昌吉州有2個縣級市，5個縣。截至2016年，昌吉州轄昌吉市（縣級市）、阜康市（縣級市）、瑪納斯縣、呼圖壁縣、吉木薩爾縣、奇臺縣、木壘哈薩克自治縣。
1、昌吉市
位於天山北麓、亞歐大陸腹地、準噶爾盆地南緣，地處東經86°24′～87°37′，北緯43°06′～45°20′。東鄰烏魯木齊市，西毗呼圖壁縣，南與新疆巴音郭楞蒙古自治州和靜縣相接，北與新疆塔城地區和布克賽爾縣、阿勒泰地區福海縣接壤。南北長260公里，東西寬30公里。
截至2019年，昌吉市轄7鎮3鄉6個街道辦事處，50個社群居民委員會，87個村民委員會。境內有新疆生產建設兵團農六師師部及所轄101團、103團、軍戶農場、共青團農場和中央、自治區、自治州駐市單位150多個。
2、阜康市
位於新疆維吾爾自治區昌吉回族自治州境內、新疆維吾爾自治區中北部，地處天山東段（博格達山）北麓、準噶爾盆地南緣，位於東經87°46′-88°44′，北緯43°45′-45°30′，東鄰吉木薩爾縣，西與米泉市接壤，南與烏魯木齊縣相望，北與阿勒泰地區富蘊縣相連，境內東西最寬處76千米，南北最長處198千米。
截止至2012年，總面積11726平方千米，總人口22萬人，有漢、回、維、哈等26個民族。下轄天池景區、阜康產業園和3鎮3鄉、3個街道。截至2014年，阜康市轄7個鄉鎮、3個辦事處：甘河子鎮、滋泥泉子鎮、九運街鎮、城關鎮、上戶溝鄉、三工河鄉、水磨溝鄉；博峰街辦事處、阜新街辦事處、準東辦事處 。
3、呼圖壁縣
位於新疆維吾爾自治區中北部，地理座標為東經86°5′～87°8′、北緯43°7′～45°20′之間。南以天山分水嶺與巴音郭楞蒙古自治州的和靜縣交界，北至古爾班通古特沙漠中心與塔城地區的和布克賽爾縣接界，東鄰昌吉市，西接瑪納斯縣。
呼圖壁縣南北長258公里，東西最大寬度52公里，總面積9721.6平方公里。截至2013年，轄6個鎮、1鄉：呼圖壁鎮、大豐鎮、雀爾溝鎮、二十里店鎮、園戶村鎮、五工臺鎮、石梯子鄉。縣政府駐呼圖壁鎮。
4、瑪納斯縣
位於新疆維吾爾自治區中北部，昌吉州最西部，總面積1.1萬平方千米。地理座標為東經85°34′至86°43′，北緯43°28′至45°38′。東接呼圖壁縣、西鄰石河子市，南與和靜縣為界，北鄰和布克賽爾蒙古自治縣。瑪納斯縣總面積1.1萬平方千米。
截至2013年，瑪納斯縣轄7個鎮、1個鄉、3個民族鄉：瑪納斯鎮、樂土驛鎮、包家店鎮、涼州戶鎮、北五岔鎮、六戶地鎮、蘭州灣鎮、廣東地鄉、清水河哈薩克族鄉、塔西河哈薩克族鄉、旱卡子灘哈薩克族鄉。
昌吉州有2個縣級市，5個縣。截至2016年，昌吉州轄昌吉市（縣級市）、阜康市（縣級市）、瑪納斯縣、呼圖壁縣、吉木薩爾縣、奇臺縣、木壘哈薩克自治縣。
1、昌吉市
位於天山北麓、亞歐大陸腹地、準噶爾盆地南緣，地處東經86°24′～87°37′，北緯43°06′～45°20′。東鄰烏魯木齊市，西毗呼圖壁縣，南與新疆巴音郭楞蒙古自治州和靜縣相接，北與新疆塔城地區和布克賽爾縣、阿勒泰地區福海縣接壤。南北長260公里，東西寬30公里。
截至2019年，昌吉市轄7鎮3鄉6個街道辦事處，50個社群居民委員會，87個村民委員會。境內有新疆生產建設兵團農六師師部及所轄101團、103團、軍戶農場、共青團農場和中央、自治區、自治州駐市單位150多個。
2、阜康市
位於新疆維吾爾自治區昌吉回族自治州境內、新疆維吾爾自治區中北部，地處天山東段（博格達山）北麓、準噶爾盆地南緣，位於東經87°46′-88°44′，北緯43°45′-45°30′，東鄰吉木薩爾縣，西與米泉市接壤，南與烏魯木齊縣相望，北與阿勒泰地區富蘊縣相連，境內東西最寬處76千米，南北最長處198千米。
截止至2012年，總面積11726平方千米，總人口22萬人，有漢、回、維、哈等26個民族。下轄天池景區、阜康產業園和3鎮3鄉、3個街道。截至2014年，阜康市轄7個鄉鎮、3個辦事處：甘河子鎮、滋泥泉子鎮、九運街鎮、城關鎮、上戶溝鄉、三工河鄉、水磨溝鄉；博峰街辦事處、阜新街辦事處、準東辦事處 。
3、呼圖壁縣
位於新疆維吾爾自治區中北部，地理座標為東經86°5′～87°8′、北緯43°7′～45°20′之間。南以天山分水嶺與巴音郭楞蒙古自治州的和靜縣交界，北至古爾班通古特沙漠中心與塔城地區的和布克賽爾縣接界，東鄰昌吉市，西接瑪納斯縣。
呼圖壁縣南北長258公里，東西最大寬度52公里，總面積9721.6平方公里。截至2013年，轄6個鎮、1鄉：呼圖壁鎮、大豐鎮、雀爾溝鎮、二十里店鎮、園戶村鎮、五工臺鎮、石梯子鄉。縣政府駐呼圖壁鎮。
4、瑪納斯縣
位於新疆維吾爾自治區中北部，昌吉州最西部，總面積1.1萬平方千米。地理座標為東經85°34′至86°43′，北緯43°28′至45°38′。東接呼圖壁縣、西鄰石河子市，南與和靜縣為界，北鄰和布克賽爾蒙古自治縣。瑪納斯縣總面積1.1萬平方千米。
截至2013年，瑪納斯縣轄7個鎮、1個鄉、3個民族鄉：瑪納斯鎮、樂土驛鎮、包家店鎮、涼州戶鎮、北五岔鎮、六戶地鎮、蘭州灣鎮、廣東地鄉、清水河哈薩克族鄉、塔西河哈薩克族鄉、旱卡子灘哈薩克族鄉。