主要區別有，科目分類不同、形態特徵不同、生活習性不同，具體如下：

一、科目分類不同

1、燕子魚

燕子魚又名斧頭魚，屬脊索動物門、脊椎動物亞門、脂鯉目、胸斧魚科。

2、七彩神仙魚，又名鐵餅、七彩燕，屬脊索動物門、脊椎動物亞門、鱸形目 、慈鯛科。

二、形態特徵不同

1、燕子魚

體長一般5～6釐米，體形別具一格，頭小，眼大，側扁，從頭沿脊背至尾柄較平，口吻部向下，腹部很大，成弧形往上收，形似一把刀或一把斧頭，故名斧頭魚。

2、七彩神仙魚

魚長約15-20cm，身體側扁，彩虹般的紅藍條紋成扭曲狀遍佈全身，像一塊巨大的瑪瑙。七彩神仙魚的背鰭及腹鰭亦特別發達，身上的花紋可一直延展到鰭上。尾部呈扇形，無色透明。

體色受光照影響產生變幻，光暗時體色深暗；光線明亮，則色彩豔麗豐富，條紋滿身。體和鰭難以分辨，酷似田徑場上的鐵餅，故英文名其為“鐵餅”。

三、生活習性不同

1、燕子魚

燕子魚性格溫順，喜歡在水的上層活動，有群遊性。偏好弱酸性軟水，適宜水溫為23～30℃，食性雜，以動物性食物為主，小型活餌，水中、水面的小型昆蟲以及人工餌料均能攝取。

2、七彩神仙魚

七彩神仙魚屬高溫高氧魚，對水質和餌料要求苛刻，要求弱酸性軟水，在弱鹼性水中難以存活。要求水質穩定、潔淨，含氧量豐富，光照適宜，水溫年保持在26℃～30℃。該魚好食動物性餌料和活餌料。除天然活餌料外，切碎的牛肉、瘦肉、雞心、魚蝦肉、麵包蟲等均可投餵。