1、第5部《名偵探柯南：通往天國的倒計時》

一行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟幾乎一模一樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裡卻出現了多位與此建築物有著不同關係的人士，不久之後第一個殺人事件發生了。

而且，令人不敢相信的是黑衣組織的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裡究竟是在跟誰聯絡。 而柯南的真正身份會被組織發現嗎，且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。

為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵，也就是當初逼迫工藤新一喝下毒藥使他身體縮小的兇手——黑衣組織，展開一場史上最恐怖的攻防戰。

2、第13部《名偵探柯南：漆黑的追蹤者》

以東京為中心發生了6起連環殺人案件。除目暮警部外，還有各縣刑警和小五郎參加了調查會議。令柯南意想不到的是，他發現一位會議上的刑警進入了一輛跑車裡。

“那輛車……難道是，琴酒的？”“黑衣組織”中的一人潛入了調查會議，並乘琴酒的車逃走了。連續殺人案件是“黑衣組織”搞的鬼嗎？危機一觸即發！如果讓琴酒知道工藤新一還活著的話，不僅會危及新一，還有柯南身邊的人。意識到事情危險性的柯南獨自開始調查。

擴充套件資料

黑衣組織是日本動漫《名偵探柯南》中的一個籠罩在神秘色彩中的跨國犯罪組織，自劇情伊始便已經出現。

主角工藤新一因為看到了組織進行非法交易的場面而被琴酒灌下毒藥（APTX4869）滅口，卻幸運生還，並在藥物偶發作用下身體縮小成為小學生模樣。他化名為江戶川柯南，借住在青梅竹馬毛利蘭家的毛利偵探事務所，暗中調查黑衣組織。

該組織的真實名稱不詳，片中一般以“黑衣（黑暗）組織”、“組織”代稱，組織的組成結構和目的也不明顯。但可以肯定，黑衣組織是一個勢力很廣的大型犯罪組織，資產雄厚，並且在日本政界、經濟界和科學界有很深的人脈。

慣用手法是操控重要人物的生死，再暗中以金錢收買，開發謎樣的藥物以及足以影響全人類未來的程式。FBI和CIA在多年前就已經介入了對組織的調查。

組織的代表顏色為黑色，其成員都穿著“如烏鴉般漆黑”的衣服（宮野明美語）。除Boss外，主要成員都以酒名作為代號。作者青山剛昌稱，有代號的成員基本屬於同一級別。

內部似乎有非常嚴格的紀律，不合格的成員、暴露組織身份的成員和背叛組織的成員都會被很快剷除，做事絕對不會留下絲毫痕跡。而且保密性極強，即使成員之間也未必互相認識（比如灰原哀就未曾聽說過基爾等人）。