首先，這個回答是基於新劇場版，tv版和老劇場版由於各種問題包括但不限於：經費、痞子本人精神狀態、整體制作時間等等，明裡暗裡吃了不少設定，改了不少內容，不好分析。
要講明白這些，首先了解下eva的編年史：
第一次衝擊（具體時間不明，距推斷應該是上一次物種大滅絕，或者說現在這個包含使徒和人類的世界的誕生）
第二次衝擊：2000年，地點南極，關鍵點：光之巨人的甦醒，還有根據死海文書可以確定使徒甦醒。
第三次衝擊：破中初號機引發，摧毀了第三新東京市地表絕大部分，q中是地表大部分（只是摧毀，紅色不是小初乾的）
第四次衝擊：13號機引發，拉出了底下的球狀物體（tv版中命名黑之月），地表破壞嚴重。
其實每次衝擊都是一次神降，而神有能力改變整個地球的規則。
首先就是第一次衝擊，改變了整個地球生態，舊的世界被滅絕，產生了使徒和人類，每個使徒都各有特點，但是人類作為一個整體，才相當於一個使徒，但是人類有強於師使徒的智慧。同時留下了一個規則：使徒們和人類都可以引發下次神降（衝擊），而使徒進入沉睡，人類可以發展，但是使徒會在第二次衝擊後甦醒，與人類爭奪成神的資格。這個規則和各個使徒的特點，被記錄成了“死海文書”（不清楚是不是實體，但是資訊留存了下來）。
而人類中的“首腦”或者說知道這一切的人，組成了seele，默默引導者人類發展，但是他們的願望並不是成神，而是希望人類不再以一個個個體的形式存在，希望人類的靈魂歸於一個整體，這便是“人類補完計劃”。這個願望只能由神來達成，但是seele們對是誰成神並不關心。即使是使徒成了神，只要能達成人類補完的願望，seele也是同意的
於是seele們的計劃就是引導一個真神的出現，並控制神，讓他實現人類大統一。具體是這樣操作的:
按照死海文書的記錄引發了第二次衝擊後，捕獲了第一使徒 薰，（我自己的推測是：薰的能力是不斷輪迴，也就是甦醒後如果死亡，可以在另一個時間線換個時間甦醒但是這個時間只能在第二次衝擊之後（換句話說seele們都能找到他））給他帶上了dss項圈，並表示：“我知道你是第一使徒，也知道你輪迴的能力，但是我知道你在哪重生，無論你怎麼死和輪迴，我都能找到你。但是你有一條路走：我們幫你成神，但是成神之後你要實現我們補完的願望，如果你成神之後沒完成我們的願望，就炸掉項圈，一切從來。”薰便成了“seele的孩子”之後變給薰造了6號機，做為他成神的軀體，如果沒有碇司令的干擾，seele是能在消滅使徒後達成這個願望的。
碇司令的計劃，原來的碇司令也僅僅是忠與seele的手下，完成消滅使徒的命令，不過在製造武器的過程中，唯消失在了初號機中，成了初號機的一部分，碇接受不了這樣的事實，但是他了解死海文書的規則，知道神有能力讓他再見到唯。於是他就打算造一個自己的神，自己成神，實現自己的願望。這個神軀體就是初號機，不過碇知道僅僅初號機成神是不夠的，seele肯定會及時阻止碇的神（也確實阻止了，破結尾一杆大槍從天而降）。所以seele在準備好神的軀體後，必須幹掉seele們，和“seele的孩子”，具體方式就是將初號機的覺醒為造成一起事故，並保留初號機，之後繼續終於seele，在seele們準備造神時候不斷干擾，分別幹掉seele的神之軀體和神之靈魂，最終幹掉seele。事件上，14年中6號機雖然引發了大規模衝擊，但是被自律系統幹掉（可能是因為dss項圈失效seele們不能讓薰成神了，緊急啟動了自律系統：彈射出了薰，機體自裁），seele們在第二個神之軀體（13號機）成神時以為終於能補完了，集體選擇死亡（seele排除），可是後來的事大家都在q裡看見了：薰被項圈炸死（seele的孩子排除），13號機雙插入栓全部離體後失效（第二神之軀體排除）。之後就是司令的獨角戲了，奪回初號機，靠著從第三使徒基地偷來的“那個箱子”與初號機成神，實現願望。
使徒們就簡單了：沒高階智慧考的基本都是動物本能，就是知道我要是按照條件成神了就很厲害！所以老子要成神！
首先，這個回答是基於新劇場版，tv版和老劇場版由於各種問題包括但不限於：經費、痞子本人精神狀態、整體制作時間等等，明裡暗裡吃了不少設定，改了不少內容，不好分析。
要講明白這些，首先了解下eva的編年史：
第一次衝擊（具體時間不明，距推斷應該是上一次物種大滅絕，或者說現在這個包含使徒和人類的世界的誕生）
第二次衝擊：2000年，地點南極，關鍵點：光之巨人的甦醒，還有根據死海文書可以確定使徒甦醒。
第三次衝擊：破中初號機引發，摧毀了第三新東京市地表絕大部分，q中是地表大部分（只是摧毀，紅色不是小初乾的）
第四次衝擊：13號機引發，拉出了底下的球狀物體（tv版中命名黑之月），地表破壞嚴重。
其實每次衝擊都是一次神降，而神有能力改變整個地球的規則。
首先就是第一次衝擊，改變了整個地球生態，舊的世界被滅絕，產生了使徒和人類，每個使徒都各有特點，但是人類作為一個整體，才相當於一個使徒，但是人類有強於師使徒的智慧。同時留下了一個規則：使徒們和人類都可以引發下次神降（衝擊），而使徒進入沉睡，人類可以發展，但是使徒會在第二次衝擊後甦醒，與人類爭奪成神的資格。這個規則和各個使徒的特點，被記錄成了“死海文書”（不清楚是不是實體，但是資訊留存了下來）。
而人類中的“首腦”或者說知道這一切的人，組成了seele，默默引導者人類發展，但是他們的願望並不是成神，而是希望人類不再以一個個個體的形式存在，希望人類的靈魂歸於一個整體，這便是“人類補完計劃”。這個願望只能由神來達成，但是seele們對是誰成神並不關心。即使是使徒成了神，只要能達成人類補完的願望，seele也是同意的
於是seele們的計劃就是引導一個真神的出現，並控制神，讓他實現人類大統一。具體是這樣操作的:
按照死海文書的記錄引發了第二次衝擊後，捕獲了第一使徒 薰，（我自己的推測是：薰的能力是不斷輪迴，也就是甦醒後如果死亡，可以在另一個時間線換個時間甦醒但是這個時間只能在第二次衝擊之後（換句話說seele們都能找到他））給他帶上了dss項圈，並表示：“我知道你是第一使徒，也知道你輪迴的能力，但是我知道你在哪重生，無論你怎麼死和輪迴，我都能找到你。但是你有一條路走：我們幫你成神，但是成神之後你要實現我們補完的願望，如果你成神之後沒完成我們的願望，就炸掉項圈，一切從來。”薰便成了“seele的孩子”之後變給薰造了6號機，做為他成神的軀體，如果沒有碇司令的干擾，seele是能在消滅使徒後達成這個願望的。
碇司令的計劃，原來的碇司令也僅僅是忠與seele的手下，完成消滅使徒的命令，不過在製造武器的過程中，唯消失在了初號機中，成了初號機的一部分，碇接受不了這樣的事實，但是他了解死海文書的規則，知道神有能力讓他再見到唯。於是他就打算造一個自己的神，自己成神，實現自己的願望。這個神軀體就是初號機，不過碇知道僅僅初號機成神是不夠的，seele肯定會及時阻止碇的神（也確實阻止了，破結尾一杆大槍從天而降）。所以seele在準備好神的軀體後，必須幹掉seele們，和“seele的孩子”，具體方式就是將初號機的覺醒為造成一起事故，並保留初號機，之後繼續終於seele，在seele們準備造神時候不斷干擾，分別幹掉seele的神之軀體和神之靈魂，最終幹掉seele。事件上，14年中6號機雖然引發了大規模衝擊，但是被自律系統幹掉（可能是因為dss項圈失效seele們不能讓薰成神了，緊急啟動了自律系統：彈射出了薰，機體自裁），seele們在第二個神之軀體（13號機）成神時以為終於能補完了，集體選擇死亡（seele排除），可是後來的事大家都在q裡看見了：薰被項圈炸死（seele的孩子排除），13號機雙插入栓全部離體後失效（第二神之軀體排除）。之後就是司令的獨角戲了，奪回初號機，靠著從第三使徒基地偷來的“那個箱子”與初號機成神，實現願望。
使徒們就簡單了：沒高階智慧考的基本都是動物本能，就是知道我要是按照條件成神了就很厲害！所以老子要成神！