1、運河的形狀不同。隋朝運河透過都城洛陽，呈大彎曲狀；元朝都城在大都，運河不再透過洛陽而是截彎取直。

2、運河的目的地不同。隋唐大運河是以洛陽為中心的，元朝都城在大都，運河不再透過洛陽，而是截彎取直，抵達大都。

3、運河所經地區不同。隋朝大運河會經過河南地區，而元朝的大運河經過山東地區。今天的大運河是元朝的時候的原來的基礎上，把大運河改直了，原來是不經過山東省的，現在就經過了，再由於歷史上黃河幾次改道，使得原來的運河已經大部分被掩埋了。今天的大運河主要是清朝的時候修建的，而且今天的大運河比隋唐大運河要短很多，它在山東濟寧以北的河段現在已經不能通航，只有以南的這段還能通航。運河的開通，還促進了運河兩岸城市的發展，沿運河城市很快繁榮起來。另外，運河的開通，對維護國家統一和中央集權，也起了促進作用。

隋朝的大運河我們稱為隋唐大運河，它是以洛陽為中心，北起涿州（北京）到洛陽，這段稱為永濟渠，洛陽到泗水稱為通濟渠，山陽（淮安）到江都（揚州）稱為邗溝，京口到餘杭（錢塘）這段稱為江南運河，加上最早隋都大興（西安）到通關段的廣通渠。

元朝的大運河就是現在常說的京杭大運河，它是歷史上第三次對京杭大運河維修。元朝建立後，開鑿河北臨清到山東安山的會通河，又開鑿北京到通縣的通惠河，這樣直接連線到邗溝和江南運河。

京杭大運河比隋唐大運河縮短了900多公里。