洪水期間，糞池漫溢，死亡畜禽和各種汙物隨水流動，水源等環境受嚴重汙染。土壤中的病菌被洪水衝出來，會引發疾病。為消滅環境中病原體，切斷傳播途徑，預防和控制傳染病流行，保障人畜健康，必須進行獸醫衛生大消毒。　　主要消毒範圍及方法：

　　1、飲水消毒

　　洪水將大量的人畜糞便、垃圾、動物屍體等衝入水中，造成水中生物性汙染急劇增加，各類微生物汙染極為嚴重。

　　飲用水處理與消毒：沉澱處理加混凝劑硫酸鋁（硫酸鐵）1.25～2.5克/25升或明礬2.5～3.75克/25升，攪和至水中出現礬花為止，靜置澄清約1個小時，取上清水進行消毒，去下渾濁水。實無混凝劑時也可直接將渾濁水靜置，但沉澱時間要長得多。

　　消毒澄清水加消毒劑作用30分鐘,有效氯的投加量一般應不少於1～2毫克/升。消毒劑可任選一種使用，如漂白粉，最簡單的方法是每噸水加10克漂白粉上清液。

　　2、糞便處理

　　糞便處理不好，極易汙染水源，孳生蠅類。災民安置點設臨時廁所，不隨地大小便。

　　糞便消毒採用10份糞水加1份漂白粉，攪拌，2小時後倒在指定地點掩埋。腸道傳染病人的糞便，按5份與漂白粉1份的比例，或加等量生石灰，攪勻2-4小時後，倒在指定地點掩埋。

　　3、動物屍體處理

　　對洪災造成的動物屍體，要及時進行消毒、深埋在1.5～2米以下。掩埋點須選在地勢高、遠離水源處。屍體選用10%漂白粉澄清液，按200毫升/平方米用量噴霧，1～2小時後掩埋，掩埋時再用漂白粉乾粉20～40克/平方米的量灑蓋於屍體上，然後覆土掩埋。運輸車輛、使用的工具，用1％～2%的漂白粉澄清夜噴霧，1小時後方可作他用。

　　4、環境消毒

　　洪災汙染場所要先清理再消毒。

　　①、街道環境：應有專人進行清掃，灰塵較大時應進行灑水處理。原則上不得進行大面積噴灑消毒藥劑。

　　②、臨時居住點：重點做好環境的清潔、垃圾的清理和糞便管理工作，必要時在專業人員指導下進行消毒殺蟲處理。