注:帶★表示動畫特別篇;帶*表示雖然有黑衣組織的成員登場,但是與黑衣組織本身無太大關聯。集數標註一律使用日語版官方集數,與國語版等其他版本集數差異的說明詳見“名偵探柯南”詞條。 TV版 1雲霄飛車殺人事件 54電玩公司殺人事件 118浪花連續殺人事件★* 128黑衣組織十億元搶劫事件(部分情節為動畫原創) 129來自黑衣組織的女子大學教授殺人事件★ 176與黑衣組織的再會(灰原篇) 177與黑衣組織的再會(柯南篇) 178與黑衣組織的再會(解決篇) 230神秘的乘客(前篇) 231神秘的乘客(後篇) 271急忙掩飾的忽略(前篇) 272急忙掩飾的忽略(後篇) 286工藤新一紐約事件(事件篇) 288工藤新一紐約事件(解決篇) 289光彥森林迷失記(前篇)* 290光彥森林迷失記(後篇)* 307遺留的無聲證言(前篇) 308遺留的無聲證言(後篇) 309與黑衣組織的接觸(交涉篇) 310與黑衣組織的接觸(追跡篇) 311與黑衣組織的接觸(決死篇) 338四輛保時捷(前篇) 339四輛保時捷(後篇) 340廁所裡隱藏的秘密(前篇) 341廁所裡隱藏的秘密(後篇) 345與黑衣組織的直面對決滿月之夜的雙重謎案★ 425黑暗衝擊!黑衣組織的魔爪伸來的瞬間★ 462黑衣組織的影子年幼的目擊者 463黑衣組織的影子奇妙的照明 464黑衣組織的影子謎樣的高額報酬 465黑衣組織的影子珍珠的流星 484黑色照片的去向(前篇) 485黑色照片的去向(後篇) 491紅與黑的碰撞開端 492紅與黑的碰撞血緣 493紅與黑的碰撞絕叫 494紅與黑的碰撞冥土 495紅與黑的碰撞昏睡 496紅與黑的碰撞侵入 497紅與黑的碰撞覺醒 498紅與黑的碰撞攪亂 499紅與黑的碰撞偽裝 500紅與黑的碰撞遺言 501紅與黑的碰撞嫌疑 502紅與黑的碰撞潔白 503紅與黑的碰撞決死 504紅與黑的碰撞殉職 563偵探團VS強盜團(騷動) 564偵探團VS強盜團(沉默) 578召喚危機的紅色前兆 579黑與13的暗示 580逼近的黑色時刻 581紅色的搖擺目標 667婚禮前夜(前篇)* 668婚禮前夜(後篇)* 671偵探們的夜想曲(案件)* 672偵探們的夜想曲(綁架)* 673偵探們的夜想曲(推理)* 674偵探們的夜想曲(波本) 681以性命為賭注的戀愛轉播(轉播開始)* 683以性命為賭注的戀愛轉播(現場突入)* 699逼近灰原秘密的黑影(前篇)* 700逼近灰原秘密的黑影(後篇) 701漆黑的特快列車(發車) 702漆黑的特快列車(隧道) 703漆黑的特快列車(交叉) 704漆黑的特快列車(終點) 705密室中的柯南* 706解謎的波本 722香甜冰涼的快遞(前篇)* 723香甜冰涼的快遞(後篇)* 734茱蒂的追憶與賞花的陷阱★ 739小五郎在酒吧裡(後篇) 740小蘭也倒在浴室裡了(前篇) 770氣氛僵硬的茶會(前篇) 771氣氛僵硬的茶會(後篇) 779緋色的序章 780緋色的追尋 781緋色的交錯 782緋色的迴歸 783緋色的真相
注:帶★表示動畫特別篇;帶*表示雖然有黑衣組織的成員登場,但是與黑衣組織本身無太大關聯。集數標註一律使用日語版官方集數,與國語版等其他版本集數差異的說明詳見“名偵探柯南”詞條。 TV版 1雲霄飛車殺人事件 54電玩公司殺人事件 118浪花連續殺人事件★* 128黑衣組織十億元搶劫事件(部分情節為動畫原創) 129來自黑衣組織的女子大學教授殺人事件★ 176與黑衣組織的再會(灰原篇) 177與黑衣組織的再會(柯南篇) 178與黑衣組織的再會(解決篇) 230神秘的乘客(前篇) 231神秘的乘客(後篇) 271急忙掩飾的忽略(前篇) 272急忙掩飾的忽略(後篇) 286工藤新一紐約事件(事件篇) 288工藤新一紐約事件(解決篇) 289光彥森林迷失記(前篇)* 290光彥森林迷失記(後篇)* 307遺留的無聲證言(前篇) 308遺留的無聲證言(後篇) 309與黑衣組織的接觸(交涉篇) 310與黑衣組織的接觸(追跡篇) 311與黑衣組織的接觸(決死篇) 338四輛保時捷(前篇) 339四輛保時捷(後篇) 340廁所裡隱藏的秘密(前篇) 341廁所裡隱藏的秘密(後篇) 345與黑衣組織的直面對決滿月之夜的雙重謎案★ 425黑暗衝擊!黑衣組織的魔爪伸來的瞬間★ 462黑衣組織的影子年幼的目擊者 463黑衣組織的影子奇妙的照明 464黑衣組織的影子謎樣的高額報酬 465黑衣組織的影子珍珠的流星 484黑色照片的去向(前篇) 485黑色照片的去向(後篇) 491紅與黑的碰撞開端 492紅與黑的碰撞血緣 493紅與黑的碰撞絕叫 494紅與黑的碰撞冥土 495紅與黑的碰撞昏睡 496紅與黑的碰撞侵入 497紅與黑的碰撞覺醒 498紅與黑的碰撞攪亂 499紅與黑的碰撞偽裝 500紅與黑的碰撞遺言 501紅與黑的碰撞嫌疑 502紅與黑的碰撞潔白 503紅與黑的碰撞決死 504紅與黑的碰撞殉職 563偵探團VS強盜團(騷動) 564偵探團VS強盜團(沉默) 578召喚危機的紅色前兆 579黑與13的暗示 580逼近的黑色時刻 581紅色的搖擺目標 667婚禮前夜(前篇)* 668婚禮前夜(後篇)* 671偵探們的夜想曲(案件)* 672偵探們的夜想曲(綁架)* 673偵探們的夜想曲(推理)* 674偵探們的夜想曲(波本) 681以性命為賭注的戀愛轉播(轉播開始)* 683以性命為賭注的戀愛轉播(現場突入)* 699逼近灰原秘密的黑影(前篇)* 700逼近灰原秘密的黑影(後篇) 701漆黑的特快列車(發車) 702漆黑的特快列車(隧道) 703漆黑的特快列車(交叉) 704漆黑的特快列車(終點) 705密室中的柯南* 706解謎的波本 722香甜冰涼的快遞(前篇)* 723香甜冰涼的快遞(後篇)* 734茱蒂的追憶與賞花的陷阱★ 739小五郎在酒吧裡(後篇) 740小蘭也倒在浴室裡了(前篇) 770氣氛僵硬的茶會(前篇) 771氣氛僵硬的茶會(後篇) 779緋色的序章 780緋色的追尋 781緋色的交錯 782緋色的迴歸 783緋色的真相