明審問袁崇煥的所有記錄都被清乾隆帝下令銷燬了。原因是乾隆不允許對他一個皇帝下令翻案的人有任何的質疑，皇帝要一言九鼎。應為有審問記錄在就沒辦法翻案了。就像朱熹的案子一樣，朱熹大家都知道他是個偽君子，為什麼？就是有朱熹的審問記錄在，他也都認過罪畫押，他逼守寡弟媳改嫁想吞下弟弟家產，扒灰奸兒媳婦，逼取尼姑為妾，栽贓陷害政敵同事等，如果沒有他的審問記錄，就憑藉他的朱子家訓大家都不會知道他是個偽君子，都會認為他是冤枉的。這就是乾隆為什麼不讓人看到，要下令銷燬袁崇煥的審問記錄的原因。

從目前的史料來看，無法推斷這些記錄和資料的去向，但是無非有這麼幾種可能。

1、崇禎帝並沒有留存審訊袁崇煥的檔案，因為從斬殺袁崇煥的諭旨中可以分析出，袁崇煥從入獄到被殺，是根本沒有認罪的，而他最主要的兩條罪名“以市米則資盜，以謀款則斬帥”市米案是由於蒙古人中轉了一下，袁崇煥最多就是“不察”之罪，畢竟賣米給蒙古人是經過崇禎首肯的，而斬帥案儘管不合慣例，但是畢竟是請出了尚方寶劍的，崇禎當時沒有追究，其實也是等於默認了。所以，崇禎殺袁崇煥並沒有太多的憑據，因此審訊資料也就可有可無了。

2、李自成之亂導致檔案丟失，史料記載李自成敗退出北京的時候，曾經焚燒宮殿，明朝很多的重要資料在這一次兵災之中被焚燬。

3、清乾隆給袁承煥翻案的時候，銷燬了對袁崇煥不利的卷宗。乾隆為了宣揚“忠君”思想，果斷給袁崇煥這些明朝的守邊將領翻案，其中還杜撰了很多說法，比如說著名的“反間計殺袁”的情節，而這些是不可能在明朝的記錄裡面出現的，假如當時崇禎炮製了袁的罪證，一定是那種大逆不道，十惡不赦的罪名，所以乾隆翻案就一定不能讓這些資料曝光。

當然，以上都是猜測，真實情況是什麼樣的，恐怕再也無法還原。