物流資訊系統本身也是一個系統，它具有系統的一般特性。資訊系統是一個企業或組織的內部神經系統，具有整體效應；目的性表現在資訊系統的最終目標是為管理決策提供資訊支援；資訊系統是可以進行分解的，把整個組織的資訊系統分解成若干個子系統，而各個子系統又可以劃分為若干個模組……表現出了系統的層次性；系統的各個組成部分之間又有著各種各樣的聯絡體現出其相關性；由於資訊系統最終是為管理和決策服務的，而管理和決策要依賴於企業或組織內部各方面的變化、依賴於外部環境的變化情況，環境發生了變化必然導致資訊系統的變化，因此，一個良好的資訊系統應具有良好的環境適應性。

在物流資訊系統的設計中，可採用“自上而下”的原則將系統分解為若干個子系統，對這些子系統再逐步進行分解和最佳化，使其結構清晰、功能明確和易於實現。簡單來說，物流資訊系統一般由以下子系統組成，各子系統均有自己特有的功能：

管理子系統：提供與具體業務無關的，系統所需的功能；

採購子系統：提供原材料採購資訊的功能；

倉儲管理系統：使用倉儲管理系統管理儲存業務的收發、分揀、擺放、補貨、配

送等等，同時倉儲管理系統可以進行庫存分析與財務系統整合；

庫存子系統：提供庫存管理資訊的功能；

生產子系統：提供生產產品資訊的功能；

銷售子系統：提供產品銷售資訊的功能；

配送子系統：是指根據商品的配送型別做分類後，再按照商品重量與體積等各因素擬定的派車計劃、體積裝載計劃以及配送行程計劃等作業系統；

運輸子系統：提供產品運輸資訊的功能；

財務子系統：提供財務管理資訊的功能；

決策支援子系統：使物流資訊系統達到一個更高的層次。