清朝三朝皇帝絕後指的是：同治、光緒和宣統。說到這個原因，很大部分是跟滿清皇室的婚配習俗有關的，滿清皇族的有近親結婚的習俗，按照現在科學的解釋就是近親結婚會使遺傳基因異常，後代中會產生很多疾病。所以造成一代不如一代，到最後完全失去了生育能力。同治皇帝是咸豐皇帝和慈禧生的，雖然咸豐帝有名分的后妃19人，卻只生了2個兒子、1個女兒，大兒子出生後來不及取名就死了，女兒僅活到20虛歲，倖存的兒子就是後來的同治帝，同治帝19歲因為染上天花而死（另一種說法是因為兩宮太后把持朝政，同治帝鬱悶，被太監引誘到八大胡同，留戀風塵，染梅毒而死）。沒有留下子嗣。

同治帝駕崩後，因無子嗣，咸豐帝也只有同治帝這一個兒子，所以為了避免皇權旁落，慈禧便把道光帝的第七子醇賢親王奕譞的次子緊急過繼給咸豐帝，緊急繼位，光緒帝的一生也是悲劇的一生，在位期間，慈禧把持朝政，就連自己的後宮生活也被慈禧控制，立慈禧的侄女為皇后，喜歡的珍妃也被慈禧處死，（有一種說法是珍妃已懷龍種，因皇后嫉妒，而被下藥流產。）光緒帝也鬱鬱而終，才38歲。

因光緒帝沒有子嗣，所以還是原來的方法，立光緒帝的侄子愛新覺羅溥儀為帝，年號“宣統”，這便是清朝最後一個皇帝了，宣統帝的青年時期，可以說比他的歷代先祖都要過得坎坷，被逼退位，被趕出皇宮，和皇后離婚，皇陵被掘、做偽滿皇帝，成為戰犯……等等這些苦難，但是他又是一個比較開明的皇帝，剪辮子、學外語、騎腳踏車、打網球，宣統皇帝一生結婚4次，都沒有留下子嗣。

據考，從康熙開始，每年都會舉行“木蘭秋獮”，皇帝帶著皇族子弟去塞外木蘭圍場打獵，一方面為了鍛鍊皇家子弟，另一方面起到練兵的作用，但是從道光帝開始，已經沒有皇帝的身體能夠完成這種戶外活動，慢慢的也就取消了，從這可以看出，皇帝傳了幾代以後，皇家子弟的身體狀況已經明顯下降了。另一個問題點在於皇帝的婚姻，一般皇帝在10幾歲就會完成大婚，並納妃，這個時候，身體並未發育成熟，過度的房事對身體損傷極大，會產生生理心理方面的疾病，這也是造成不育不孕的原因，總之，清朝最後三個皇帝絕後的原因基本就是這樣。

同治帝，19歲駕崩沒有留下一男半女。光緒帝38歲去世，身後也沒有留下子嗣。愛新覺羅溥儀，雖然活到61歲，但是與同治光緒帝一樣，也是絕後。

同治帝，光緒帝，宣統帝，清朝這三位皇帝個個都沒有後代，人們不禁要問，皇帝的嬪妃成百上千，就沒有留下半點骨血，太不可思議了。但是事實的確如此。

其實造成他們絕後的根源和清朝的一種婚配習俗有直接關係。按照滿族皇族的婚配習慣，丈夫死後，允許妻子轉嫁給丈夫的弟弟，甚至可以轉嫁給兒子或侄輩。這種原始的婚配製度就是把女人當成一種財富和繁衍後代的工具。到了清朝晚期同治帝光緒帝宣統帝，叔侄三代都沒有子嗣，都是“近親結婚”造成的，而罪魁禍首就是當時的聖母皇太后葉赫那拉慈禧太后。

慈禧本來是咸豐帝的妃子，咸豐帝死後，聯合宮親王奕忻發動的宮廷政變，實行垂簾聽政，後來為了鞏固自己的統治，就將自己的妹妹嫁給了咸豐的弟弟奕環。慈禧的兒子同治帝死後，他就將奕環的兒子也就是自己的外甥光緒，立為皇帝，隨後他又親自做主，把自己弟弟貴祥的閨女嫁給了光緒帝，這樣光緒帝，就成了慈禧太后的親外甥，親侄子以及親侄女女婿。而光緒帝死後，慈禧太后又將光緒帝的弟弟載灃之子溥儀扶上帝位。

而對於光緒而言，有的學者認為，是光緒帝長期患有遺精症才是他喪失生育能力的主要原因，根據是，在光緒33年，也就是公元1907年，光緒帝曾經親自寫上自己的病因:遺經之病將20年，前十年每月必發十數次，近數年每月不過兩三次，且有無夢不舉即自遺洩之時，冬天較甚。近數年遺洩較少者，並非漸愈，乃系腎經虧損太甚，無力發洩之故。光緒帝當年只有36週歲，這就是說，他從十五六歲的青春發育期就患上了遺精病，最多的時候一個月十多次，以至於30剛剛出頭，就到了無精可射的地步。得了如此要命的疾病，無論光緒帝怎樣刻意撒播龍種也都是成了徒勞！