜也沒有再來過楊乃武家。
搬到王心培家以後，小白菜又經常受到外人欺侮。縣衙門有個捕役名叫阮德，他有個姐姐叫阮桂金，已經嫁過三個男人，與糧胥何春芳有染。縣官劉錫彤有個兒子叫劉子翰，是個花花公子，經常與何春芳在一起冶遊，素知小白菜美而豔，垂涎欲滴已久，於是和一個同他相好的傭婦計謀把小白菜搞到手。
一天，傭婦以他事誘騙小白菜到她家，小白菜到達時，劉子翰已在那裡恭候多時，見到小白菜容貌分外俏麗，色膽包天，便將小白菜強暴了。小白菜心中無比痛恨，卻又畏懼劉子翰的權勢，又害怕事情敗露後丈夫不能原諒自己，因此一肚子苦水不敢聲張。然而惡毒的傭婦卻將此事洩露給阮桂金，阮桂金又告訴了何春芳。
何春芳早就想染指小白菜，於是於八月二十四日潛入葛家，正好王心培夫婦不在家，何春芳便以劉子翰之事相要挾企圖強暴小白菜。兩人正在廝打之時，葛品連從外面進來，小白菜哭泣不止。葛品連大罵何春芳，何春芳灰溜溜地走了。葛品連即責罵小白菜，認為在楊家的時候已有謠言，現在又發生這樣的事，懷疑小白菜行為不端。
從這以後，葛對小白菜經常非打即罵。有一次，葛讓小白菜醃菜，晚上回家的時候看到還沒有醃，立即將小白菜痛打一頓，小白菜氣得把頭髮剪掉，要去當尼姑。二人的母親沈喻氏和喻王氏聞訊趕來，詢問王心培，知道了吵鬧原因。小白菜的母親氣得直哭，說醃菜小事，何必這樣痛打。
葛品連的母親也責罵他不該這樣，葛品連說是打她一頓出出氣。經勸解後，二人和好如初。
十月初七日，葛品連突然身發寒熱，雙膝紅腫。小白菜見他有流火症狀，勸他請個替工，休息兩天。葛不聽，仍然到豆腐作坊上工。初九日早晨，葛身體支援不住了，便往家走，路過點心店，買了幾個粉團邊走邊吃，走到學宮化字爐前竟嘔吐不止。
回到家時已兩手抱肩，發寒發抖，呻吟不絕。小白菜連忙扶他上樓，給他脫掉外衣，蓋上兩床被子。問他病情，說是初七日到作坊去，兩天來身體總是忽冷忽熱的，恐怕是疾發氣弱，讓小白菜拿1000文錢託喻敬天代買東洋參和桂元。買來後，小白菜煎成湯給他服下，並請王心培的妻子去告知喻王氏。
喻王氏趕來時，葛品連仍然臥床發抖，時欲嘔吐，她照料了半天便回家去了。下午，小白菜見葛喉中痰響，口吐白沫，問他怎麼樣，他已不能說話。小白菜急得喊叫出來，王心培聞聲上樓，小白菜告知情由，王心培馬上去叫沈喻氏和喻王氏。二人趕到時，葛已經不能張口了，急忙把醫生找來，說是痧症，用萬年青蘿蔔籽煎湯灌救無效，氣絕身亡。
家人悲痛欲絕，為葛換了衣裳，屍體正常，並無異樣，當時都沒有什麼懷疑。
葛死時正是十月，氣候很暖，葛身體肥胖，初十夜間屍體口鼻內有淡血水流出。葛品連的乾孃馮許氏對沈喻氏說，葛死得可疑。沈喻氏見屍體臉色發青，也起了疑心。就盤問小白菜，小白菜說並無別樣事情。
馮許氏叫來地保楊仁，請他代寫呈詞，準備到縣衙喊告。呈詞中僅說死因不明，並未涉及任何人。十一日黎明，楊仁、沈喻氏赴縣衙喊告，縣官劉錫彤聽說出了命案，趕緊帶領仵作前往驗屍。這時候正好當地有一個紳士陳湖到縣衙來給人看病。陳湖是個秀才，懂得一點醫道，平日裡與楊乃武不睦，因為楊乃武的謗詩裡也提到過他。
他聽說葛品連身死不明，便對劉錫彤說，外面早就有傳言說楊乃武與小白菜有私情，現在葛品連暴死，內中恐有別情。劉錫彤聽說，忙叫人去打聽，果然有這種說法，隨即前往驗屍。當時屍體已經膨脹，上身淡青色，肉色紅紫，仵作沈祥辨認不真，把手指腳趾灰暗色認作青黑色；口鼻裡血水流入兩耳認做七竅流血；用銀針探入喉管是淡青色認作青黑色；銀針抽出時，並未用皂角水擦洗即認作服毒。
因為屍體沒有僵硬，仵作說成是煙毒。門丁沈彩泉聽信了陳湖的話，就說不是煙毒，一定是有人用砒霜毒死。一個說是煙毒，一個說是砒毒，爭論不休，仵作便含糊報稱是服毒而死。劉錫彤聽說是服毒身死，立即傳問葛品連的鄰舍，都不知毒藥從何而來。劉錫彤也因為有陳湖之言，已懷疑與小白菜有關，當即將小白菜帶回縣署。
葛品連事實上就是病死，可是這麼多人添枝加葉，又牽扯到新科舉人楊乃武，劉錫彤心中竊喜：“嘿嘿，楊乃武，你終於落到我手裡了！”他將小白菜帶回縣衙後，當天就迫不及待地坐堂審訊，追問小白菜毒藥從何而來，小白菜供不知情。
劉錫彤百般勸誘，小白菜仍說不知是服毒身死，更不知毒藥從何而來。
審了半天，小白菜始終說不知道。夜間再審，劉錫彤不問毒藥來源，卻要她說出與何人通姦。小白菜也說沒有。一再逼問，都說沒有。又問在楊乃武家住時是否與楊乃武有私情，小白菜說楊乃武只是教她識字讀經，並無私情。審了多時，仍審不出姦情。劉子翰、何春芳害怕逼問姦情，小白菜會說出他二人來，當夜立即叫阮桂金到獄中誘騙恐嚇小白菜說：“葛品連是被毒死的，驗屍已經確認。
外面都傳說是你謀殺親夫，罪名一成立，你就會被凌遲處死，那可是千刀萬剮啊！要想活命，只有說是別人叫你毒死的。你在楊乃武家住過，外面早就說你和楊乃武有關係，如果你說出是楊乃武叫你毒死的，你就不會判死罪了。楊乃武是新科舉人，面子大，也不會死。也就是把舉人的頭銜革掉，明年再考，還是舉人。
可是如果你說出劉公子之事，毫無對證，那就是誣陷好人，要罪上加罪！你可要想清楚啊！”小白菜嚇得說不出話來。第二天再審，劉錫彤逼問姦情和毒藥，小白菜還是說不知道。劉錫彤就叫動刑，一連三拶。小白菜一個柔弱女子哪裡熬得過去，既不敢說出劉子翰之事，又不想說出別人，只好照阮桂金所教的話供了，說楊乃武初五日曾到她家裡，給她一包藥，說是治流火的，葛品連吃下就死了。
劉錫彤取得了小白菜口供，真是樂得合不攏嘴，立即傳訊楊乃武。楊家人聽說葛品連被人毒死，正在詫異，縣裡來傳，便隨差人前去。楊乃武一到，劉錫彤便審問，叫他供出如何用毒藥毒死葛品連。楊乃武怒斥劉錫彤憑空誣陷，劉出示了小白菜的口供，楊乃武堅決否認此事。
因為楊是新科舉人，按律規定，必須先革功名才能用刑。十二日，劉錫彤即申請上司將楊乃武的功名革去。不等上面的批文下來，第二次審問時便立即動刑，一連審了數次，夾棍、火磚等刑都使用過了，楊乃武堅決不肯讓劉錫彤得逞。楊的堂弟楊恭治與詹氏的弟弟詹善政聞知後，以楊乃武初五日正在南鄉岳父家裡除靈為由赴縣衙為楊乃武辯白。
劉錫彤提案質訊，小白菜畏刑，仍然照前供說。劉錫彤認為案情已查明，便將情況詳報上司。
劉錫彤自恃與現任知府陳魯關係密切，認為上司批准即可定罪。陳魯翻閱原供，見楊乃武並未承認，就命令把全案人犯案卷解府複審。十月二十日，楊乃武和小白菜、沈喻氏、喻王氏、詹氏以及其他有關人證都被解送到杭州。
劉錫彤親自到杭州打點，解送杭州的原供都作了篡改。死者口鼻流血改為七竅流血；銀針未用皂角水擦洗改為已用皂角水擦洗；初五日給小白菜毒藥改為初三日。陳魯是軍功出身，看不起讀書人。他早聽說楊乃武慣作謗詩，毀謗官府，認為楊乃武是個不守本分的人；倉前鎮糧戶鬧糧的事，也知道是楊乃武為首，又有劉錫彤先入之言，所以此案一解到府，即不容楊申辯，第一次審問便用刑逼供。
小白菜因有供在先，不敢翻供。愚昧荒唐的沈喻氏聽小白菜誣供毒藥是楊乃武所給，竟然也改供說在葛品連死時，見死得可疑，即盤問小白菜，小白菜說是楊乃武叫她下毒的。陳魯並不追問沈喻氏，卻用嚴刑逼問楊乃武，跪釘板、跪火磚、上夾棍，幾次昏死過去。一連幾堂，楊乃武熬刑不過，只得誣服，亂供曾到小白菜家給她毒藥。
陳魯又問毒藥從何而來，楊乃武說是前次到杭州回餘杭路過倉前鎮，花了40文錢買了一包砒霜，說是毒老鼠的。問他在哪個店裡賣的，店主叫什麼，楊乃武說在愛仁堂藥鋪，店主叫錢寶生。陳魯取得楊口供後，不傳錢寶生對質，卻叫劉錫彤於二十七日轉回餘杭傳訊錢寶生，訊問他賣毒藥經過。
錢寶生到縣衙，劉錫彤問他賣砒霜經過，錢寶生說這個月並沒有看見過楊乃武到倉前，更沒有賣過砒霜，愛仁堂是個小藥鋪，從來不進砒霜。劉錫彤一再威逼利誘，錢寶生還是堅決否認此事，並說他的名字叫錢坦，從來沒用過錢寶生這個名字。錢寶生的弟弟錢塏聽說哥哥被捉到縣衙，趕來打聽內情，設法營救。
他知道陳湖與劉錫彤很熟，就去懇求陳湖說情。陳湖私下裡對錢塏說楊乃武供詞中是買砒霜毒老鼠的。賣砒霜的藥鋪並不知道是毒人，所以承認下來，也沒有什麼罪，至多是杖責，不承認，反而有罪。如果承認，馬上可以請縣衙給一張無干的諭帖，這樣就不會有拖累了。於是錢塏勸錢寶生承認。
錢寶生聽他們這樣一說，就答應了，當即在門房裡出了一張賣砒霜的甘結（舊時交給官府的一種畫押字據）。陳湖拿了甘結進去見劉錫彤，劉見取得了甘結，所以就給了錢寶生無干的諭帖。劉錫彤騙到了錢寶生的賣砒霜甘結後，即日趕到杭州府。陳魯即根據供詞及甘結定案，按律擬罪：葛畢氏凌遲處死，楊乃武斬立決。
陳魯嚴刑逼供，草率結案的事情立即哄傳全省。當時距離鄉試結束不久，楊乃武就是這一年八月鄉試時考取了第48名舉人的，當時許多鄉試沒有考取的生員對考取的人本來就心懷嫉妒，聽說新科舉人中出了謀夫奪妻的兇案，都幸災樂禍，奔走相告。還有出入官府的一些士紳幕客，楊乃武在謗詩裡提到他們的，也都推波助瀾，眾口一詞，說楊乃武是十惡不赦的大壞人，都以早日看到處斬為快！這時候，楊家一家五口，面對這樣突如其來的慘禍，驚恐萬狀，家破人亡已在目前。
詹氏日夜啼哭，雙目紅腫。只有楊乃武的姐姐楊菊貞頭腦非常清醒，她眼看相依為命的弟弟罹此奇冤，受刑誣服，悲憤之餘，四處奔走，設法救弟弟一命。她來到杭州城隍山城隍廟請了一簽，簽上說：“荷花開處事方明，春葉春花最有情。觀人觀我觀自在，金風到處桂邊生。
”城隍山上的測字先生解釋說還有救，到荷花開時冤情可以明白，桂花開時人就可以平安歸來了。接著楊菊貞又去扶乩，乩壇也批了兩句詩：“若問歸期在何日，待到孤山梅綻時。”這些本屬無稽之談，但是在當時迷信十分盛行的情況下，無疑對楊菊貞是一種莫大的鼓舞，增加了她為弟申冤的信心。
楊菊貞首先去找沈喻氏，得知她在縣裡和府裡的口供不一致。接著又找到愛仁堂藥鋪老闆錢寶生的母親和夥計，都說楊乃武從沒有向他們買過砒霜，這樣她心裡更有底了，冤情十分明顯，她決定到臬司、藩司、撫臺衙門告狀。誰知官官相護，按察過了兩堂，即認定原審無誤，照原擬罪名詳報巡撫定罪。
當時浙江巡撫是楊昌浚，餘杭縣官劉錫彤就重賄其屬下，結果以“無冤無濫”審結，按照杭州府原擬罪名判定，至此已鐵案難翻，只要刑部迴文一到，就要立即執行了。楊乃武的親屬都認為沒有生望了，只有楊菊貞不死心，入獄探監，與楊乃武商量，決定上京告御狀。楊乃武自擬呈詞，歷述冤情以及各級官府嚴刑逼供屈打成招的經過。
呈狀寫好後，由楊乃武的舅父姚賢瑞作“抱告”，陪同進京，因為當時女人是不能遞呈告狀的。楊菊貞與楊乃武之妻詹氏和一雙兒女，身背黃榜，歷盡千辛萬苦，走了兩個月，到達北京，向都察院衙門提出了控訴。不料都察院問都不問，就將他們押解回浙江，仍交給巡撫楊昌浚審理，這次告御狀算是失敗了！楊菊貞仍不死心，誓死為弟洗冤，準備二次進京告狀。
她二次進京得到了當時非常著名的“紅頂商人”胡雪巖的大力支援。這位胡雪巖先生曾在浙江巡撫王有齡、閩浙總督左宗棠的支援下，開錢莊、辦洋務，後來又在杭州開設胡慶餘堂藥店。他有資金3000萬，田地一萬畝，用錢捐了個江西候補道的功名，成了有財有勢的官商。
他從小家境貧寒，又是學徒出身，所以對貧苦百姓生活比較關心。他為人樂善好施，仗義疏財。楊乃武冤案發生時，正在杭州籌辦胡慶餘堂藥店的胡雪巖，是最早了解冤案內情的一個。胡雪巖有個西席（尊稱授業之師或幕友為“西席”）叫吳以同，與楊乃武是同學同年，知道楊乃武平日為人正直，這次獲罪一定是有人陷害，他把楊菊貞上京告狀及準備二次進京的情況告訴了胡雪巖，胡表示願意資助。
在吳以同的引薦下，楊菊貞拜見了胡雪巖，胡深表同情，不僅慷慨資助他們全家進京的路費，而且到京後所有用度也都包了下來，這已是同治十三年（1874）九月的事了。
就在楊菊貞準備二次進京告御狀的時候，恰好有個浙江籍的京官、翰林院編修夏同善丁憂服闕後起復回京，胡雪巖為他餞行，由吳以同作陪。
席間胡雪巖、吳以同向夏同善講述了楊乃武冤案的曲折經過，並且請他在京設法幫助，夏答應相機進言，不料這件事成了日後楊乃武冤案平反的關鍵一環！
楊菊貞二次進京後，由夏同善引薦，遍叩了浙江籍在京官員30餘人。
夏同善與大學士翁同?商量，得到了他的大力支援；夏同善還會同御史王昕親自上疏，為楊乃武平反。
於是，朝廷派了禮部侍郎胡瑞瀾為欽差，到浙江勘查此案。浙江巡撫楊昌浚得知胡瑞瀾到了杭州，就威逼利誘，說此案已經反覆審問多次，無偏無枉，不宜輕易改動，否則引起士林不滿，地方官吏今後也難以辦事了。同時又推薦寧波知府邊葆城、嘉興知府羅子森會同審理。邊葆城是楊昌浚湖南老鄉，又是劉錫彤的姻親，因此在複審時，邊葆城動以酷刑，日夜熬審。
最後一堂把楊乃武的雙腿夾折，對小白菜則十指拶脫，還用銅絲穿入乳頭，慘不忍睹，就這樣嚴刑拷打，欽差審結，仍然維持原判。這樣一來，原審各級地方官吏如釋重負，這批湖南幫的大小官員彈冠相慶，設席宴客，認為從此鐵證如山，不會再有反覆了。
而在京浙江籍人士對楊案主犯屢翻屢服，楊菊貞兩次上京，認為必有曲折隱情。
有些舉人、生員和楊乃武的好朋友三十餘人聯名向都察院、刑部提出控告，揭露此案，縣、府、按察、督撫、欽憲七審七決，都是嚴刑逼供，屈打成招，上下包庇，草菅人命，欺罔朝廷，要求提京徹底審訊，昭示天下，以釋群疑。在京官員認為這件案子如果真是有冤情不得平反，不僅是楊乃武、小白菜兩條人命的問題，而且是有關整個浙江讀書人的面子問題。
於是，夏同善、張家驤取得刑部侍郎袁保恆、大學士翁同?等人的支援，向兩宮太后陳訴冤情，要求將 楊乃武、小白菜一案提京複審。最終楊乃武、小白菜案得以平反，與慈禧太后的直接干預有極大關係。
當初由大學士翁同?向兩宮面陳案情，就引起了慈禧太后的注意，她沒有直接下達諭旨，而是透過刑部叫浙江巡撫楊昌浚親自審問，但她同時派了御史王昕到浙江私訪案情。
對於此案是否提京複審，開始慈禧太后是猶豫的，她對地方官吏承辦的要案也不願輕易更改。但後來楊乃武冤獄的呼聲越來越高，朝廷內外到處哄傳，又加上官員不斷上疏奏請提京勘查，慈禧太后終於下了決心：“叫刑部徹底根究。”這樣，江浙派官吏初步得到了主動權。
刑部大審，開棺驗屍，認定葛品連並非中毒而死。
刑部複審勘驗情況奏知兩宮，這時已將劉錫彤革職拿問。原審各級官員為什麼審辦不實，要刑部再徹底根究，於是又提集犯證審問了兩次。
在是否懲辦各級辦案官吏的問題上，江浙派與兩湖派發生了激烈的爭吵。以大學士翁同?為首的江浙派力主懲辦這些草菅人命的貪官汙吏；另一派以四川總督丁寶楨為首，附和的多是兩湖籍官員，故稱兩湖派。
他們認為不能為了區區兩個平頭百姓處理這麼多官吏。由於這兩派的爭吵，刑部平反的奏疏，一直拖了兩個月，遲遲不上，直到光緒三年（1877）二月十日，奏疏才上去，但是對於巡撫楊昌浚、欽差胡瑞瀾並未提出參革，許多受賄、包庇等情弊也未提及，馬虎了事，直到二月十六日以光緒帝名義下的平反諭旨才將二人革職。
楊昌浚雖然革了職，劉錫彤雖然是充軍到黑龍江，但對劉子翰卻完全開脫了。其餘承辦此案的知府、知縣，都只是革職了事，隻字不提行賄受賄之事。
從楊乃武、小白菜一方來說，冤案昭雪無疑是莫大的幸事，而事實上他們只是民間的一個小案，在那個時代其實是不足為怪的。
可是現在被渲染成愛情故事的案件背後陷藏著重大的政治鬥爭，難怪楊乃武在出獄後曾想去拜見救他一命的浙省大小官員，很多人並沒有出面見他，畢竟參與這場鬥爭不光是為了一個楊乃武。參與對楊乃武審判的多是湖南籍官員，他們大多是左宗棠一手提拔的，在對瀆職官吏的懲辦上，朝廷也只採取了革職了事，而並沒有量刑處罪，這就表明了這不是一個簡單的刑事案件。
在這場無辜的冤案中，楊乃武幾乎被折磨成了殘廢，刑部卻說刑傷業已平復，並無傷筋折骨的情況。
經歷了三年多的牢獄之災以及各級官吏的殘忍折磨，楊乃武雖死裡逃生，家人團聚，但受此打擊，人雖未亡而家已破，痛定思痛，實在是悲多歡少啊！從北京回家的路費仍然是胡雪巖資助的。
楊家人回到餘杭縣後，已是家產蕩然，生活困難。楊乃武依靠親友幫助，贖回了幾畝桑地，以養蠶種桑為生。這時他雖然只有36歲，正當年富力壯的有為之年，但經過這場災難，稜角已被磨盡，心灰意冷，輕易不與外界交往，專心致志研究孵育蠶種。餘杭盛產絲棉，行銷全國。
楊家世代養蠶，對育種有一定經驗。過了三年，楊乃武所育蠶種名氣就傳開了，遠近都來購買，他家的蠶種牌記是“風采牡丹，楊乃武記”。凡是楊家出賣的蠶種，都蓋上了這個牌記。每到育種時，全家大小日夜忙碌，家裡生活也日漸好轉。楊乃武就是這樣安靜地度過了自己的後半生，直到1914年去世，終年74歲。
小白菜出獄後，回到餘杭，萬念俱灰，在南門外石門塘準提庵出家為尼，法名慧定。庵裡沒有香火，以養豬、養雞為生。從此就在青燈古佛旁、晨鐘暮鼓中了卻殘生，於1930年去世。她的墓塔建在餘杭東門外的文昌閣旁，為了表白自己的清白和坦然，墓址選在河岸路旁。
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“楊乃武與小白菜”一案是清末四大奇案之一，當時鬧得朝野聳動、家喻戶曉。姿色出眾的畢秀姑，人稱小白菜，其夫患病而死，卻被縣令劉錫彤誣為與楊乃武通姦謀殺，並且施用酷刑逼供，屈打成招。
但是由於家人不斷上告，又加上朝廷政治鬥爭的機遇，楊乃武、小白菜得以昭雪。
楊乃武、小白菜是小人物，牽出的社會背景卻是紛繁複雜，引發出的案件情節跌宕起伏，所以楊乃武、小白菜的故事流傳至今仍然耐人尋味。
清朝同治、光緒年間的浙江省餘杭縣倉前鎮，塘河穿鎮而過，鎮上川流不息的人群忙碌著、招呼著。鎮上有一家豆腐店，店主姓葛，因排行第一，人稱葛大，娶妻喻氏，生下一子，名喚品連，人稱葛小大。
後來葛大病死，豆腐店不開了，品連就到餘杭一個豆腐作坊當夥計。母親葛喻氏改嫁給一個名叫沈體仁的木匠，故又稱沈喻氏。同治十年（1871），沈喻氏託品連的乾孃馮許氏做媒，聘畢秀姑為品連之妻。這一年秀姑17歲。
畢秀姑，也是浙江餘杭人，因為平時喜歡穿一件綠色的衣服，系一條白色圍裙，人又清秀，街坊給她起了個綽號叫“小白菜”。
她幼年喪父，母親王氏改嫁給了一個叫喻敬天的小販。到了喻家以後，她雖然聰明能幹，但是繼父並不喜歡她，經常遭到市井無賴的調戲侮辱。
小白菜嫁給葛品連以後，因丈夫長得像《水滸傳》中的武大郎，而她貌美如潘金蓮，人們又叫她“畢金蓮”；又因丈夫是做豆腐的，也有人叫她“豆腐西施”。
葛品連與小白菜定親後，家裡的房子不夠住，於同治十一年（1872）三月暫時在喻敬天家成親。喻敬天家房屋狹窄，久居不便，於是葛品連夫婦打算在外面另租房屋。恰好這時縣城內澄清巷口西首有一戶姓楊的人家請沈體仁修房子，房屋修好，除了自居以外還有一間空屋子。
葛品連便託沈體仁向楊家承租，月租1000文。
這戶姓楊的人家世代居住在浙江餘杭縣，以養蠶種桑為業，家境小康。主人楊乃武，字書勳，又字子釗，排行老二，人們都稱他楊二先生。20多歲考取了秀才，30出頭又中了舉人，令街坊鄰里羨慕不已。楊乃武有個姐姐叫楊菊貞（淑英），出嫁不久，丈夫就去世了，青年守寡，便住在孃家。
楊乃武在襁褓之中，便由姐姐照看，因而姐弟感情深厚，如同母子。後來楊乃武娶了城中詹家的女兒詹綵鳳為妻。詹家在城中，也是家小鄉紳。詹綵鳳是一位勤勞節儉、善良賢惠的婦女，種桑、種地、養蠶，終日勞碌。楊乃武性情耿直，平日看到地方上不平之事，總是好管多說，伸張正義，又常把官紳勾結、欺壓百姓等事編成歌謠，對官府見不得人的弊端進行了大膽的揭露與辛辣的嘲諷。
對於官府來說，楊乃武是一個“刺兒頭”式的人物，有一支厲害的筆，又有舉人的頭銜，因此，本來就與楊結仇的縣官劉錫彤對其更加痛恨，一直俟機報復。
劉錫彤原先只是餘杭縣城外一處關卡的九品小稅吏，掌管著來往商客的船隻課稅之權，對老百姓的正當買賣也是敲詐勒索，無惡不作，引起了當時還是秀才的楊乃武的憤恨，早就打算為鄉親們出出氣了。
正巧當地修橋鋪路，需要派人到杭州府去採購基建材料。楊乃武急公好義，即自告奮勇到杭州府去走一趟，順便拜謁在杭州任知府的老師。楊乃武到杭州府購置建材裝完船隻後，乘拜望老師之機，請知府出一份免稅的公文，用以對付劉錫彤。楊乃武押運貨船回到餘杭關卡時，既不對查稅的稅吏講明船上是為公益之用的建材，也不出示杭州府免稅的公文，卻佯稱自己是商船，暫將貨船停泊抵押，自己回去取稅銀。
楊乃武在再去杭州府的途中，悄悄將杭州府發的免稅公文拿出來用雙手擰成兩截，一截立即銷燬，另一截揉揣在懷裡去見自己的老師。他誣稱“劉錫彤扣船敲詐，見了免稅的公文欲奪取撕掉，幸虧自己搶得快，才搶到這半截”，說完從懷裡取出剩下的公文呈給知府過目。知府看後大怒，認為有州府免稅公文證明楊乃武是為公益辦事，劉錫彤竟然也要敲詐勒索，立即發一火籤，將劉錫彤的稅吏免職。
這位九品官還不知道怎麼回事，自己的紅頂子就被摘掉了。後來得知是當地的楊秀才從中搗鬼，劉錫彤恨得咬牙切齒，發誓要報仇雪恨。他到北京花了五千兩銀子，捐到了餘杭縣縣官的職位，從此對餘杭百姓更加橫徵暴斂，瘋狂剝削。倉前鎮是漕米集中的地方，百姓完糧，陋規極多。
交銀子有火耗，交糧米有折耗，量米的時候還要用腳踢三腳。受欺負的都是些中小糧戶，他們叫苦連天。於是楊乃武代他們交糧米，又代他們寫狀子，向衙門陳訴糧胥剋扣浮收，請求官府剔除錢糧積弊，減輕糧戶額外負擔。倉前鎮收糧官何春芳反咬楊乃武一口，說他鼓動農民抗糧不交，代農民包交漕米，從中漁利。
縣官劉錫彤立即傳楊來訊問。楊據理力爭，劉理虧，便說他吵鬧公堂，目無王法，將他驅逐出去，而錢糧之舞弊如故。楊乃武憤憤不平，於夜間在縣衙的牆上貼上一副對子：“大清雙王法，浙省兩撫臺。”因為清朝明令禁止量米時用腳踢，撫臺也有佈告，溢位的米准許糧戶掃取，但是餘杭縣卻仍舊不改。
經歷這件事，劉錫彤恨不得將楊乃武碎屍萬段。不久，報仇的機會終於來了……
葛品連向楊乃武家承租了住房，於同治十一年（1872）四月二十四日與小白菜搬入居住。葛品連每天半夜要起床做豆腐，因此常常住在豆腐作坊裡，十天半月回家一次。楊乃武夫婦見小白菜聰明伶俐，性情溫順，都很喜歡她。
因為葛品連經常不在家，詹氏常叫小白菜到家裡與楊家人一起吃飯。小白菜也常請楊乃武教她識字唸經。兩家相處很融洽。小白菜從前經常遭到市井無賴的欺侮，自從搬到楊家後，那些無賴再也不敢來了，因為楊乃武見到他們是要罵的。那些地痞便製造謠言說“羊吃白菜”。
謠言傳到了葛品連耳裡，他漸漸起了疑心。於是有幾個夜晚，他潛回家裡，在屋簷下偷聽，除了聽見楊乃武教小白菜讀經卷以外並沒有聽見任何私情。接著，葛品連將謠言和偷聽情形，告訴了母親沈喻氏。沈喻氏來楊乃武家時，也看到過小白菜和楊乃武夫婦及楊菊貞同桌吃飯，聽品連這麼一說，心裡不禁也有些懷疑。
沈喻氏原是個糊塗人，竟愚蠢地和鄰舍談起這事，於是街閭遍傳，流言就更多了，而楊家人還矇在鼓裡。
一天，葛品連回到家中，楊乃武向他討取房租，因房租已經欠了幾個月了。葛沒有錢便向沈喻氏商借，沈喻氏說，外間閒言很多，為了避嫌，最好另行租房居住。於是同治十二年（1873）閏六月，葛品連與小白菜移居到太平弄口喻敬天表弟王心培家。
自小白菜搬走後，楊乃武從未去過小白菜家，小白菜也沒有再來過楊乃武家。
搬到王心培家以後，小白菜又經常受到外人欺侮。縣衙門有個捕役名叫阮德，他有個姐姐叫阮桂金，已經嫁過三個男人，與糧胥何春芳有染。縣官劉錫彤有個兒子叫劉子翰，是個花花公子，經常與何春芳在一起冶遊，素知小白菜美而豔，垂涎欲滴已久，於是和一個同他相好的傭婦計謀把小白菜搞到手。
一天，傭婦以他事誘騙小白菜到她家，小白菜到達時，劉子翰已在那裡恭候多時，見到小白菜容貌分外俏麗，色膽包天，便將小白菜強暴了。小白菜心中無比痛恨，卻又畏懼劉子翰的權勢，又害怕事情敗露後丈夫不能原諒自己，因此一肚子苦水不敢聲張。然而惡毒的傭婦卻將此事洩露給阮桂金，阮桂金又告訴了何春芳。
何春芳早就想染指小白菜，於是於八月二十四日潛入葛家，正好王心培夫婦不在家，何春芳便以劉子翰之事相要挾企圖強暴小白菜。兩人正在廝打之時，葛品連從外面進來，小白菜哭泣不止。葛品連大罵何春芳，何春芳灰溜溜地走了。葛品連即責罵小白菜，認為在楊家的時候已有謠言，現在又發生這樣的事，懷疑小白菜行為不端。
從這以後，葛對小白菜經常非打即罵。有一次，葛讓小白菜醃菜，晚上回家的時候看到還沒有醃，立即將小白菜痛打一頓，小白菜氣得把頭髮剪掉，要去當尼姑。二人的母親沈喻氏和喻王氏聞訊趕來，詢問王心培，知道了吵鬧原因。小白菜的母親氣得直哭，說醃菜小事，何必這樣痛打。
葛品連的母親也責罵他不該這樣，葛品連說是打她一頓出出氣。經勸解後，二人和好如初。
十月初七日，葛品連突然身發寒熱，雙膝紅腫。小白菜見他有流火症狀，勸他請個替工，休息兩天。葛不聽，仍然到豆腐作坊上工。初九日早晨，葛身體支援不住了，便往家走，路過點心店，買了幾個粉團邊走邊吃，走到學宮化字爐前竟嘔吐不止。
回到家時已兩手抱肩，發寒發抖，呻吟不絕。小白菜連忙扶他上樓，給他脫掉外衣，蓋上兩床被子。問他病情，說是初七日到作坊去，兩天來身體總是忽冷忽熱的，恐怕是疾發氣弱，讓小白菜拿1000文錢託喻敬天代買東洋參和桂元。買來後，小白菜煎成湯給他服下，並請王心培的妻子去告知喻王氏。
喻王氏趕來時，葛品連仍然臥床發抖，時欲嘔吐，她照料了半天便回家去了。下午，小白菜見葛喉中痰響，口吐白沫，問他怎麼樣，他已不能說話。小白菜急得喊叫出來，王心培聞聲上樓，小白菜告知情由，王心培馬上去叫沈喻氏和喻王氏。二人趕到時，葛已經不能張口了，急忙把醫生找來，說是痧症，用萬年青蘿蔔籽煎湯灌救無效，氣絕身亡。
家人悲痛欲絕，為葛換了衣裳，屍體正常，並無異樣，當時都沒有什麼懷疑。
葛死時正是十月，氣候很暖，葛身體肥胖，初十夜間屍體口鼻內有淡血水流出。葛品連的乾孃馮許氏對沈喻氏說，葛死得可疑。沈喻氏見屍體臉色發青，也起了疑心。就盤問小白菜，小白菜說並無別樣事情。
馮許氏叫來地保楊仁，請他代寫呈詞，準備到縣衙喊告。呈詞中僅說死因不明，並未涉及任何人。十一日黎明，楊仁、沈喻氏赴縣衙喊告，縣官劉錫彤聽說出了命案，趕緊帶領仵作前往驗屍。這時候正好當地有一個紳士陳湖到縣衙來給人看病。陳湖是個秀才，懂得一點醫道，平日裡與楊乃武不睦，因為楊乃武的謗詩裡也提到過他。
他聽說葛品連身死不明，便對劉錫彤說，外面早就有傳言說楊乃武與小白菜有私情，現在葛品連暴死，內中恐有別情。劉錫彤聽說，忙叫人去打聽，果然有這種說法，隨即前往驗屍。當時屍體已經膨脹，上身淡青色，肉色紅紫，仵作沈祥辨認不真，把手指腳趾灰暗色認作青黑色；口鼻裡血水流入兩耳認做七竅流血；用銀針探入喉管是淡青色認作青黑色；銀針抽出時，並未用皂角水擦洗即認作服毒。
因為屍體沒有僵硬，仵作說成是煙毒。門丁沈彩泉聽信了陳湖的話，就說不是煙毒，一定是有人用砒霜毒死。一個說是煙毒，一個說是砒毒，爭論不休，仵作便含糊報稱是服毒而死。劉錫彤聽說是服毒身死，立即傳問葛品連的鄰舍，都不知毒藥從何而來。劉錫彤也因為有陳湖之言，已懷疑與小白菜有關，當即將小白菜帶回縣署。
葛品連事實上就是病死，可是這麼多人添枝加葉，又牽扯到新科舉人楊乃武，劉錫彤心中竊喜：“嘿嘿，楊乃武，你終於落到我手裡了！”他將小白菜帶回縣衙後，當天就迫不及待地坐堂審訊，追問小白菜毒藥從何而來，小白菜供不知情。
劉錫彤百般勸誘，小白菜仍說不知是服毒身死，更不知毒藥從何而來。
審了半天，小白菜始終說不知道。夜間再審，劉錫彤不問毒藥來源，卻要她說出與何人通姦。小白菜也說沒有。一再逼問，都說沒有。又問在楊乃武家住時是否與楊乃武有私情，小白菜說楊乃武只是教她識字讀經，並無私情。審了多時，仍審不出姦情。劉子翰、何春芳害怕逼問姦情，小白菜會說出他二人來，當夜立即叫阮桂金到獄中誘騙恐嚇小白菜說：“葛品連是被毒死的，驗屍已經確認。
外面都傳說是你謀殺親夫，罪名一成立，你就會被凌遲處死，那可是千刀萬剮啊！要想活命，只有說是別人叫你毒死的。你在楊乃武家住過，外面早就說你和楊乃武有關係，如果你說出是楊乃武叫你毒死的，你就不會判死罪了。楊乃武是新科舉人，面子大，也不會死。也就是把舉人的頭銜革掉，明年再考，還是舉人。
可是如果你說出劉公子之事，毫無對證，那就是誣陷好人，要罪上加罪！你可要想清楚啊！”小白菜嚇得說不出話來。第二天再審，劉錫彤逼問姦情和毒藥，小白菜還是說不知道。劉錫彤就叫動刑，一連三拶。小白菜一個柔弱女子哪裡熬得過去，既不敢說出劉子翰之事，又不想說出別人，只好照阮桂金所教的話供了，說楊乃武初五日曾到她家裡，給她一包藥，說是治流火的，葛品連吃下就死了。
劉錫彤取得了小白菜口供，真是樂得合不攏嘴，立即傳訊楊乃武。楊家人聽說葛品連被人毒死，正在詫異，縣裡來傳，便隨差人前去。楊乃武一到，劉錫彤便審問，叫他供出如何用毒藥毒死葛品連。楊乃武怒斥劉錫彤憑空誣陷，劉出示了小白菜的口供，楊乃武堅決否認此事。
因為楊是新科舉人，按律規定，必須先革功名才能用刑。十二日，劉錫彤即申請上司將楊乃武的功名革去。不等上面的批文下來，第二次審問時便立即動刑，一連審了數次，夾棍、火磚等刑都使用過了，楊乃武堅決不肯讓劉錫彤得逞。楊的堂弟楊恭治與詹氏的弟弟詹善政聞知後，以楊乃武初五日正在南鄉岳父家裡除靈為由赴縣衙為楊乃武辯白。
劉錫彤提案質訊，小白菜畏刑，仍然照前供說。劉錫彤認為案情已查明，便將情況詳報上司。
劉錫彤自恃與現任知府陳魯關係密切，認為上司批准即可定罪。陳魯翻閱原供，見楊乃武並未承認，就命令把全案人犯案卷解府複審。十月二十日，楊乃武和小白菜、沈喻氏、喻王氏、詹氏以及其他有關人證都被解送到杭州。
劉錫彤親自到杭州打點，解送杭州的原供都作了篡改。死者口鼻流血改為七竅流血；銀針未用皂角水擦洗改為已用皂角水擦洗；初五日給小白菜毒藥改為初三日。陳魯是軍功出身，看不起讀書人。他早聽說楊乃武慣作謗詩，毀謗官府，認為楊乃武是個不守本分的人；倉前鎮糧戶鬧糧的事，也知道是楊乃武為首，又有劉錫彤先入之言，所以此案一解到府，即不容楊申辯，第一次審問便用刑逼供。
小白菜因有供在先，不敢翻供。愚昧荒唐的沈喻氏聽小白菜誣供毒藥是楊乃武所給，竟然也改供說在葛品連死時，見死得可疑，即盤問小白菜，小白菜說是楊乃武叫她下毒的。陳魯並不追問沈喻氏，卻用嚴刑逼問楊乃武，跪釘板、跪火磚、上夾棍，幾次昏死過去。一連幾堂，楊乃武熬刑不過，只得誣服，亂供曾到小白菜家給她毒藥。
陳魯又問毒藥從何而來，楊乃武說是前次到杭州回餘杭路過倉前鎮，花了40文錢買了一包砒霜，說是毒老鼠的。問他在哪個店裡賣的，店主叫什麼，楊乃武說在愛仁堂藥鋪，店主叫錢寶生。陳魯取得楊口供後，不傳錢寶生對質，卻叫劉錫彤於二十七日轉回餘杭傳訊錢寶生，訊問他賣毒藥經過。
錢寶生到縣衙，劉錫彤問他賣砒霜經過，錢寶生說這個月並沒有看見過楊乃武到倉前，更沒有賣過砒霜，愛仁堂是個小藥鋪，從來不進砒霜。劉錫彤一再威逼利誘，錢寶生還是堅決否認此事，並說他的名字叫錢坦，從來沒用過錢寶生這個名字。錢寶生的弟弟錢塏聽說哥哥被捉到縣衙，趕來打聽內情，設法營救。
他知道陳湖與劉錫彤很熟，就去懇求陳湖說情。陳湖私下裡對錢塏說楊乃武供詞中是買砒霜毒老鼠的。賣砒霜的藥鋪並不知道是毒人，所以承認下來，也沒有什麼罪，至多是杖責，不承認，反而有罪。如果承認，馬上可以請縣衙給一張無干的諭帖，這樣就不會有拖累了。於是錢塏勸錢寶生承認。
錢寶生聽他們這樣一說，就答應了，當即在門房裡出了一張賣砒霜的甘結（舊時交給官府的一種畫押字據）。陳湖拿了甘結進去見劉錫彤，劉見取得了甘結，所以就給了錢寶生無干的諭帖。劉錫彤騙到了錢寶生的賣砒霜甘結後，即日趕到杭州府。陳魯即根據供詞及甘結定案，按律擬罪：葛畢氏凌遲處死，楊乃武斬立決。
陳魯嚴刑逼供，草率結案的事情立即哄傳全省。當時距離鄉試結束不久，楊乃武就是這一年八月鄉試時考取了第48名舉人的，當時許多鄉試沒有考取的生員對考取的人本來就心懷嫉妒，聽說新科舉人中出了謀夫奪妻的兇案，都幸災樂禍，奔走相告。還有出入官府的一些士紳幕客，楊乃武在謗詩裡提到他們的，也都推波助瀾，眾口一詞，說楊乃武是十惡不赦的大壞人，都以早日看到處斬為快！這時候，楊家一家五口，面對這樣突如其來的慘禍，驚恐萬狀，家破人亡已在目前。
詹氏日夜啼哭，雙目紅腫。只有楊乃武的姐姐楊菊貞頭腦非常清醒，她眼看相依為命的弟弟罹此奇冤，受刑誣服，悲憤之餘，四處奔走，設法救弟弟一命。她來到杭州城隍山城隍廟請了一簽，簽上說：“荷花開處事方明，春葉春花最有情。觀人觀我觀自在，金風到處桂邊生。
”城隍山上的測字先生解釋說還有救，到荷花開時冤情可以明白，桂花開時人就可以平安歸來了。接著楊菊貞又去扶乩，乩壇也批了兩句詩：“若問歸期在何日，待到孤山梅綻時。”這些本屬無稽之談，但是在當時迷信十分盛行的情況下，無疑對楊菊貞是一種莫大的鼓舞，增加了她為弟申冤的信心。
楊菊貞首先去找沈喻氏，得知她在縣裡和府裡的口供不一致。接著又找到愛仁堂藥鋪老闆錢寶生的母親和夥計，都說楊乃武從沒有向他們買過砒霜，這樣她心裡更有底了，冤情十分明顯，她決定到臬司、藩司、撫臺衙門告狀。誰知官官相護，按察過了兩堂，即認定原審無誤，照原擬罪名詳報巡撫定罪。
當時浙江巡撫是楊昌浚，餘杭縣官劉錫彤就重賄其屬下，結果以“無冤無濫”審結，按照杭州府原擬罪名判定，至此已鐵案難翻，只要刑部迴文一到，就要立即執行了。楊乃武的親屬都認為沒有生望了，只有楊菊貞不死心，入獄探監，與楊乃武商量，決定上京告御狀。楊乃武自擬呈詞，歷述冤情以及各級官府嚴刑逼供屈打成招的經過。
呈狀寫好後，由楊乃武的舅父姚賢瑞作“抱告”，陪同進京，因為當時女人是不能遞呈告狀的。楊菊貞與楊乃武之妻詹氏和一雙兒女，身背黃榜，歷盡千辛萬苦，走了兩個月，到達北京，向都察院衙門提出了控訴。不料都察院問都不問，就將他們押解回浙江，仍交給巡撫楊昌浚審理，這次告御狀算是失敗了！楊菊貞仍不死心，誓死為弟洗冤，準備二次進京告狀。
她二次進京得到了當時非常著名的“紅頂商人”胡雪巖的大力支援。這位胡雪巖先生曾在浙江巡撫王有齡、閩浙總督左宗棠的支援下，開錢莊、辦洋務，後來又在杭州開設胡慶餘堂藥店。他有資金3000萬，田地一萬畝，用錢捐了個江西候補道的功名，成了有財有勢的官商。
他從小家境貧寒，又是學徒出身，所以對貧苦百姓生活比較關心。他為人樂善好施，仗義疏財。楊乃武冤案發生時，正在杭州籌辦胡慶餘堂藥店的胡雪巖，是最早了解冤案內情的一個。胡雪巖有個西席（尊稱授業之師或幕友為“西席”）叫吳以同，與楊乃武是同學同年，知道楊乃武平日為人正直，這次獲罪一定是有人陷害，他把楊菊貞上京告狀及準備二次進京的情況告訴了胡雪巖，胡表示願意資助。
在吳以同的引薦下，楊菊貞拜見了胡雪巖，胡深表同情，不僅慷慨資助他們全家進京的路費，而且到京後所有用度也都包了下來，這已是同治十三年（1874）九月的事了。
就在楊菊貞準備二次進京告御狀的時候，恰好有個浙江籍的京官、翰林院編修夏同善丁憂服闕後起復回京，胡雪巖為他餞行，由吳以同作陪。
席間胡雪巖、吳以同向夏同善講述了楊乃武冤案的曲折經過，並且請他在京設法幫助，夏答應相機進言，不料這件事成了日後楊乃武冤案平反的關鍵一環！
楊菊貞二次進京後，由夏同善引薦，遍叩了浙江籍在京官員30餘人。
夏同善與大學士翁同?商量，得到了他的大力支援；夏同善還會同御史王昕親自上疏，為楊乃武平反。
於是，朝廷派了禮部侍郎胡瑞瀾為欽差，到浙江勘查此案。浙江巡撫楊昌浚得知胡瑞瀾到了杭州，就威逼利誘，說此案已經反覆審問多次，無偏無枉，不宜輕易改動，否則引起士林不滿，地方官吏今後也難以辦事了。同時又推薦寧波知府邊葆城、嘉興知府羅子森會同審理。邊葆城是楊昌浚湖南老鄉，又是劉錫彤的姻親，因此在複審時，邊葆城動以酷刑，日夜熬審。
最後一堂把楊乃武的雙腿夾折，對小白菜則十指拶脫，還用銅絲穿入乳頭，慘不忍睹，就這樣嚴刑拷打，欽差審結，仍然維持原判。這樣一來，原審各級地方官吏如釋重負，這批湖南幫的大小官員彈冠相慶，設席宴客，認為從此鐵證如山，不會再有反覆了。
而在京浙江籍人士對楊案主犯屢翻屢服，楊菊貞兩次上京，認為必有曲折隱情。
有些舉人、生員和楊乃武的好朋友三十餘人聯名向都察院、刑部提出控告，揭露此案，縣、府、按察、督撫、欽憲七審七決，都是嚴刑逼供，屈打成招，上下包庇，草菅人命，欺罔朝廷，要求提京徹底審訊，昭示天下，以釋群疑。在京官員認為這件案子如果真是有冤情不得平反，不僅是楊乃武、小白菜兩條人命的問題，而且是有關整個浙江讀書人的面子問題。
於是，夏同善、張家驤取得刑部侍郎袁保恆、大學士翁同?等人的支援，向兩宮太后陳訴冤情，要求將 楊乃武、小白菜一案提京複審。最終楊乃武、小白菜案得以平反，與慈禧太后的直接干預有極大關係。
當初由大學士翁同?向兩宮面陳案情，就引起了慈禧太后的注意，她沒有直接下達諭旨，而是透過刑部叫浙江巡撫楊昌浚親自審問，但她同時派了御史王昕到浙江私訪案情。
對於此案是否提京複審，開始慈禧太后是猶豫的，她對地方官吏承辦的要案也不願輕易更改。但後來楊乃武冤獄的呼聲越來越高，朝廷內外到處哄傳，又加上官員不斷上疏奏請提京勘查，慈禧太后終於下了決心：“叫刑部徹底根究。”這樣，江浙派官吏初步得到了主動權。
刑部大審，開棺驗屍，認定葛品連並非中毒而死。
刑部複審勘驗情況奏知兩宮，這時已將劉錫彤革職拿問。原審各級官員為什麼審辦不實，要刑部再徹底根究，於是又提集犯證審問了兩次。
在是否懲辦各級辦案官吏的問題上，江浙派與兩湖派發生了激烈的爭吵。以大學士翁同?為首的江浙派力主懲辦這些草菅人命的貪官汙吏；另一派以四川總督丁寶楨為首，附和的多是兩湖籍官員，故稱兩湖派。
他們認為不能為了區區兩個平頭百姓處理這麼多官吏。由於這兩派的爭吵，刑部平反的奏疏，一直拖了兩個月，遲遲不上，直到光緒三年（1877）二月十日，奏疏才上去，但是對於巡撫楊昌浚、欽差胡瑞瀾並未提出參革，許多受賄、包庇等情弊也未提及，馬虎了事，直到二月十六日以光緒帝名義下的平反諭旨才將二人革職。
楊昌浚雖然革了職，劉錫彤雖然是充軍到黑龍江，但對劉子翰卻完全開脫了。其餘承辦此案的知府、知縣，都只是革職了事，隻字不提行賄受賄之事。
從楊乃武、小白菜一方來說，冤案昭雪無疑是莫大的幸事，而事實上他們只是民間的一個小案，在那個時代其實是不足為怪的。
可是現在被渲染成愛情故事的案件背後陷藏著重大的政治鬥爭，難怪楊乃武在出獄後曾想去拜見救他一命的浙省大小官員，很多人並沒有出面見他，畢竟參與這場鬥爭不光是為了一個楊乃武。參與對楊乃武審判的多是湖南籍官員，他們大多是左宗棠一手提拔的，在對瀆職官吏的懲辦上，朝廷也只採取了革職了事，而並沒有量刑處罪，這就表明了這不是一個簡單的刑事案件。
在這場無辜的冤案中，楊乃武幾乎被折磨成了殘廢，刑部卻說刑傷業已平復，並無傷筋折骨的情況。
經歷了三年多的牢獄之災以及各級官吏的殘忍折磨，楊乃武雖死裡逃生，家人團聚，但受此打擊，人雖未亡而家已破，痛定思痛，實在是悲多歡少啊！從北京回家的路費仍然是胡雪巖資助的。
楊家人回到餘杭縣後，已是家產蕩然，生活困難。楊乃武依靠親友幫助，贖回了幾畝桑地，以養蠶種桑為生。這時他雖然只有36歲，正當年富力壯的有為之年，但經過這場災難，稜角已被磨盡，心灰意冷，輕易不與外界交往，專心致志研究孵育蠶種。餘杭盛產絲棉，行銷全國。
楊家世代養蠶，對育種有一定經驗。過了三年，楊乃武所育蠶種名氣就傳開了，遠近都來購買，他家的蠶種牌記是“風采牡丹，楊乃武記”。凡是楊家出賣的蠶種，都蓋上了這個牌記。每到育種時，全家大小日夜忙碌，家裡生活也日漸好轉。楊乃武就是這樣安靜地度過了自己的後半生，直到1914年去世，終年74歲。
小白菜出獄後，回到餘杭，萬念俱灰，在南門外石門塘準提庵出家為尼，法名慧定。庵裡沒有香火，以養豬、養雞為生。從此就在青燈古佛旁、晨鐘暮鼓中了卻殘生，於1930年去世。她的墓塔建在餘杭東門外的文昌閣旁，為了表白自己的清白和坦然，墓址選在河岸路旁。
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