生物武器有較強的致病性和傳染性，前方和後方、軍隊和居民、人員和牲畜都可能受到襲擊，發病後又可能互相傳播。因此在組織防護時，要做到軍隊、地方結合，軍民兼顧；軍隊與防化、工程等有關勤務部門密切配合。主要防護措施是：做好經常性的防疫工作。如進行防疫、防護的宣傳教育，開展群眾性衛生運動，貫徹各種防疫制度，有計劃地接種各種疫苗等。組織觀察、偵察和檢驗，及時發現敵生物武器襲擊。各種觀察哨均兼有觀察生物武器襲擊的任務，發現襲擊徵象，及時通知部隊進行一般防護。專業防護人員進行現場偵察，採集標本進行檢驗，確定生物戰劑種類，通報部隊採取針對性的防護措施，並從政治上揭露敵人。做好個人防護和集體防護。發現敵人進行襲擊，接到防護指令後，立即戴上或防菌口罩，紮緊褲腳、袖口，上衣塞入褲腰，頸部圍上毛巾，戰鬥情況允許時，可進入工事，減少受染。受染後要抓緊時間，利用個人消毒包擦拭暴露的面板；利用戰鬥間隙，到進行，消滅服裝、武器和車輛上的生物戰劑；服用預防藥物，補充接種疫苗，並定期接受醫學觀察。生物武器氣溶膠主要是經呼吸道侵入人體，因此，保護好呼吸道非常重要。

對生物武器的防護：(1)接種免疫疫苗。(2)採取個人防護措施。(3)隔離染病人員。(4)做好滅菌消毒工作。(5)做好殺蟲、滅鼠等消滅傳染媒介的工作。為了在遭遇災難時能進行有效的自救、互救，每個家庭都應備有一隻急救箱(包)，其中配備一些必需的急救用品。一旦發生意外災情，只需開啟家庭急救箱(包)，便能基本滿足自救、互救的需要。