動物和植物一直是兩個對立的生物類群，但在不同的生物學家眼中，某些生物既被當作動物也被當作植物。而微生物並不是一個分類學上的學術名詞，它指的是人眼看不見的生物，既包含部分動物，也包含部分植物。

其實，這三者的關係是生物分類學上的問題。在很久之前，科學家把所看到的生物根據能不能動就分為植物和動物兩類。後來，顯微鏡的發明使得我們能看到更多微小的生物，於是，微生物類加入了我們的生物陣營。到了現在，生物的分類有好幾大學說，其中的五界分類法較為常見。即，所有的生物分為五個界：動物界、植物界、原生生物界、真菌界、原核生物界。根本沒有“微生物界”這種說法有沒有發現？

植物和動物的區別還是很多的，大家最容易理解的，可能就是能不能移動的問題，當然，這隻符合絕大多數動植物。除此之外，還有：植物一般能進行光合作用而動物不能；植物沒有系統，而動物有系統；大型植物一般有根、莖、葉、花、果實、種子而動物沒有；植物細胞一般有細胞壁和葉綠體以及中央大液泡等而動物沒有。兒“微生物”則包含了很多東西，一般我們人眼看不見（直徑小於0.2毫米）的生物，我們都把它當作微生物。其中，包括部分動物，比如一些個體很小的線蟲；包括部分植物，比如一些藻類植物；包括絕大多數真菌（其他作者回答說蘑菇也算微生物，其實這種說法是不對的）；包括細菌、病毒等。所以，微生物和動植物的區別就是：微生物不能被人眼直接看到。

真核植物和真核動物以及原核生物等不同型別的生物之間的區別做下面的歸納：

除了具備真正的細胞核之外，真核綠色植物還具備結構完整的葉綠體和細胞壁——這些都是真核植物的特徵之一。此外，真核植物通常以纖維素為細胞壁的主要成分，細胞內多有液泡。部分真核綠色植物屬於微生物，如藻類。

除了具備真正的細胞核之外，真核動物細胞(和少數低等植物細胞)具有中心體，用於進行有絲分裂，真核動物細胞膜的主要成分是磷脂和膽固醇，沒有細胞壁。部分真核動物是微生物，如原生、後生動物門。

除了具備完整的細胞核之外，真菌沒有葉綠體。而且真菌的細胞膜以幾丁質和葡聚糖為主。部分真菌屬於微生物，例如念珠菌。

大型真菌基本上就是蘑菇了。

原核生物的基本特徵是沒有真正的細胞核(DNA為環狀)，也沒有細胞器。尺寸比真核生物要小得多。如細菌、放線菌、立克次氏體、衣原體、支原體、藍細菌等。但原核生物的多樣性很高，所以很難把他們的特徵都完全歸納出來。細菌的細胞膜的主要成分是肽聚糖(革蘭氏陽性菌)和脂多糖(革蘭氏陰性菌含上述兩種)。原核生物全都是微生物。

古細菌是極端環境中的細菌。具有一些獨特的生化性質，如膜脂由醚鍵而不是酯鍵連線，其營養方式亦不同於常規生物，如硫氧化等。