14年前，真嗣因為即將引發第三次衝擊而被從月球降落到地球的六號機駕駛員渚薰用卡西烏斯之槍封印，在空間站沉睡了14年之後，被明日香和真希波回收。明日香的眼睛是在三號機試驗之中被初號機打傷的不記得了？ 被封印在初號機裡14年的真嗣甦醒過來，與美里、律子、明日香還有東治的妹妹再會。得知自己已沉睡14年，但他發現明日香也一點也沒有變化，明日香告訴他EVA的駕駛者受到EVA的詛咒不會變化。真嗣被告知只有他從初號機裡被救出，而他奮力從使徒手中救出的凌波麗並沒有在初號機的駕駛艙裡，不能接受這一事實的真嗣又被告知他再也不需要駕駛EVA，並被戴上炸彈項圈，只要他想離開戰艦或登上EVA，美里就會引爆炸彈。聽到這一切後，真嗣繼續抑鬱。

與此同時，戰艦受到EVA MARK09的襲擊，從MARK09上感覺到麗的真嗣毅然躍入MARK09的手中離開戰艦，美里直到真嗣離開到引爆器電波範圍外都沒能下定決心引爆炸彈。MARK09被8號機打掉頭部。

回到NERV本部的真嗣，看到荒蕪的景象後震驚不已，在通道上他遇到正在彈鋼琴的諸薰，之後再13號機制造室裡遇到碇源堂，碇源堂讓真嗣在13號機完成後和諸薰一起操縱13號機後就離開了。之後從碇源堂和冬月的對話裡得知麗其實是被救出了但是和碇唯一樣留在了初號機裡了。