會產生冗餘問題

前端與後端使用同一套包管理軟體可以減少公共部分的耦合，但是會導致不必要的冗餘。

比如一個bootstrap包，是不可能被後端使用的。但是如果統一使用npm管理，每次npm install都會安裝bootstrap包，而後端一輩子都用不倒，完全是浪費頻寬、儲存空間、時間。並且你在執行後端前，每次都安裝個bootstrap，你不覺得噁心嗎？

執行環境完全不同

前端與後端的執行環境是完全不同的，前端運行於瀏覽器內（即主要是DOM與BOM環境，相對受限），後端則運行於OS內（有無限的API與可能性）。所以這兩種開發環境是完全不同的。不同的開發環境使用同一個包管理檔案顯然是不合時宜的，也不符合模組化的理念。

開發人員也可能不同

前端與後端通常是不同的開發團隊，因些前端關注的是HTML，CSS，DOM，BOM， js的UI庫與動作庫。而後端關注的是效能，安全，效率，資料，快取，使用者管理。他們可能都會用到gulp/grunt，而後端通常不會用到webpack，wiredep，bootstrap, jQuery這類純前端的包。所以強行將他們捆綁在一起是沒有必要的。

同構包可以分開打包

由於isomorphic js的流行，同構包也會越來越多。但是其實你會發現，不管如何同構，前後端的執行環境還是不同的。所以同構包的呼叫環境還是不一樣的。前端的包通常需要透過browserify，webpack或者gulp等工具釋出成前端可用的包。跟npm包直接透過package.json決定從什麼地方接入是不同的。即使npm可以為前端包提供欄位供前端接入，也會顯得非常混亂。