區別主要在表達重組元件還有基因標記。promoter，terminater是宿主識別的的,真核可能還需要enhancer,重組到基因組中的話，需要介導重組的序列。篩選標記絕大多數不一樣。
真核表達載體在宿主中以質粒形式存在的，可以複製。哺乳動物細胞裡沒有質粒，外源基因整合到基因組中的，所以不能擴增。由於整合多個位點而產生多複製。
如果說載體的重組，沒區別，都是一樣的酶切加連線。細菌轉化也一樣。真核載體在細菌中也可以進行增值。
表達的話，一般原核是直接轉化細菌透過ISPG誘導進行表達，蛋白表達後的形式一般是透過包涵體或者是分泌型蛋白存在，這種蛋白如果是真核基因來源，不一定擁有相應的蛋白生物活性，因為原核表達缺少真核轉錄後的蛋白修飾機制。但是原核表達的蛋白容易純化，很容易獲得純化蛋白做為免疫原等進行使用。
而真核表達則是透過脂質體或者是PEI的等轉染試劑在體外透過和質粒形成複合體， 將質粒匯入細胞後進行瞬時表達。稱為瞬時表達的原因是因為質粒在真核細胞中不能擴增。並且不斷被細胞所降解，這種表達在一定的時間後就會消失。除非質粒被整合進入細胞的基因組，透過質粒上帶的篩選標記，如G418等，透過篩選得到一株穩定表達你的目的蛋白的細胞克隆。但是這種細胞克隆的表達量相比瞬時表達會非常低甚至於檢測不到。真核表達的特點是所表達的蛋白一旦表達即擁有相應的生物學活性，因此真核瞬時轉染往往用於研究單個基因在細胞中的功能。而不能用於純化蛋白。
此外，真核表達還有用於昆蟲細胞的桿狀病毒表面展示系統，其本質也是透過轉染含有目的基因的重組質粒（特殊質粒，專用於桿狀病毒表面展示系統）給昆蟲細胞，然後使用野生型的桿狀病毒或者是人工改造過的桿狀病毒來感染相應的細胞，來是病毒和質粒在昆蟲細胞體內發生重組，獲得目的基因，並且最終表達於病毒子的表面，所以成為表面展示系統。
區別主要在表達重組元件還有基因標記。promoter，terminater是宿主識別的的,真核可能還需要enhancer,重組到基因組中的話，需要介導重組的序列。篩選標記絕大多數不一樣。
真核表達載體在宿主中以質粒形式存在的，可以複製。哺乳動物細胞裡沒有質粒，外源基因整合到基因組中的，所以不能擴增。由於整合多個位點而產生多複製。
如果說載體的重組，沒區別，都是一樣的酶切加連線。細菌轉化也一樣。真核載體在細菌中也可以進行增值。
表達的話，一般原核是直接轉化細菌透過ISPG誘導進行表達，蛋白表達後的形式一般是透過包涵體或者是分泌型蛋白存在，這種蛋白如果是真核基因來源，不一定擁有相應的蛋白生物活性，因為原核表達缺少真核轉錄後的蛋白修飾機制。但是原核表達的蛋白容易純化，很容易獲得純化蛋白做為免疫原等進行使用。
而真核表達則是透過脂質體或者是PEI的等轉染試劑在體外透過和質粒形成複合體， 將質粒匯入細胞後進行瞬時表達。稱為瞬時表達的原因是因為質粒在真核細胞中不能擴增。並且不斷被細胞所降解，這種表達在一定的時間後就會消失。除非質粒被整合進入細胞的基因組，透過質粒上帶的篩選標記，如G418等，透過篩選得到一株穩定表達你的目的蛋白的細胞克隆。但是這種細胞克隆的表達量相比瞬時表達會非常低甚至於檢測不到。真核表達的特點是所表達的蛋白一旦表達即擁有相應的生物學活性，因此真核瞬時轉染往往用於研究單個基因在細胞中的功能。而不能用於純化蛋白。
此外，真核表達還有用於昆蟲細胞的桿狀病毒表面展示系統，其本質也是透過轉染含有目的基因的重組質粒（特殊質粒，專用於桿狀病毒表面展示系統）給昆蟲細胞，然後使用野生型的桿狀病毒或者是人工改造過的桿狀病毒來感染相應的細胞，來是病毒和質粒在昆蟲細胞體內發生重組，獲得目的基因，並且最終表達於病毒子的表面，所以成為表面展示系統。