食品經營許可證的辦理流程如下：

一、申請：

申報人透過食品藥品監督管理局網進行網上申報。

二、受理：

網上提交成功後5個工作日內對資料進行稽核，材料不齊全或不符合要求的，透過網上審批系統向申請人發出補正材料通知;不屬於本部門職權範圍或申請事項不需行政許可的，不予受理，並透過網上審批系統向申請人發出不予受理的理由及通知;符合申請要求的，向申請人發出電子《受理通知書》。

三、審查：

審查過程中，如有需配合環節，申請人應積極配合。

四、決定：

決定機構作出准予許可或不予許可的決定。

五、制證發證：

1、准予許可的事項，網上即時生成《藥品生產許可證》電子證書。生成電子證書的同時，即時通知申請人可獲取行政許可電子證書，或申請人可憑《受理通知單》和身份證領取證件。

2、不予許可的事項，網上發出電子《不予行政許可決定書》，系統即時通知企業，並同步在電子證書公示平臺上公示。

【法律依據】

《行政許可法》第二十九條規定，公民、法人或者其他組織從事特定活動，依法需要取得行政許可的，應當向行政機關提出申請。申請書需要採用格式文字的，行政機關應當向申請人提供行政許可申請書格式文字。申請書格式文字中不得包含與申請行政許可事項沒有直接關係的內容。申請人可以委託代理人提出行政許可申請。但是，依法應當由申請人到行政機關辦公場所提出行政許可申請的除外。