劇情講的其實是，千萬年前，地球上的章魚進化了，成為了地球上第一個出現的智慧種族，等章魚們的發展處太空科技後，不知什麼原因全種族就離開地球了，只在地球上留守下了一個基地，和一個通訊站，並且封閉，留守人員也進入沉睡，為將來的迴歸做準備。 NNN年後，猴子進化成了人類。一直到20世紀初的時候，有個叫哈格瑞夫的人發現了這個秘密（就是2代裡的白髮老頭。），並且發現當初章魚留下的那個基地其實就在美國紐約地下。於是他成立了Crynet公司，開始研究章魚科技，50年後，因為壽命原因，他利用章魚科技將自己的身體冰凍，將意識和電腦聯接以繼續研究與控制公司的運作。終於在100年後研製出了**了章魚和人類科技的“奈米服”。 奈米服具有半生物半機械的特性。可以大幅度增加裝備者的各項能力。且理論上其生物科技可以使奈米服真正的融入人體，修復身體組織，使其不再是一件衣服，而是變成“面板，內臟，骨骼”成為人體的一部分。某種意義上來說，就是使人類進化。他認為只有人類獲得這樣的進化，才能在將來在章魚有可能迴歸的情況下贏得生存空前，並且哈格瑞夫自己也有私心，希望自己那衰敗的身體可以透過穿上奈米服後得到進化和修復，得以再次活過來。可惜因為章魚基地是被封閉的，人類科技無法開啟，他得到的技術和樣本非常的少，不足以使奈米服達到完美。只有最基本的功能，高階功能雖然預留了介面，但是缺少“硬體”而無法使用。 終於在2023年的時候，太平洋上的靈山島上突然出現了章魚的通訊訊號，一直沒有被發現的章魚通訊站被激活了，哈格瑞夫第一時間就發現了這個情況。於是他認為機會和危機同時都到了，機會是，終於可以獲得完整的資料來完善奈米服了。但是同時通訊站的恢復，也說明章魚快要回歸了。於是他把奈米服支援了美國軍方，並讓自己的特工（普費）混入了軍方探查靈山島的任務，其目的是為了進入基地取得樣本和資料。(接下來就是1代的劇情了，至於北韓怎麼會有奈米服的，就看遊戲公司怎麼圓這個故事了，我敢打賭，他們做一代的時候根本就沒有考慮到二代的劇情。） 普費在靈山島進入了章魚的通訊站後雖然取得了部分樣本，但是卻感染了章魚時代的病毒孢子，其實這種孢子並不是章魚的生物武器，就像哥倫布發現新大陸後，首先給本地土著帶去的不是貿易，也不是戰爭，而是劇烈得的疾病一樣。人類的生態從沒有接觸過這種病毒，所以完全沒有抵抗力，也沒有產生抗體的的時間。 普費透過章魚通訊站和基地之間的連結通道，直接從海底回到了紐約。迴歸後的普費去質問哈格瑞夫關於其隱瞞了的病毒的情況（從過場中猜測可能賽可和諾曼也感染了病毒，普費形容為"行屍走肉”。）而哈格瑞夫卻以“犧牲是必要的”論點來回應。普費怒而出走。並找到了另一個科學家“古德”繼續對奈米服中的章魚技術，和病毒進行研究，以期找到對抗病毒和章魚的方法。不久，紐約地下的基地也開始復甦，全球氣候受到能量的異常而變得惡劣。3年後章魚人破土而出，同時帶出了病毒大規模感染了紐約的人類。也許章魚認為人類是在自己睡著的時候霸佔了家園的垃圾。於是戰爭爆發。（接2代劇情） 普費因為感染達到極限，將奈米服交給了主角，同時為了斷開和奈米服的意識連結而自殺。（其實突變進化了的奈米服已經將普費的思想融入了自己的計算機，在奈米服被進一步完善的過程中被一點一點的啟用。）而2代一開始，哈格瑞夫為了復活自己，需要得到普費身上那套進入過章魚基地被完善過的奈米服，而不停的追殺主角，然後又欺騙主角自投羅網。在最後全部失敗後，大徹大悟。將最後一部分完善奈米服的基因交給了主角，注射基因後，主角成為反章魚用人形毒氣彈。進入章魚的設施改變了孢子病毒的基因，使其對人類無害，反而成為章魚的劇毒。並且釋放出來。最終地球上留守的章魚人沒絕了
劇情講的其實是，千萬年前，地球上的章魚進化了，成為了地球上第一個出現的智慧種族，等章魚們的發展處太空科技後，不知什麼原因全種族就離開地球了，只在地球上留守下了一個基地，和一個通訊站，並且封閉，留守人員也進入沉睡，為將來的迴歸做準備。 NNN年後，猴子進化成了人類。一直到20世紀初的時候，有個叫哈格瑞夫的人發現了這個秘密（就是2代裡的白髮老頭。），並且發現當初章魚留下的那個基地其實就在美國紐約地下。於是他成立了Crynet公司，開始研究章魚科技，50年後，因為壽命原因，他利用章魚科技將自己的身體冰凍，將意識和電腦聯接以繼續研究與控制公司的運作。終於在100年後研製出了**了章魚和人類科技的“奈米服”。 奈米服具有半生物半機械的特性。可以大幅度增加裝備者的各項能力。且理論上其生物科技可以使奈米服真正的融入人體，修復身體組織，使其不再是一件衣服，而是變成“面板，內臟，骨骼”成為人體的一部分。某種意義上來說，就是使人類進化。他認為只有人類獲得這樣的進化，才能在將來在章魚有可能迴歸的情況下贏得生存空前，並且哈格瑞夫自己也有私心，希望自己那衰敗的身體可以透過穿上奈米服後得到進化和修復，得以再次活過來。可惜因為章魚基地是被封閉的，人類科技無法開啟，他得到的技術和樣本非常的少，不足以使奈米服達到完美。只有最基本的功能，高階功能雖然預留了介面，但是缺少“硬體”而無法使用。 終於在2023年的時候，太平洋上的靈山島上突然出現了章魚的通訊訊號，一直沒有被發現的章魚通訊站被激活了，哈格瑞夫第一時間就發現了這個情況。於是他認為機會和危機同時都到了，機會是，終於可以獲得完整的資料來完善奈米服了。但是同時通訊站的恢復，也說明章魚快要回歸了。於是他把奈米服支援了美國軍方，並讓自己的特工（普費）混入了軍方探查靈山島的任務，其目的是為了進入基地取得樣本和資料。(接下來就是1代的劇情了，至於北韓怎麼會有奈米服的，就看遊戲公司怎麼圓這個故事了，我敢打賭，他們做一代的時候根本就沒有考慮到二代的劇情。） 普費在靈山島進入了章魚的通訊站後雖然取得了部分樣本，但是卻感染了章魚時代的病毒孢子，其實這種孢子並不是章魚的生物武器，就像哥倫布發現新大陸後，首先給本地土著帶去的不是貿易，也不是戰爭，而是劇烈得的疾病一樣。人類的生態從沒有接觸過這種病毒，所以完全沒有抵抗力，也沒有產生抗體的的時間。 普費透過章魚通訊站和基地之間的連結通道，直接從海底回到了紐約。迴歸後的普費去質問哈格瑞夫關於其隱瞞了的病毒的情況（從過場中猜測可能賽可和諾曼也感染了病毒，普費形容為"行屍走肉”。）而哈格瑞夫卻以“犧牲是必要的”論點來回應。普費怒而出走。並找到了另一個科學家“古德”繼續對奈米服中的章魚技術，和病毒進行研究，以期找到對抗病毒和章魚的方法。不久，紐約地下的基地也開始復甦，全球氣候受到能量的異常而變得惡劣。3年後章魚人破土而出，同時帶出了病毒大規模感染了紐約的人類。也許章魚認為人類是在自己睡著的時候霸佔了家園的垃圾。於是戰爭爆發。（接2代劇情） 普費因為感染達到極限，將奈米服交給了主角，同時為了斷開和奈米服的意識連結而自殺。（其實突變進化了的奈米服已經將普費的思想融入了自己的計算機，在奈米服被進一步完善的過程中被一點一點的啟用。）而2代一開始，哈格瑞夫為了復活自己，需要得到普費身上那套進入過章魚基地被完善過的奈米服，而不停的追殺主角，然後又欺騙主角自投羅網。在最後全部失敗後，大徹大悟。將最後一部分完善奈米服的基因交給了主角，注射基因後，主角成為反章魚用人形毒氣彈。進入章魚的設施改變了孢子病毒的基因，使其對人類無害，反而成為章魚的劇毒。並且釋放出來。最終地球上留守的章魚人沒絕了