1、從一抗的選擇方面來看。有的一抗既能做石蠟切片又能做冰凍切片，而有的一抗只能做冰凍切片，關鍵取決於所要檢測的抗原穩定性，有的抗原不穩定，經過組 織固定，脫水、透明、浸蠟、包埋、脫蠟等一系列的做石蠟切片的步驟，所檢測的抗原易被破壞，這時只能用冰凍切片來做，檢測這類抗原的一抗只能做冰凍切片， 而那些穩定的抗原，能經受住石蠟切片的的考驗，一般來講也可以用冰凍切片來做，總得來講，對於既可以用冰凍切片也可以用石蠟切片檢測的抗原，用石蠟切片檢 測的染色效果要比冰凍切片好一些。
2、從研究目的來看。石蠟切片對組織細胞的定位很準確，而長期凍存組織的冰凍切片可能因冰晶的形成破壞組織細胞形態的結構，並造成抗原的彌散，從而定位不準確。
3、從抗原的保真性來看。冰凍切片對抗原的保真很好，而石蠟切片在組織固定，脫水、透明、浸蠟、包埋、脫蠟等過程中可能會對抗原的性質造成影響。
4、從操作步驟的繁瑣程度看。染色過程冰凍切片簡單，而石蠟切片要求脫蠟入水、抗原修復等過程，比較繁瑣。
5、總之，石蠟切片對標本的長期儲存較合適，且組織細胞形態結構保持好；而冰凍切片適合對新鮮組織的製片，然後立即固定、染色效果較好，且免疫熒光中可以相對避免石蠟自發熒光的干擾
1、從一抗的選擇方面來看。有的一抗既能做石蠟切片又能做冰凍切片，而有的一抗只能做冰凍切片，關鍵取決於所要檢測的抗原穩定性，有的抗原不穩定，經過組 織固定，脫水、透明、浸蠟、包埋、脫蠟等一系列的做石蠟切片的步驟，所檢測的抗原易被破壞，這時只能用冰凍切片來做，檢測這類抗原的一抗只能做冰凍切片， 而那些穩定的抗原，能經受住石蠟切片的的考驗，一般來講也可以用冰凍切片來做，總得來講，對於既可以用冰凍切片也可以用石蠟切片檢測的抗原，用石蠟切片檢 測的染色效果要比冰凍切片好一些。
2、從研究目的來看。石蠟切片對組織細胞的定位很準確，而長期凍存組織的冰凍切片可能因冰晶的形成破壞組織細胞形態的結構，並造成抗原的彌散，從而定位不準確。
3、從抗原的保真性來看。冰凍切片對抗原的保真很好，而石蠟切片在組織固定，脫水、透明、浸蠟、包埋、脫蠟等過程中可能會對抗原的性質造成影響。
4、從操作步驟的繁瑣程度看。染色過程冰凍切片簡單，而石蠟切片要求脫蠟入水、抗原修復等過程，比較繁瑣。
5、總之，石蠟切片對標本的長期儲存較合適，且組織細胞形態結構保持好；而冰凍切片適合對新鮮組織的製片，然後立即固定、染色效果較好，且免疫熒光中可以相對避免石蠟自發熒光的干擾