肝門靜脈系與上、下腔靜脈系之間存在豐富的吻合，在肝門靜脈因病變而回流受阻時，透過這些吻合可產生側支迴圈途徑，因此，肝門靜脈與上、下腔靜脈的吻合有重要的臨床意義，其主要吻合部位如下： 　　

①透過食管下段粘膜下層內的食管靜脈叢使肝門靜脈系的胃左靜脈屬支與上腔靜脈系中奇靜脈的屬支間相互吻合交通。 　　

②透過直腸下段粘膜下層內的直腸靜脈叢使肝門靜脈系的腸繫膜下靜脈屬支與下腔靜脈系髂內靜脈的屬支之間相互吻合交通。 　　

③透過臍周圍皮下組織內的臍周圍靜脈網使肝門靜脈系的附臍靜脈與上腔靜脈系的腹壁上靜脈和胸腹壁靜脈間相吻合；或者與下腔靜脈系的腹壁下靜脈和腹壁淺靜脈間相吻合。 　　正常情況下，肝門靜脈系和上、下腔靜脈系之間的吻合支細小，血流量少，各屬支分別將血液引流向所屬的靜脈系。如果肝門靜脈迴流受阻（如肝硬化等），由於肝門靜脈內缺少功能性瓣膜，致使其中的血液可以逆流，並透過上述諸吻合途徑建立側支迴圈，分別經上、下腔靜脈迴流入心。此時，可造成吻合部位的細小靜脈曲張，甚至破裂。如食管靜脈叢曲張、破裂，造成嘔血；直腸靜脈叢曲張、破裂，可造成便血；臍周圍靜脈網和腹後壁等部位靜脈曲張，則引起腹前壁靜脈曲張，腹水等體徵。另一方面，由於經消化管吸收有毒物質，代謝分解產物，藥物等未經肝門靜脈運至肝進行解毒或分解，致使有害物質積聚中毒，病情將更加惡化。