當前山藥主要發生的病害有三種，分別是枯萎病、炭疽病和褐腐病。這三種病害主要通過雨水及澆水傳播，而現在正處在高溫多雨期，也為這三種病害的發生創造了條件。

枯萎病在發病初期主要表現為莖基部出現梭形褐色斑塊，病斑逐漸向四周擴充套件，導致莖基部表皮腐爛，上部葉片黃化脫落，藤蔓枯死，病莖內部變褐，塊根染病會導致皮孔的四周產生圓形至不規則形褐色病斑。菜農可使用50%氯溴異氰尿酸1000倍液或40%甲基硫菌靈硫磺懸浮劑600倍液或70%代森錳鋅500倍液進行灌根。

山藥的炭疽病主要為害葉片和莖。葉片上的病斑圓形至橢圓形，中間灰白色至暗灰色邊緣呈深褐色，後期病部生有小黑點；莖部病斑呈中間灰白色，四周黑色的不規則形斑，嚴重時病斑連成片至全株變黑枯死。菜農可用25%咪鮮胺1500倍液混10%苯咪甲環唑1500倍液進行防治。

褐腐病主要為害山藥的塊莖，塊莖染病後病部呈壞腐狀不規則褐斑。菜農可用70%甲基硫菌靈1000倍液或80%乙蒜素3000倍液進行灌根防治。

澆水與病蟲害防治技術套管栽培的臺灣山藥，其塊莖是在耕作層中形成和膨大，但又不是完全與土壤接觸，塊莖對水分的供應很敏感，水分多了不行少了也不行。若在膨大伸長期間遇早，塊莖就會變畸形或分權；水分過多，塊莖常會染病，甚至腐爛。套管山藥栽培灌水的原則，在福建省上杭縣和其他地區差不多。

在塊莖生長期，應保持土壤見幹見溼；在塊莖開始膨大後的中後期，則應保持溝底見溼，畦面見幹。遇到乾旱時，要及時澆水，保持土壤溼潤；若遇澇害，則應及時排水，以防止水漬而影響生長此外，發生炭疽病和褐斑病時，可用70%甲基硫菌靈800倍液，或65%代森鋅可溼性粉劑500倍液防治。其蟲害有斜紋夜蛾、紅蜘蛛、天蛾和毒蛾幼蟲，可針對其具體發生情況及時進行防治。所選用的藥劑，要符合生產用藥的要求。11月底以後採收。

在山藥種植區，農戶因常年重茬種植山藥，導致山藥死秧現象特別厲害，尤其進入高溫多雨季節，這種病害更為嚴重，實際上這種山藥病害稱為山藥枯萎病。山藥枯萎病主要危害山藥的莖基部和山藥的塊莖。

山藥塊莖染病，在山藥皮孔四周產生暗褐色病斑，山藥皮孔上的細根及塊莖內部變褐色，幹腐，如果發生嚴重時整個山藥塊莖變細變褐。

山藥種植戶可以用70%代森錳鋅可溼性粉劑1000倍液浸泡山藥栽子10〜20分鐘後，再栽植。

入窖前在山藥栽子的切口處塗1:50的石灰漿，可以預防腐爛。

進入七月份，如果確實發現山藥枯萎病已經發生，可以採用70%代森錳鋅水分散粒劑500倍液，或用70%甲基硫菌靈可溼性粉劑1000倍液與30%王銅懸浮劑600倍液混配，噴施山藥莖基部。

山藥收穫後，山藥種植戶一定要及時的清除山藥病殘體，運到田外深埋。