因為明太祖是他爹朱元璋啊。

朱棣雖然是造他侄子建文帝的反，但他打的是靖難，清君側的名號，並不是改朝換代。朱棣攻下南京即皇帝位，不是繼承建文帝朱允炆的帝位，而是繼承他爹明朱元璋的帝位（廢除建文年號，建文四年改稱洪武三十五年）。即位後下令大力搜尋齊泰、黃子澄等建文朝臣五十餘人，朱棣還令盡復建文所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在於恢復祖訓。

太祖，高祖一般都是代表開國皇帝。而太宗，一般指繼開國皇帝——太祖之後的有德之君，一般皇帝總說列祖列宗，其中“宗”就是指太宗，可見地位之崇高。所以朱棣死後的廟號為太宗。這也是標準的第二位皇帝的廟號（因為朱棣不承認建文帝）。

至於為什麼後來改成明成祖，這就是嘉靖皇帝的功勞了。正德皇帝死後無嗣，本著兄終弟及的原則，故由他的堂弟朱厚熜繼位，也就是嘉靖帝。嘉靖帝繼位後想把自己的爹也封為皇帝，併入太廟永享供奉。當時遭到朝廷大臣的反對，封自己老子為皇帝已經不得了了，還想入太廟，哪有你爹位置。明朝的太廟共供奉九位皇帝，一般來說，開國皇帝太祖皇帝即萬世不祧，剩餘位置一般按照與在任皇帝親緣關係來排。為了讓他父親入太廟就必須從原來九位皇帝中移出一位進入偏殿。輩分離的最遠的是朱元璋，但他是太祖啊，江山都是他打下來的，是萬世不祧之君，所以動不得。接下來的是太宗朱棣，但是他也覺得朱棣功在萬世，不宜輕動。所以嘉靖就將朱棣廟號由太宗改為成祖，享受和朱元璋一樣的萬世不祧的高階待遇。接下來就將朱棣兒子的位置移出來了，把位置給了嘉靖他老爹了。

不過後來嘉靖死後他老爹的位置還是被隆慶皇帝移出來了。

這個問題曾有過回答，太祖、高祖是開國皇帝才能享有的封號，但朱棣封“祖”也同樣是名符其實，因為他的功績並不亞於立國之功。在封“祖”這一問題上，絕不是嘉靖等人的“貼金”，而是包括清朝都承認的榮耀。

朱棣一生的主要功績:

創立內閣，改變了皇權壟斷的局面，為明朝中後期的政治寬鬆鋪設了道路，也為資本主義萌芽創造了條件；五徵漠北，為中國北方贏得了和平，徹底斷絕了蒙古崛起的可能，也為蒙古的融入奠定了基礎；派遣鄭和多次出使西洋，加強了中國與東南亞、西亞、東非等諸多國家地區的貿易往來，提高了漢人朝廷的威望；集中大量優秀文人編纂《永樂大典》，最大程度的保留了經典的原貌（清四庫全書大量刪減和篡改）；遷都北京，疏通了大運河，促使了蒙古、新疆、東北與中原的緊密聯絡，為今天的版圖確立建立了基礎。

向敬之

太祖高祖，在中國古代諡法中，都是後世給開國皇帝追尊的廟號。顏師古注《漢書·高帝紀上》，引張晏言稱：“《禮》諡法無高，以為功最高為漢帝之太祖，故特取名焉。”意思是說，俗稱漢高祖劉邦，實為漢太祖劉邦。

縱觀歷朝歷代，太祖高祖如出一轍，有太祖便無高祖，有高祖便無太祖。

明朝有太祖，即開國皇帝朱元璋。後世便尊太祖之後的皇帝為宗。永樂二十二年（1424），永樂帝朱棣病逝於北征回師途中，被後繼之君洪熙帝追尊為太宗，這已然是“宗”系廟號中的至尊。

一百多年過去，以小宗入承大統的嘉靖帝朱厚熜，不甘心做明孝宗的嗣皇帝，於是大鬧大禮議，將沒做過一天皇帝的生父興獻王，追尊為興獻帝、獻皇帝，然後加號弄得與正式的先帝一樣平等待遇。

他要將生父稱宗祔廟，設定專廟，而且不能作為孝宗親弟，供奉於孝宗之廟。而太祖之下，已有七廟。於是，嘉靖帝拿出發動靖難一役、造反篡奪皇位的太宗永樂帝做文章。

他寫出一篇《明堂或問》，提醒不配合的禮部尚書嚴嵩：“太宗靖難，功與開創同，當稱祖以別之。”（《明史紀事本末》卷五十）

嚴嵩此前所議，已讓嘉靖帝很不高興了，於是這次他改變了方式，盡力迎合聖意：“古禮，宗無定數；祖非有功者不得稱。我文皇定鼎持危，功莫大焉，尊稱為祖，聖見允宜。”

他們把朱棣的靖難造反，奉為開創之功，而又不能再弄一個太祖，於是就想到成就帝業，弄了一個成祖的新廟號。

嚴嵩的盡改前說，配合了嘉靖帝的尊父祔廟計劃。很快，嘉靖帝將首輔夏言革職，加嚴嵩少保兼太子太保，禮部尚書兼武英殿大學士，入閣參與機務，扶搖直上，成為了獨專票擬的首輔。

廟號，是放於家廟供其後人祭祀用的代號或者說稱號。而諡號，是後人對此人一生的評價。

漢以前不是每個皇帝都有廟號的，後來，每個皇帝都有廟號了。

廟號也有規則。開國皇帝廟號太祖。而廟號高祖的歷史上不過幾人而已。其中隋高祖楊堅唐高祖李淵，都是追封自己先人，前者追封自己親爹，後者追封自己爺爺。就跟曹操是魏武帝一樣，屬於追封，後人統計時，他們不在皇帝之列。而俗稱漢高祖的劉邦，他的廟號是漢太祖。漢高祖的稱號來源於《史記：高祖本紀》。

除了開國皇帝之外，其他人不能稱祖。一般而言，開國皇帝稱太祖高皇帝，二世稱太宗文皇帝，當然也會有清朝這種奇葩。朱棣，廟號是太宗，諡號是文皇帝。之所以廟號改成祖，是因為嘉靖乾的好事。天子死後居皇族家廟供奉，地位特別突出的放於太廟受供。太廟位置有限，明以前應該是6個排位，明朝好像是變成了9個（這方面沒研究過）。嘉靖不僅追封自己老爹興獻王為皇帝，廟號睿宗，還得寸進尺，想讓他爹入太廟，嘉靖為了這件事鬧了很久，搞掉了很多朝中重臣。因為太廟位置滿了，也就是要搬出來一個排位。原本應該把朱棣的牌位搬出去，不過因為朱棣過於英明神武，所以他改朱棣廟號為成祖，祖的地位尊崇無比。也就是說，太祖朱元璋成祖朱棣將永居太廟，直到改朝換代。

無論廟號，諡號都是後人所贈。無論其生前意願如何，都由後人評判。朱棣是篡位，不過打的旗號是清君側，自稱是靖難，意為平亂。建文帝不是他殺的，是自殺的。皇位空懸，天下不可一日無主，，朱棣為了天下為了大明，被迫登基（總之皇帝說啥都是對的）。朱棣並沒有改國號，不是開國，跟武則天王莽的改國號行為不同。所以自然不能稱高祖。

所謂廟號就是古代帝王去世之後被供奉於廟中所稱呼的名號，簡言之在隋之前一般都遵循祖有功宗有德的標準給祖先上廟號（這點在西漢尤為嚴格），不過在隋唐之後因為某些原因就氾濫了，基本上只要當上帝王都可以擁有廟號，因此對擁有大功的朱棣而言，擁有廟號那是於情於理都再正常不過了。但關於是稱宗還是做祖的問題，朱棣生前不是沒有想過，不過最終他還是選擇了稱宗，是以他去世後，後人稱呼他的廟號為明太宗。

至於題主所提的太祖、高祖，這些開國之祖才能擁有的廟號，朱棣是想都沒敢想，本來篡位都已經不符合他父親朱元璋的期望，若是自己再稱太祖，將自己父親所擁有的廟號剝奪，萬一泉下有知，如何面對自己父親？

至於成祖也非朱棣所願，奈何他的嫡系子孫不爭氣，到了明武宗時期沒有子嗣斷了傳承，不得已從此時已經是旁系的朱祐杬那裡選擇了朱厚熜來繼承皇位。朱厚熜就是嘉靖帝，他一登基就和群臣關於自己父親能不能入太廟來了一個長達三年之久的大禮儀之爭，最終嘉靖帝得償所願，他的生父被供奉於太廟。

不過此時又產生一個問題，根據昭穆制度，天子七廟，他父親加入供奉之列之後多了一位，聰明的嘉靖帝想了一個辦法，將明太宗朱棣升格為祖即明成祖，這樣完美的解決了天子七廟所要求的，至此明朝有一祖變成二祖。

廟號是中國古代帝王駕崩後 ，在皇家太廟裡被追尊的稱號；通常都採用“祖”、“宗”兩字來表示。被用於“祖”字輩的，是中國曆代王朝的開國皇帝或奠基人，例如：漢高祖劉邦、唐高祖李淵、宋太祖趙匡胤、元太祖成吉思汗、明太祖朱元璋、清太祖努爾哈赤。再者是完成了統一大業的皇帝，如元世祖忽必烈、清世祖福臨。還有就是作出特殊功績的，也可被稱為“祖”，如漢光武帝劉秀，是靠自己重新建立了東漢王朝；所以也被稱為“世祖”。在中國所有的朝代中，中期皇帝能夠被破例稱為“祖”的只有一個人，那就是清聖祖康熙。

朱棣是明太祖朱元璋的第四子，明朝第三任皇帝。按常理他是不應該被稱為“祖”的。其實也是這樣的，朱棣死後的廟號原先是“太宗”。1538年，明世宗嘉慶帝朱厚熜（明朝第十一位皇帝）想把自己的老爹朱祐杬的牌位遷入太廟的正殿供奉，而朱祐杬只是個王爺，從未當過皇帝，於是朱厚熜就變了個“戲法”……，追封朱祐杬為皇帝。

中國周禮，天子七廟。也就是說天子只敬七代祖先。而明朝卻增加了二個，在太廟的正殿供奉了九個皇帝。按照明朝的宗法制度，太廟正殿中也只能供奉九個皇帝。除開國皇帝朱元璋的牌位是“萬世不祧”外，（不祧，即永不遷移。） 其他皇帝的牌位可以按輩分的遠近，依次遷出。而嘉慶帝當時的明太廟正殿，九個“牌位”全滿，想要按進自己的老爹，必須得遷走一位。如果根據規定，依次遷出的應該是朱棣的牌位。因為朱棣離他的輩分最遠。（當時明朝的第二位皇帝朱允炆，沒被供奉在太廟內。其原因眾所周知，就不說了。）

但是，朱棣對於明朝有著蓋世的豐功偉業……。是不能動的！這就輪到了朱棣的兒子明仁宗（明朝第四代皇帝），用什麼理由遷出明仁宗的牌位呢？耍小聰明的嘉慶帝絞盡了腦汁，終於想出了一個辦法，他將朱棣乾脆升格為“祖”，與朱元璋並列，合稱為“明朝二祖”。這樣就可以名正言順地遷出明仁宗的牌位，他老爹的牌位也就順理成章地進了正殿。

從此以後，原本是明太宗的朱棣，就變成了“明成祖”。