注：帶★表示動畫特別篇；帶*表示雖然有黑衣組織的成員登場，但是與黑衣組織本身無太大關聯。集數標註一律使用日語版官方集數，與國語版等其他版本集數差異的說明詳見“名偵探柯南”詞條。 TV版 1雲霄飛車殺人事件 54電玩公司殺人事件 118浪花連續殺人事件★* 128黑衣組織十億元搶劫事件（部分情節為動畫原創） 129來自黑衣組織的女子大學教授殺人事件★ 176與黑衣組織的再會（灰原篇） 177與黑衣組織的再會（柯南篇） 178與黑衣組織的再會（解決篇） 230神秘的乘客（前篇） 231神秘的乘客（後篇） 271急忙掩飾的忽略（前篇） 272急忙掩飾的忽略（後篇） 286工藤新一紐約事件（事件篇） 288工藤新一紐約事件（解決篇） 289光彥森林迷失記（前篇）* 290光彥森林迷失記（後篇）* 307遺留的無聲證言（前篇） 308遺留的無聲證言（後篇） 309與黑衣組織的接觸（交涉篇） 310與黑衣組織的接觸（追跡篇） 311與黑衣組織的接觸（決死篇） 338四輛保時捷（前篇） 339四輛保時捷（後篇） 340廁所裡隱藏的秘密（前篇） 341廁所裡隱藏的秘密（後篇） 345與黑衣組織的直面對決滿月之夜的雙重謎案★ 425黑暗衝擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間★ 462黑衣組織的影子年幼的目擊者 463黑衣組織的影子奇妙的照明 464黑衣組織的影子謎樣的高額報酬 465黑衣組織的影子珍珠的流星 484黑色照片的去向（前篇） 485黑色照片的去向（後篇） 491紅與黑的碰撞開端 492紅與黑的碰撞血緣 493紅與黑的碰撞絕叫 494紅與黑的碰撞冥土 495紅與黑的碰撞昏睡 496紅與黑的碰撞侵入 497紅與黑的碰撞覺醒 498紅與黑的碰撞攪亂 499紅與黑的碰撞偽裝 500紅與黑的碰撞遺言 501紅與黑的碰撞嫌疑 502紅與黑的碰撞潔白 503紅與黑的碰撞決死 504紅與黑的碰撞殉職 563偵探團VS強盜團（騷動） 564偵探團VS強盜團（沉默） 578召喚危機的紅色前兆 579黑與13的暗示 580逼近的黑色時刻 581紅色的搖擺目標 667婚禮前夜（前篇）* 668婚禮前夜（後篇）* 671偵探們的夜想曲（案件）* 672偵探們的夜想曲（綁架）* 673偵探們的夜想曲（推理）* 674偵探們的夜想曲（波本） 681以性命為賭注的戀愛轉播（轉播開始）* 683以性命為賭注的戀愛轉播（現場突入）* 699逼近灰原秘密的黑影（前篇）* 700逼近灰原秘密的黑影（後篇） 701漆黑的特快列車（發車） 702漆黑的特快列車（隧道） 703漆黑的特快列車（交叉） 704漆黑的特快列車（終點） 705密室中的柯南* 706解謎的波本 722香甜冰涼的快遞（前篇）* 723香甜冰涼的快遞（後篇）* 734茱蒂的追憶與賞花的陷阱★ 739小五郎在酒吧裡（後篇） 740小蘭也倒在浴室裡了（前篇） 770氣氛僵硬的茶會（前篇） 771氣氛僵硬的茶會（後篇） 779緋色的序章 780緋色的追尋 781緋色的交錯 782緋色的迴歸 783緋色的真相
注：帶★表示動畫特別篇；帶*表示雖然有黑衣組織的成員登場，但是與黑衣組織本身無太大關聯。集數標註一律使用日語版官方集數，與國語版等其他版本集數差異的說明詳見“名偵探柯南”詞條。 TV版 1雲霄飛車殺人事件 54電玩公司殺人事件 118浪花連續殺人事件★* 128黑衣組織十億元搶劫事件（部分情節為動畫原創） 129來自黑衣組織的女子大學教授殺人事件★ 176與黑衣組織的再會（灰原篇） 177與黑衣組織的再會（柯南篇） 178與黑衣組織的再會（解決篇） 230神秘的乘客（前篇） 231神秘的乘客（後篇） 271急忙掩飾的忽略（前篇） 272急忙掩飾的忽略（後篇） 286工藤新一紐約事件（事件篇） 288工藤新一紐約事件（解決篇） 289光彥森林迷失記（前篇）* 290光彥森林迷失記（後篇）* 307遺留的無聲證言（前篇） 308遺留的無聲證言（後篇） 309與黑衣組織的接觸（交涉篇） 310與黑衣組織的接觸（追跡篇） 311與黑衣組織的接觸（決死篇） 338四輛保時捷（前篇） 339四輛保時捷（後篇） 340廁所裡隱藏的秘密（前篇） 341廁所裡隱藏的秘密（後篇） 345與黑衣組織的直面對決滿月之夜的雙重謎案★ 425黑暗衝擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間★ 462黑衣組織的影子年幼的目擊者 463黑衣組織的影子奇妙的照明 464黑衣組織的影子謎樣的高額報酬 465黑衣組織的影子珍珠的流星 484黑色照片的去向（前篇） 485黑色照片的去向（後篇） 491紅與黑的碰撞開端 492紅與黑的碰撞血緣 493紅與黑的碰撞絕叫 494紅與黑的碰撞冥土 495紅與黑的碰撞昏睡 496紅與黑的碰撞侵入 497紅與黑的碰撞覺醒 498紅與黑的碰撞攪亂 499紅與黑的碰撞偽裝 500紅與黑的碰撞遺言 501紅與黑的碰撞嫌疑 502紅與黑的碰撞潔白 503紅與黑的碰撞決死 504紅與黑的碰撞殉職 563偵探團VS強盜團（騷動） 564偵探團VS強盜團（沉默） 578召喚危機的紅色前兆 579黑與13的暗示 580逼近的黑色時刻 581紅色的搖擺目標 667婚禮前夜（前篇）* 668婚禮前夜（後篇）* 671偵探們的夜想曲（案件）* 672偵探們的夜想曲（綁架）* 673偵探們的夜想曲（推理）* 674偵探們的夜想曲（波本） 681以性命為賭注的戀愛轉播（轉播開始）* 683以性命為賭注的戀愛轉播（現場突入）* 699逼近灰原秘密的黑影（前篇）* 700逼近灰原秘密的黑影（後篇） 701漆黑的特快列車（發車） 702漆黑的特快列車（隧道） 703漆黑的特快列車（交叉） 704漆黑的特快列車（終點） 705密室中的柯南* 706解謎的波本 722香甜冰涼的快遞（前篇）* 723香甜冰涼的快遞（後篇）* 734茱蒂的追憶與賞花的陷阱★ 739小五郎在酒吧裡（後篇） 740小蘭也倒在浴室裡了（前篇） 770氣氛僵硬的茶會（前篇） 771氣氛僵硬的茶會（後篇） 779緋色的序章 780緋色的追尋 781緋色的交錯 782緋色的迴歸 783緋色的真相