另一個宣稱發明了顯微鏡的是義大利物理學家、數學家、天文學家及哲學家伽利略·伽利萊（Galileo Galilei）。1610年，伽利略開始利用望遠鏡近距離觀察昆蟲肢體，並在次基礎上發展出複式顯微鏡。 1624年伽利略在猞猁學院（ Accademia dei Lincei ，或音譯為“林琴學院”）展示了該顯微鏡，並在次年由該學院的院士喬凡尼·法布林（Giovanni Faber）正式將其命名為“microscope（顯微鏡）”（即“望遠鏡”的反義詞）。因此， 伽利略的顯微鏡應該是第一臺被稱作“顯微鏡”的顯微鏡。
在1650年代，身為布商的列文虎克（Antonie van Leeuwenhoek）憑藉對放大鏡的愛好及對玻璃加工程式的掌握，手工製作了世界上第一臺具有現代光學顯微鏡結構的複式顯微鏡。隨後將其應用到生物學觀察中，紀錄觀察肌纖維、細菌、精蟲、微血管中血流，建立了微生物學，因此也被認為是現代光學顯微鏡的鼻祖，因為自此顯微鏡開始被廣泛地應用到科學研究中。他的一生當中磨製了超過500個鏡片，並製造了至少25種不同型別的顯微鏡。
很難說誰發明的最早的顯微鏡。首先可以確定是最早的顯微鏡是光學顯微鏡。
公元前2000年，華人用水管等材料製作水鏡觀察細微世界。
傳說13世紀，英國鍊金術士羅吉爾·培根（Roger Bacon）發明了顯微鏡和望遠鏡，而後被軟禁致死。
更通常的說法是在1590年，荷蘭眼鏡製造商Hans Janssen和他的兒子Zacharias Janssen製作了第一臺複合顯微鏡。但這一說法是Zacharias Janssen在17世紀中期（16xx年）自己宣稱的，而這一時間也是不太可能的，因為Zacharias Janssen本人被證實是在1590年前後出生。
另一個宣稱發明了顯微鏡的是義大利物理學家、數學家、天文學家及哲學家伽利略·伽利萊（Galileo Galilei）。1610年，伽利略開始利用望遠鏡近距離觀察昆蟲肢體，並在次基礎上發展出複式顯微鏡。 1624年伽利略在猞猁學院（ Accademia dei Lincei ，或音譯為“林琴學院”）展示了該顯微鏡，並在次年由該學院的院士喬凡尼·法布林（Giovanni Faber）正式將其命名為“microscope（顯微鏡）”（即“望遠鏡”的反義詞）。因此， 伽利略的顯微鏡應該是第一臺被稱作“顯微鏡”的顯微鏡。
在1650年代，身為布商的列文虎克（Antonie van Leeuwenhoek）憑藉對放大鏡的愛好及對玻璃加工程式的掌握，手工製作了世界上第一臺具有現代光學顯微鏡結構的複式顯微鏡。隨後將其應用到生物學觀察中，紀錄觀察肌纖維、細菌、精蟲、微血管中血流，建立了微生物學，因此也被認為是現代光學顯微鏡的鼻祖，因為自此顯微鏡開始被廣泛地應用到科學研究中。他的一生當中磨製了超過500個鏡片，並製造了至少25種不同型別的顯微鏡。
容易與列文虎克混淆的是，1665年羅伯特·胡克（Robert Hooke）根據英國皇家學會一位院士的資料設計了一臺複雜的複合顯微鏡，第一次成功觀察到“細胞”並命名。
另外，也有的地方把“惠更斯目鏡”當作現代顯微鏡出現的標誌。克里斯蒂安·惠更斯（Christiaan Huygens），另一個荷蘭人，在17世紀後期開發出具有色差矯正的雙透鏡目鏡系統--“惠更斯目鏡”，是光學顯微鏡的重大進步。