和綾波麗的身份有一定關係，綾波麗雖然外型上碇唯很像，但綾波麗斌不是單純的碇唯克隆體，碇唯當年在參加初號機啟動試驗的時候，靈魂留在了初號機當中，而綾波麗是根據碇唯殘存的肉體提取的 DNA 與亞當的 DNA 混合所打造出的人造人，而綾波麗本人的靈魂是 Lilith，準確說綾波麗是 Lilith 靈魂的容器，釘在最終教條的只是 Lilith 的肉體。於是綾波麗的身份就變成了有著一半第一使徒亞當基因，有著一半碇唯基因，靈魂又是 Lilith 的人造人。

司令透過加持良治帶回來的胚胎化的亞當，讓亞當寄宿在自己的手中，司令的目的和 SEELE 不一樣，司令不是想和 SEELE 那些神棍老頭一樣讓人類重新融為一體再度進化，而是想透過亞當與 Lilith 的禁忌融合讓自己成為神，在舊劇場版中當司令去中央教條的時候，冬月副司令就說了句「替我向唯問好」，司令的目的簡單來說就是讓自己成神，即擁有生命之果又擁有智慧之果，同時還可以與寄宿在 EVA 初號機中的碇唯再次相見，所以綾波麗和初號機都是司令實現自己目的重要工具，然而事與願違最後綾波麗沒有遵從司令的意願，而是呼應了真嗣與 Lilith 融合，讓真嗣去主宰人類補完計劃。

首先很多人都不明白為什麼碇司令為什麼要把他的豬手伸進去女神那裡，難道就是因為色？關於這裡動畫裡面沒有交代，只有那個在不斷的在尋找什麼都畫面，而然因為當初加持帶回來的亞當胚胎就融合在那手中。

所以後來被拒絕了之後手被推了出來那個痛苦的樣子，畢竟真的手上的肉還真的被活生生的撕了下來，不痛才怪。

好了迴歸正題，想引發第三次衝擊就必須要亞當的本體和使徒的融合才能夠進行，而然地下的那個巨人並非亞當只是莉莉絲的肉體而且還是沒有靈魂，純粹就是放在那裡騙SEELE的老頭們，這就是為何渚薰跑進最終教條而沒有任何動作的原因，即使力天使當初直接進入最終教條也只是撲了個空，兩個司令可以淡定得很。

而綾波麗是使用碇唯的DNA複製而成的克隆人，但其靈魂並非是碇唯而是莉莉絲換句話來說綾波麗就是百分之百的使徒，因為碇唯當初試驗的時候完全的和初號機融合靈魂已經固定了在初號機當中，肉體也已經溶解在駕駛室的LCL溶液裡，所以她的DNA也是完整的儲存在其中。

因為碇唯早就已經迴歸生命之海這也就是LCL溶液裡，當全人類都從單獨形態迴歸到LCL溶液的狀態，靈魂必定會在原始海洋中相遇，這也就是透過這樣的方法再遇到碇唯。

而然唯一不同的是碇司令打算自己成為神這也是和亞當融合的原因，因為擁有了智慧果實和生命果實的集合體就是神的存在所以才要和亞當融合，希望自己能夠決定人類的未來。但是這馬上就被綾波麗給否定了，剝奪了碇司令手上還沒有完全融合的亞當胚胎。

於是冷手撿了便宜的令早就已經擁有智慧果實（碇唯的靈魂）和生命果實（吃了力之天使的S2機關）的初號機成為了神，而在駕駛艙裡的碇真治擁有決定人類的未來的能力。

碇源渡將手中的胚胎與綾波麗融合的情節出現在劇場版《air~真心為你》中，這算是《EVA》老版動畫真正的結局。

在TV版的設定中，綾波麗是“莉莉絲的容器”，她的身體是用碇源渡的老婆碇唯DNA克隆培養出來的，用來裝莉莉絲的靈魂。碇源渡對她特別上心，一方面是因為“睹物思人”念自己老婆的舊情，另一方面是想透過綾波麗來控制莉莉絲的意志，以完成自己計劃。。

至於碇源渡計劃的內容，還是需要從頭開始解釋：

40億年前莉莉絲隨“黑之月”墜落到日本箱根，這次巨大的碰撞產生的碎片在引力的作用下形成了月球，並被後世稱為“第一次衝擊”。此後LCL液體從莉莉絲的體內不斷流出，匯入海洋。可以說LCL是地球生命的最初形態，而人類也誕生於LCL之海。換言之，莉莉絲是地球上所有人類的“母親”。

另一方面，根據SEELE在南極發現的死海文書記載。當使徒接觸亞當，或者是完整的莉莉絲被EVA處刑，都會引發“第三次衝擊”造成人類滅亡。

但SEELE信奉的是“人類需要主動贖罪”，如果是使徒引發的衝擊就算不上是贖罪，所以“人類補完計劃”的一切都圍繞著在約定之日“處刑莉莉絲”來進行。所以NERV一邊造EVA阻止使徒入侵，一邊等待“約定之日”的到來。

期間發生了兩個巨大的轉折，第一次轉折是SEELE發現，碇源渡有自己的陰謀，他並不想遵從SEELE的指示殺死莉莉絲。

用SEELE的臺詞來講就是：碇源渡打算讓亞當和莉莉絲融合，自己成為“神”。對於成神之後究竟會發生什麼動畫中並沒有多說。但可以確定的一點是，成為了“神”的碇源渡，可以如願以償的再次見到自己的老婆。這就是碇源渡將亞當胚胎移植到手中，又與綾波麗融合的目的所在。

答案說到這也就有了，但事情並沒有結束。

還有第二次重大的轉折，二號綾波麗為了救碇真嗣戰死之後，真正的感情開始覺醒。重新啟用的3號綾波麗，乾的第一件事就是想毀掉自己曾視為珍寶的碇源渡的眼睛。從這個時間點開始，綾波麗、以及她代表的莉莉絲的意識，已經不是碇源渡所能掌控的了。所以在與亞當融合之後，綾波麗舍棄了碇源渡。

最終的結局是，綾波麗帶著亞當的胚胎，迴歸了莉莉絲的本體。“使徒與亞當融合”這一條件達成，莉莉絲有了引發第三次衝擊的力量。並且她遵從了碇真嗣的意志“要大家一起消失”。

於是第三次衝擊在碇真嗣的催動下發生了。所有人類的靈魂重新迴歸莉莉絲，身體化作LCL之海，一切都回到了人類誕生之前的景象。

不過雖說這種結局並不是碇源渡的本意，但他還是透過這樣的方式再次見到了唯，完成了自己的願望。