對食品生產加工企業實行生產許可證管理。實行生產許可證管理是指對食品生產加工企業的環境條件、生產裝置、加工工藝過程、原材料把關、執行產品標準、人員資質、儲運條件、檢測能力、質量管理制度和包裝要求等條件進行審查，並對其產品進行抽樣檢驗。對符合條件且產品經全部專案檢驗合格的企業，頒發食品質量安全生產許可證，允許其從事食品生產加工。

已獲得出入境檢驗檢疫機構頒發的《出口食品廠衛生註冊證》的企業，其生產加工的食品在國內銷售的；以及獲得HACCP認證的企業，在申辦食品安全質量許可證時可以簡化或免於工廠生產必備條件審查。 實行食品質量安全市場準入制度是保證食品生產加工企業的基本條件，強化食品生產法制管理的需要。中國食品工業的生產技術水平總體上同國際先進水平還有較大差距。許多食品生產加工企業規模極小，加工裝置簡陋，環境條件很差，技術力量薄弱，質量意識淡薄，難以保證食品的質量安全。2001年，國家質檢總局對全國米、面、油、醬油、醋5類產品的生產加工企業進行了專項調查結果顯示，半數以上的生產企業不具備產品檢驗能力。產品出廠不檢驗；很多企業管理混亂，不按標準組織生產。企業是保證和提高產品質量的主體，為保證食品的質量安全，必須加強食品生產加工環節的監督管理，從企業的生產條件上把住市場準入關。

實行食品質量安全市場準入制度是適應改革開放、創造良好經濟執行環境的需要。在中國的食品生產加工和流通領域中，降低標準、偷工減料、以次充好、以假充真等違法活動也比較猖獗。為規範市場經濟秩序，維護公平競爭，適應加入WTO以後中國社會經濟進一步開放的形勢，保護消費者的合法權益、也必須實行食品質量安全市場準入制度，採取審查生產條件、強制檢驗、加貼標識等措施，對此類違法活動實施有效的監督管理。