目標檔案和原始檔的區別就在於理論的不同、檔案型別的不同、作用上的不同。兩者之間也是存在一定的聯絡的，具體的區別如下：

1.理論的不同

目標檔案是由檔案在外部裝置的存放形式為二進位制而得名。狹義的二進位制檔案即除文字檔案以外的檔案。文字檔案是一種由很多行字元構成的計算機檔案。文字檔案存在於計算機系統中，通常在文字檔案最後一行放置檔案結束標誌。

原始檔是指由建立者所定義的、具有檔名的一組相關元素的集合。原始檔一般指用匯編語言或高階語言寫出來的程式碼儲存為檔案後的結果，原始檔是相對目標檔案和可執行檔案而言的。

2.檔案型別的不同

原始檔。這是指由源程式和資料構成的檔案。通常由終端或輸入裝置輸入的源程式和資料所形成的檔案都屬於原始檔。它通常是由 ASCII 碼或漢字所組成的。

目標檔案。這是指把源程式經過相應語言的編譯程式編譯過，但尚未經過連結程式連結的目的碼所構成的檔案。它屬於二進位制檔案。通常，目標檔案所使用的字尾名是“.obj”。

3.作用上的不同

目標檔案（也叫二進位制檔案）的好處：二進位制檔案比較節約空間，這兩者儲存字元型資料時並沒有差別。

但是在儲存數字，特別是實型數字時，二進位制更節省空間，比如儲存 Real*4 的資料：3.1415927，文字檔案需要 9 個位元組，分別儲存：3 . 1 4 1 5 9 2 7 這 9 個 ASCII 值，而二進位制檔案只需要 4 個位元組（DB 0F 49 40）

另外，記憶體中參加計算的資料都是用二進位制無格式儲存起來的，因此，使用二進位制儲存到檔案就更快捷。如果儲存為文字檔案，則需要一個轉換的過程。在資料量很大的時候，兩者就會有明顯的速度差別了。

原始檔的作用是原始檔是相對目標檔案和可執行檔案而言的。可以由終端或輸入裝置輸入的源程式和資料所形成的檔案，方便檢視統計檔案內容。